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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。7 H/ u/ D. S; ^! ^ E" t$ B$ w
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
) R4 @7 u. k0 D3 o1 ]9 i一、生物学常用网址:
, S R( _" m5 ?$ y ' G; c" _9 z; }
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin $ E+ t, v; j1 U$ v" O0 k& U
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html & F, J5 D3 \, r/ {
HighWire Press http://intl.highwire.org/ & `4 y$ t2 s0 M) R
. G- { r1 O$ H* B% \: q- p; a! Q
Elsevier Science电子期刊 : Y/ Y8 N i& V* s' F
http://www.ddbj.nig.ac.jp/> % y- Y+ c* y" e7 U6 [1 _+ q
http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
2 I9 [: T' U C" h! k science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ ' ^( A- n; I3 F+ j- j# e
上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
$ x" _; Q; S8 o6 d4 G 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html 8 f; H# ?4 ~' @3 J# E5 a
Cell杂志 http://www.cell.com/ ; z. L, y; w' L7 ~
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm . a* V) ~. _7 K: S3 e
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
( [3 H* g" q+ l1 e6 g$ J3 ? 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
2 g3 |/ X! k" W1 \' H Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
' W |8 i8 w1 w% P- K 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) ; B3 W; l- _6 R: z: j
, A0 Z0 b$ w# a* q* x* n6 Z美国生物技术信息中心(NCBI)& A3 j: m& ?% z$ Y# G
http://www.ncbi.nlm.nih.gov; U' P+ b# S5 s3 x& a9 N- [3 _
核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)
2 o, p2 u4 m! B
a+ d4 d) Y2 Q# F& f! q" o3 l2 D) J% m8 v+ g
蛋白质信息资源(PIR)1 m. i7 `1 z( n6 ]% W; x% U
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html& A2 d0 e. ]' |9 h, g
" D7 ^9 O6 K& h% _+ M# a& T* F N, n5 W- D; p9 z. I" i a
蛋白质结构数据库(PDB)
! @: Z1 ~6 e4 Z$ x" [5 chttp://www.rcsb.bnl.gov/1 M% v B0 N# c3 d! X+ M6 I
1 m: v4 h+ B$ a7 l7 Q
Sander蛋白质二级结构数据库
2 M1 S9 ^5 r0 r* g vhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/
6 h/ U7 f+ H9 I. I% F5 c6 A7 R' a1 T' n1 i# y6 D# ]5 K
SNP数据库
: I2 L S8 _5 J2 O0 Z4 G U7 p b数据库 数据库说明 网址! v6 ^! w3 [7 b: m) `
HapMap International HapMap7 }+ u8 S4 h, O' C5 x
Project data http://www.hapmap.org/index.html.en
) h$ b/ u9 g0 x, o- @dbSNP Human Single Nucleotide
* c/ s4 `8 q, b8 t6 f, dPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/$ ~$ p3 w: j- n
HMGD Human Gene Mutation: u4 j, S w! Y, N+ z& v6 b9 `2 l
Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm' D2 w$ x2 K2 f+ i" W
/mg/hgmd0.html
/ Y7 V) w U2 G S5 B; [- `JSNP A database of Japanese
9 Q# B/ ]: M, A4 p( Y8 y& }Single Nucleotide Poly-, \: t$ M) t- d
morphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/9 e5 }7 K+ n1 i6 z2 J/ k! x# r ]
SVD Sequence Variation6 n) ?0 Q, A. J# L5 ?8 Y Z8 _( \
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/& i) c8 }$ f: D8 M1 Q, D' V# Z% {+ u
HGVbase Human Genome: [+ w9 H/ }0 D6 e
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
) F" \0 R! E4 B7 }Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html6 V' J! i; M0 E r+ j
GeneSNPs Environmental Genome8 b+ W8 _; ^' b6 C
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
6 F: [) K L$ C4 r& S# H
+ D' L0 T1 e5 |# f4 N5 e% M& G& K6 Z* d/ B' S* l5 z
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。5 K! B4 u: p- |
下面贴一个使用说明供新手参考。
* B" Y* W% x. [; Z* Y1 G$ Z" }: S0 v- _* M/ S! X, j1 g
"3p87"(新版)使用说明 5 k0 g# _& |, c0 y$ w: p
! @# ~' J d: ]一. 基本要求
- I4 `0 L8 L8 @4 a* p1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
( u% h# u" L( M- p# f' x1 H2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
5 T; O6 _3 Q2 T. X7 Z7 O二. 调用 3P87 程序前的准备工作 2 _% p! g5 g s8 ^3 k
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. ; y2 r9 c# W+ L, _0 o9 o
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT $ x4 h+ H) E( [* p4 }
三. 调用 3P87
& R2 T5 j h: p/ g7 {; m t将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
% l/ n' f, V( i% B主菜单 % G6 W+ R6 J) x3 a+ N
1. 输入或修改数据
t0 }' x" [: z* S2. 用主数据计算药代动力学参数
8 k% O! S3 }* ~3. 对多组数据进行批处理计算
) F2 a7 T6 i8 A v4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 5 Z! u0 E9 V3 M7 U3 W0 d: f* |
5. 输出计算结果
1 Z! a' w/ r7 n6. 用简化系统计算药代动力学参数
( c7 |% o1 @) z) |; z7. 药代动力学房室模型的图示和说明
4 p: x3 {3 T& `, E8. 退出 3P87 程序
3 E! O/ [5 s- P3 B# E四. 输入或修改数据
0 A3 r0 z' u9 @8 u) {% b! M在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 ; X" _" U, V3 [
Please Execute a:inp * J* w" x9 S7 r C5 i- ^
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: . t n9 l+ n5 h4 g! i- Q, I( g
输入菜单
6 o( W, K$ H6 {: z& U% z) K1. 输入数据 ) w2 A6 E1 a" [2 r
2. 修改标题文件
( q6 a. P2 K4 E1 `7 T+ n: w% d3. 修改浓度--时间数据
