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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。
7 [' h1 r6 R/ x% U1 D3 P+ ^核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
. s/ b( P8 u9 I2 j7 A一、生物学常用网址:
4 S' W. G3 W1 P% \ 9 e4 m2 u5 w3 _0 \' Z9 s
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin * `, C4 F5 F# t9 d
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
+ o5 u7 ?. t) D1 G HighWire Press http://intl.highwire.org/ , A0 c( ?) C; h+ ~, W3 e3 b
6 y6 @3 h. ]7 H* O Elsevier Science电子期刊
) r& c9 D- ~$ S( {. ?http://www.ddbj.nig.ac.jp/> 5 W' ?9 t( u6 L( v7 o1 K4 i
http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm 9 s* [' B8 X4 h& B0 G6 `
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ : [ o5 G3 ?, u* V
上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
" W3 r$ _5 b2 f$ c0 J7 o. h 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
5 w3 q5 E, ?7 _6 v; h7 ^ Cell杂志 http://www.cell.com/ ; k2 X+ s$ S" [
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
' B( D- H# [( m, x3 O, w 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ & c- X& G2 i$ u% | W
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
; z( F9 i0 }* Q$ A7 I Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
- U! R7 T5 C' A- h% t; L. ^ 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费)
+ {: J! C' ?5 @7 w( d b2 D5 |
7 x* W5 i( H! Q美国生物技术信息中心(NCBI)2 Q0 R. w ]8 ]4 G8 g) c
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ t2 Z/ ^% e) \ P" m% L" w$ i
核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 6 P" Y5 g8 m7 }! O0 m
# T5 o- y3 H/ b0 @4 l
, U' ?, n$ Z+ P4 |( W! T3 `蛋白质信息资源(PIR)
, ^0 X5 v2 ^7 i; O7 `( B& C4 I4 Shttp://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html' p9 P1 y( G9 o: `2 @! H; y/ ^
7 A7 l6 Q( q* P/ ]5 `% k
: \2 Z g; U7 W. Z; E/ x蛋白质结构数据库(PDB)) d% H& J0 Z3 k
http://www.rcsb.bnl.gov/9 E! s2 u0 K* E! V
( R$ W# M! q$ Y' NSander蛋白质二级结构数据库2 [' G: ?% u0 ^' X% X
http://www.sander.embl-heidelberg.de/9 f8 E! C' e- ]8 f4 H* X
2 Y& u" L' v4 k/ U% G1 Z# Q; r, z
SNP数据库
0 C: g8 l! t' F/ n数据库 数据库说明 网址' W! {* ?4 ?* P- _' [# [* l
HapMap International HapMap
; b' k8 f- }8 k0 a/ V$ B# l9 AProject data http://www.hapmap.org/index.html.en
7 e8 h5 Q, @9 _8 n5 q& [2 U' AdbSNP Human Single Nucleotide
" ]( x: v2 P6 [7 G1 IPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/! k% Z2 L* A7 K9 f3 s# u u
HMGD Human Gene Mutation" H6 M& V; s" ^8 u- Z' P
Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
( e( T. `+ X/ v% I% R) ?/mg/hgmd0.html
% ?! I t) t8 V. T3 P8 p# g* iJSNP A database of Japanese
& ]. _3 q; W& ?+ FSingle Nucleotide Poly-
5 D1 R& U: H% T \2 z* ?* N+ imorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
$ }2 N+ ?# k- i2 Q+ a! q! eSVD Sequence Variation; I9 r& s0 t" J
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/% _9 c! V' F% ?1 y7 U
HGVbase Human Genome# a, G( g3 d/ A" x: m
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
4 p* Y7 U: d) X) W2 t2 n: ^. tHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html! N8 H" S d. H( A) }
GeneSNPs Environmental Genome
% _' o; Z- Q& t: i/ I. CProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/& `1 s- U1 X- t [# I
# S5 x3 R8 Q. i# ]5 K0 W
# T1 d, U) u6 y: e+ q" o* v$ J尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。
* G1 c" F6 y9 A8 K P下面贴一个使用说明供新手参考。
4 {# F* x3 @5 a$ i% H/ K
0 q, z7 y; r' `& f0 D* A" Q"3p87"(新版)使用说明 ' m$ s1 }* R& X# F' g/ Z9 o2 F
' c) ]* I. p1 `- `7 J
一. 基本要求 6 d/ q: J; Z4 h, h& e) z$ j- d
1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据. 8 `* i' t/ j- V9 M H& {
2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
. ]3 V# E* @: D2 [9 s二. 调用 3P87 程序前的准备工作
* k1 d9 _# N1 o) [9 i1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. " m0 P" `/ L" e6 O0 ^
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT 4 i1 h: }- M) Z; T
三. 调用 3P87
- v) P' l }* p+ r/ I+ Z. `将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
" d0 Y+ [) g/ q) d主菜单
8 I f& D3 \1 L( C. N, b1. 输入或修改数据
0 N& m+ [1 \* z" s* A2. 用主数据计算药代动力学参数
" Q: B7 A; [4 ^; k; m9 V3 l3. 对多组数据进行批处理计算
+ r6 v" z6 K; D. b2 s4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
: Y, x; f, p% E C4 ?: A R8 \6 e5. 输出计算结果 + V, L5 W8 O5 H) L4 G% G
6. 用简化系统计算药代动力学参数
8 W& q! y) _3 ]4 i: b7 c+ v1 b7. 药代动力学房室模型的图示和说明 / ^/ _( X) ^6 I5 B' K) G" G9 W. X Y
8. 退出 3P87 程序
- A" {4 F: F; d8 E/ G: f8 ~; K0 s* T四. 输入或修改数据 c- k+ x, E s& g
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 2 W+ @" b% v- K
Please Execute a:inp . _" N7 a& s* ]$ \# U
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: : `/ \( M4 ~/ L1 K2 X/ q' ^
输入菜单 / b l3 v2 j: r1 V) v
1. 输入数据 , {8 b+ V1 h! p" ^7 i' a
2. 修改标题文件 8 |5 N8 o7 _5 U. k
3. 修改浓度--时间数据 : P+ y2 A6 k# ~# H* X
4. 增添浓度--时间数据
+ ]2 x. Z. i2 C# m! ~5. 删除浓度--时间数据 " ]( ?( m3 S9 u$ |# g
6. 显示输入的数据
A) s5 r# }6 u* c+ A/ Z7. 打印输入的数据
7 |' u0 V. |6 F5 l8 G. t( A8. 返回主菜单
+ | Y/ g9 W# U) E T6 ?+ _1. 输入数据 2 i, p0 Q; o$ v, J" A
1.1 建立标题文件
' D! m) @6 ^3 f* p, l在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: 4 D3 F: T$ F1 ?; ]" R4 V; ~
1. 药名或文件名 ( z7 c6 p8 U, P) ~! J0 ]5 R$ p
2. 实验对象 ! A! f. l5 J, g+ O" r
3. 研制单位 . S( x% b; {: u+ j7 F# _1 @" H: ?
4. 日期
% ~9 }0 O) I U/ n' L8 W3 g5. 实验者
2 a9 o7 G! C) b* J( R7 ?. f% m9 Q6. 计算者
! t9 h; A- L. X/ D1 o4 f3 O7. 测定灵敏度 - ~+ G1 g% w/ X. u3 e" X% A
8. 浓度单位
6 Y' h2 s0 u) t- c, z% k9. 测定精密度(cv%)
5 B, g" K- ?% _ Y0 w10. 时间单位 , J& U9 s8 P/ f. X; F7 k$ m
11. 给药剂量单位 + F G) S% Q" A* p+ v
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 8 D/ w! \9 z, J1 V! l8 q* c6 m
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 1 ~; H1 P5 X2 `) n7 Q' D$ K
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车 5 @( ^" Y$ L0 o' ^
键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
# Z$ o0 x6 W. S1 ~改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 ) ?- T7 B: ^9 Q0 ]: Z8 \
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
9 o1 q' `5 r$ S) |& o1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
9 }' B9 E h; ~' a' j4 X1. 静脉推注 * o8 C3 {! D, q. \
2. 静脉滴注 - f6 H( G7 |9 n4 v/ A+ O+ i: X- w
3. 非静脉给药 1 _7 P0 B$ a7 ^$ v S0 V
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
: k# [* r2 H+ M& ^$ ?0 z1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体
7 k+ b, w4 c& k1 y# @/ f数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
1 @$ A( X7 g- r. P5 I2 ]! ~1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
# T) u( e$ X- }6 ~6 X& a- D) N用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
0 _/ ]/ G( W @# C全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
V M: g3 t. J9 w, S; m$ h必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.
: J+ F- w/ \5 v* U1 c
; S/ n3 G; E3 |% N3 X- v. t* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
5 o6 v4 p4 c$ E0 s后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. + @% w; o6 h9 @6 J
0 N! `& r: I* s* _& E
1.5 输入浓度--时间数据
+ M! b6 z+ r" h2 Q先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 % r6 f) m M. G! ^- W0 G
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 ) ^# c1 l$ J/ w, M- F+ \0 W6 `
主数据输入.
6 m/ N$ _+ @3 K& t) }% g( [2 g0 P在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No 3 b( C( V1 q8 o$ C
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
: w0 y& x' G/ x4 {/ V剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 5 b2 p8 g- ^2 M H: W
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
5 B0 i- X! s1 f3 ^7 X, A: F输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 4 r) y; J# O9 \! O
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改 0 e0 R; C* i$ t, x. U5 R4 V- q
, 每修改完一项必须按回车键. ) z! _7 q- z0 h6 Z# L
+ l9 v8 {% h( H. j+ i/ K* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
5 n# I3 p; Z8 a6 f% x# C字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. 4 o2 W: a2 b' S" T1 s0 s0 \% c
9 W! I1 b! a* U, M
2. 修改标题文件 9 u& b5 j l) S' l
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
6 J3 ?/ {8 B0 g% P6 W( q# c+ N键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 + g( H( o+ u5 k5 H P& B% h
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
5 S& A X9 B( A# e3. 修改浓度--时间数据 9 r- o/ X0 T1 K3 n; B
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
" H1 w6 T7 v9 m7 I$ q2 c: i3 la No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要 $ X3 |; I, i/ C, ~/ P4 U% q
修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
# {' N1 C ^/ f! q" ^/ g/ a/ x ^: ^项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. ; n; c: O% l, A$ W7 R* X$ D
4. 增添浓度--时间数据
2 h) G/ H0 P/ ]) P) o( }在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
1 a3 |4 H6 @; E' q9 c% j1. 增添新剂量组 8 @& x; G' E; D2 P5 U* W; P9 w
2. 在某剂量组内增添个体数据
5 M% P7 g7 X8 s |( \: L3. 返回输入菜单
* L7 N+ x# N5 k按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. & S) ?$ D4 Q' t
4.1 增添剂量组 + V: H, j9 c3 w
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然
, O3 p1 ~" S. u6 F! s z后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, " B/ \! F x5 q
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 8 n! C- K) u/ b* h t+ n7 g, w
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. - M$ q4 D$ U/ J( _
4.2 在剂量组内增添个体数据 ' l) R% E% O4 x9 C9 t* n) ]
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和 - j, A' B* O) O3 c/ x! S
新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 & f( z$ p9 X& |6 [2 A% i
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同. 0 [% a% U: v% \
5. 删除浓度--时间数据 3 P' y! x- Z' S* X7 Z3 V6 Q% t
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
' Q" Q9 h) ^4 S' o" K- Q7 Y; x1. 删除一个剂量组的全部数据 S$ n4 @5 a) T0 I& x
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
8 n1 V4 e2 ~& V3. 返回输入菜单 2 T% O) i. n& ]0 p
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. - R2 {/ _* d3 O9 t: C+ M U
5.1 删除一个剂量组的全部数据 $ G0 @7 y) I( [" K4 y! G7 O
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量
2 h4 F2 T; z1 i5 r. H组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will 8 Z6 |! ~, Z2 \
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数 2 G( {2 n w, g# C7 N7 ~" l% @: [
据, 并按新的结构重排一次数据.
+ ^ z1 D% r/ P' f+ z* c8 J; j5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
/ s, |& G( `2 _" S根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 " A# f& g) D0 [. }/ |. Q
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. + Q" k# n1 X: u- O! b5 C, g
3 |$ E" n9 Z. M8 }* q9 r6 L. V2 j* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
, ]) H3 `& J- T! G; H0 M1 [+ D, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 ; z$ a# c( m3 x( Z; b: p
在此前, 应首先复制一份原文件作备用. 4 D" J& M; i9 r- |1 m
. f/ Z$ W+ P4 ~' b: V6. 显示或打印输入文件
! b$ U$ z: b- N) ~" |1 ]在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
4 X; {' Z! ~" q4 i从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 - z: N Y$ k% O3 i! Y" q) J
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如
) A9 }, f( [7 F调用有关记录. , b4 p( H1 r; E& r+ B
0 k0 z: ]7 k5 z! y- n' r) m+ [五. 计算药代动力学参数
" ?9 l X. {7 |+ r3 d6 S& y在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
/ z; Y4 w- D: t: }- R计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
. b O- u2 v1 X+ n! @要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 + M9 N, Z2 E7 O" l- n! x% f
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 % x+ T6 ?$ ~' r, x# K) I! Y2 U- G; M
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计 * J6 w& e8 ~9 \+ j$ k5 k
算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
# V( f ~8 m7 K- a m正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 , ?2 M7 ~ @. R, g' R8 Y6 r
户可随时调用, 调用方法见后面六. : G% M! q% M: |- g s& V3 C& K
1. 用主数据进行计算 ! g4 @3 n0 ^/ H5 E
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
. E6 ^4 B$ y( M9 F* K* M0 Q算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 1 g6 v; Q% Z& q. @ q1 A
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果 / S+ G. w* O' E1 h2 V
: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出 , P# m4 o- ?* f1 m1 k
三种情况的结果: 一房室三种权重.
& m7 |' T) U3 y4 T1 O& n2. 批处理的计算
* [5 o0 K/ Y, A" p; a9 T* ]& f在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处 9 C# X3 F" M# N( N4 }7 _/ A
理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: ' {/ X, ~6 o( G6 |3 I5 h* \
(1) 文件名 ( H, e$ W5 R/ G- d* V# v/ |
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
; o$ b. W; l5 ^$ }数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
8 W: p- ~+ e8 i9 x9 {6 r2 `(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 6 d- H* `8 A* x# Z8 H2 r H# g
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. - T. O- R2 @0 r1 o) e
3. 指定算法和条件的计算 2 [7 X0 U0 m0 H9 Y; D! [
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
6 S |" a* r& W7 A指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
9 b! M. i* ~4 `+ ?. P& Z(1) 文件名
2 q; _$ K/ Y% E7 D(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
2 U9 f! r5 K% N3 u3 m4 m1 h/ h6 M(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
6 x) J% z2 g$ N. |3 j户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 7 _( q, R9 J4 I: @# e- |4 m
有的结果. ( G9 X, I1 _+ V- G, a
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. 3 {4 M4 _2 ]7 t5 S3 y$ t
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. ( h- T. h( X* U& M
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. 8 T! D* V1 E- y* v! a: {
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: 9 o' l1 b; a5 a4 D
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
" B; ?4 e+ v, e+ [, o(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
5 d5 z$ a/ ~& q# u: e* A4 q键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. - V4 M# @0 l2 h, @4 ]! ?
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. 4 |8 Q3 k* s2 C2 m4 o
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 4 I+ W/ T. T. I& {* H
已算好, 按任一键开始自动计算.
, Q# q* Z- M# C* A- H6 D0 x六. 计算结果的输出
& X; i. D/ w) `& I在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name ' c5 O7 t8 F0 I0 L8 S) @
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU):
# [0 O. G& }' `1. 常规打印输出
! r9 r l3 m7 q( f e" d2. 显示个体数据计算结果
3 P9 n" Q& Y6 a5 R9 [+ j4 F- g3. 绘制相关图及散点图 % ?9 ]9 M+ |9 ?6 S! Z& X2 ]
4. 打印输出文件清单 6 @+ k9 r( |+ o& k# |. O( O
5. 返回主菜单 . u4 \* p3 E" q; D3 t
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 / |% s( R$ ^) l+ P' A
单(PROUTINE PRINT OUT):
! c0 y: g* ~. f8 K& g1. 打印标题文件
- ?- F, M! Z& U' |! @2. 打印供选择模型用的计算结果
. _5 p) O( Y `3. 打印批处理的结果
& Z' ]9 m; {+ C& @. J9 c4. 打印用户指定计算的结果
& }6 o/ C& o' K, F# T' d5. 打印个体数据的计算结果 , A% n3 D3 _0 j- s! a) }6 \
6. 打印统计矩的结果
0 j4 j! \) u4 R- ~9 s8 ^3 l" d7. 返回输出菜单 ' r* V$ l3 w' G+ e0 D
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作.
7 q" ?7 m$ w1 a; t5 K1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
( a8 E( z* w: {在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. V @ t7 k4 l' J8 Z3 O- |5 a+ {6 \0 ?$ ]
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: - J1 W+ Q; T$ f2 ]" i
加权残差平方和(WSS) 6 g( s$ A; u2 D0 {! U
相关系数(R)
# m+ A" w# i6 i* d: a, ?. q$ T确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] 5 `6 L8 ]1 S; r! j7 t
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 / @4 ?7 d5 h, k6 i K- c' _
度--时间数据点数, P 是参数个数] / F! K. ~% q! ]/ \8 p
最大绝对误差(MAE) 9 X+ ^( r' H' X3 ~ r, R
最大相对误差(MRE)
7 \! J! {2 Z# K4 F7 DAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] , I' z7 y* x3 C2 N% n0 `% `7 v
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化 ( T+ l- Z, B3 s$ ~
的次数]
% w$ S( Q4 n: ]3 b(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
% h# z3 R: _+ R" l3 j果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 2 f9 ~/ b' W6 u+ j+ @7 b
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 ! V* `6 O( W7 v- J/ K _" a5 y
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] 0 V3 [3 \( F! @8 K$ d
说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 - x' t. Q3 y f, E" c4 s# c
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
" u8 _ J- R% J3 m( @意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
* t7 P! F' l* ~说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
) F! G% \2 O5 k! ^/ ?8 z首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, e0 z8 V$ Q* \/ J3 X
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
8 |. R; K; G/ b大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
+ U! z9 X+ s0 g! m& m( l权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 5 |% n( [0 L- z3 m7 H; y4 R
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 * Z6 Q2 h+ x: Z! A0 J# r E
往往并非最小. 4 i$ C2 ?+ P& B. k; \. j+ [/ Q( c
1.2 批处理计算打印出的主要内容 ' w6 a) [9 B2 e" |# [& Y7 U- Q- F
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. " A2 V+ V# |- c* [
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) 7 x! _& j$ N- h* z9 k7 B# H9 u3 |! g
(2) 一级参数表 8 j) g* N9 X7 d+ O! D0 Q' s L
(3) 二级参数表 9 C: _9 U) j3 W* P9 O1 O3 b
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
% c: \8 _; e1 j6 }' V(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] $ ]4 p% V" S* A1 ]: R! ^
1.3 用户指定计算打印出的主要内容 8 Z1 Q- V- T* w+ k/ U/ J% `
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容: " o: S Q: U8 ~8 @ K, T
拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, 7 X- H* g8 @( p: J4 q( Z; j+ _' a; h
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. & d: H$ a/ ^8 n9 q' @
1.4 个体数据计算的详细输出 ' v' s' `. L/ W, D6 Q2 c. V
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
" d* E+ g9 Z3 o' L# }1 l键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: ) D3 A3 K; M" m0 ^! \- g
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表
9 W& ]& o+ A& p' [* t; K; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 4 ]+ B8 O# B$ h5 C7 C7 _& u1 _4 E
计矩参数.
3 j, ] e# d/ ^5 l& T8 O1.5 统计矩计算结果的输出 ! ^/ n7 n( D* R: ]' y
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
/ O8 K& z9 m: ^0 ~7 b% {, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来. 4 e2 N" p/ u8 `. C: v
2. 个体数据计算结果显示 - r& M( _ D5 s. q
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
0 Q7 W) ?; ]" k( b始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
* l% q4 q" o z$ W8 |+ q9 f' R* c0 Q) G标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
) `+ l5 Q# D1 v! a; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 ' C0 H$ `& u" W
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. , d, ^! v. C! ~# ]0 w* u
3. 绘制相关图及误差散点图 * ~1 C, L+ U4 v( J. S5 O# W4 Y
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
) g0 |& p0 E$ i: V5 v8 P' ~' D观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 : o) a* N2 F/ ]
些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
4 B4 z. [0 j6 ^/ m6 d, c4. 打印输出文件内容清单
# u% r- T$ E- o在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 ) @% J5 @( W3 a# R7 p) f, e0 Y
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. 0 P' C7 i/ e9 w1 W3 M; r7 z' Q, Z, B# t
七. 用简化系统计算药代动力学参数
1 ]' B" | v% B: `简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
* q2 C0 V. @% w" h数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 # n- L3 o7 o4 E' b
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- 4 m1 f& k9 |5 `7 D S
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
s0 T P8 s" l敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: ( S, f2 Y! {3 P6 U
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 ( g7 b* d/ f% Y: _3 H8 T0 c6 W( o- z2 R
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
) R" b+ Z2 V: j6 `* {2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系
+ I; ~7 |& K/ f o$ e数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. * Z8 v$ R! C) H+ I7 G9 ?1 v- A
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
/ ?3 f D2 o* L$ j- k: i( c- s4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
. p, ?0 b/ I3 P; U3 @5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 + `0 ~1 \4 D$ O! ]
和相对误差. 7 M/ J* O( V0 R) o$ [
6. C--T 图和 LN(C)--T 图. 5 S2 A* k/ n: L1 n# U
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
" N7 O1 I9 P2 u% u) T, \权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应
9 O& V4 y# z; \; g- J的结果.+ w0 K0 F9 z- ^, U
8 p5 k8 i4 I5 I! w8 `MathType 5.2 ) j2 ^4 E5 G! V B1 A* v
6 I( o% S$ Y$ p1 a l2 @MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。* n7 {9 t$ y, d# E1 X( D
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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