2 l" x& @8 q r7 r6 M* V+ `4. 增添浓度--时间数据 % R7 T1 R4 x+ I, m! I' F k% {# X
5. 删除浓度--时间数据 ) y- E6 n) t# T* x
6. 显示输入的数据
& d5 v3 h( x7 I; w0 ~3 x Z7. 打印输入的数据
9 T4 O( X5 s |9 v' G7 o8. 返回主菜单
+ [# ^7 \$ C% I- X& e$ L) L1. 输入数据 - h! u, O% I- ]- M6 s
1.1 建立标题文件 , u5 A9 y* G! b7 G; f
在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: 2 }/ G& i# O# d
1. 药名或文件名
8 S. ]$ J/ N# V2 }2. 实验对象
# c& C1 X+ ? l6 m5 i. @6 x3. 研制单位
- G U* S% p* p# ]5 L( A4. 日期
4 L ^1 Q, _ K5. 实验者 5 \/ b) B, t8 U n: v0 P: Z. S0 K
6. 计算者
# E/ _* P: [2 W5 L4 [( t) M7. 测定灵敏度 " C9 D4 p! v. o( k6 b
8. 浓度单位
' q' G) O& l) ~4 E b7 n' j9. 测定精密度(cv%) 1 o E5 A; F0 a% ~: g0 L
10. 时间单位 . P; \6 ]. `# {, X0 A$ W, J' ~
11. 给药剂量单位
1 S. b; n( h4 S. ]5 j+ B用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
7 c/ N' M5 v. O1 s) F有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 . e* X+ X3 q( q R0 Y5 n; `8 q# R& N( ^
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
/ U) m2 s: W: R4 X4 l键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修 * L3 V) l" a( A( M j) \0 t7 \+ ?
改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 3 f: U- F: D8 i; e
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
! m3 L% A9 R7 D0 m \7 E1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 ) I8 W0 x A7 O! D/ R5 F$ k3 c
1. 静脉推注
- d; v' {: J2 n; C2. 静脉滴注 ) I0 I7 m* G# u) F' O$ ?. M
3. 非静脉给药 4 m3 U) U9 E; p) T
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. 2 p' p+ I. u. w6 e0 D
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 , t& H t {7 T* R1 A
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
5 C/ p) F8 S' K/ J# `1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. / V5 x8 P, s9 m" V' o0 ~
用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
7 ?9 l$ T9 B% c8 t0 _: ?- G全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
" Z! {6 o5 X+ B! _ M+ j9 Y" q6 j必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.
" _! L5 K" u0 o; n9 W% @/ d- h# o2 L& E* _" K- R c8 `! ]4 ]# S d
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 ; M+ i$ _( z0 \- k! ~5 f- E
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. 3 ^5 {! G: v3 o1 |4 O
% p) S+ {4 L3 g: {1.5 输入浓度--时间数据
2 o% v! I9 r6 _4 Z先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 ! I T9 T: N8 b- C8 X7 H" r/ y
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按
8 [, A, m( d! Z# L主数据输入.
( @) S' B( Z% s" A0 x# o/ z9 s1 G; u在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No 8 t& x( g3 x8 G2 D5 r
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), ' ~9 a, K" \/ y5 J# ]) u
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
0 F) ^& B) x5 k6 V3 w# @: F用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 , u! j6 t. a% |0 C6 ?
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
) e1 r; j- J5 Q0 P: O# W, |- L; f, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改 ' M1 C8 k1 Z4 P' I% k0 \
, 每修改完一项必须按回车键.
9 _2 c; U! ?2 n t9 J |/ u" M! z$ l6 r& T/ f. d8 V( _
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 ! S5 X8 a+ Q5 H' m. s
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. 9 |' e9 C; a; H. v( B) F$ t
- a: J3 J! u- C6 j% k( E8 w' `2. 修改标题文件
$ {3 k3 R+ o* W; ?* Y5 K在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名), $ K+ Q0 O+ k. }$ H' V7 a* J' g
键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 # ~& q" o3 U) z; {' f+ v
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
* @. F$ |; b+ F9 Y9 I3. 修改浓度--时间数据 . m/ @4 K( p! Q/ \" g! ]* S4 G j
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat 3 C9 K, z8 d1 G `, a
a No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要 $ d% N$ o+ p+ q0 @" `! \) F. f" A
修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
- ^( U5 O* r# |8 [6 H( j5 U* r项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. * j4 o! A. u, p- Z
4. 增添浓度--时间数据 4 L, S) D! d: g5 ^
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
. L. Y& R8 y5 V& [( w5 {1. 增添新剂量组 1 U$ m4 b- w5 D
2. 在某剂量组内增添个体数据
8 d" h# p0 j4 i& w9 o( }9 B3. 返回输入菜单
) k' Q( a2 m' ?6 w. [按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. . g: Y8 L' w* m. J5 E
4.1 增添剂量组
" @4 W ]) |! |$ b屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 1 {2 P, y/ o: ?& z7 ~' e W6 {
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
! \" v) C( q! t8 ~5 @+ p6 h. M8 u屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 3 i* z0 ?7 o6 {: m
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样.
5 e9 ?7 X1 X. P4.2 在剂量组内增添个体数据
: O0 J; P; S. l9 `5 z根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和 + @8 @2 \5 W* d2 ?! y5 D' J* R
新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 0 r8 j8 g. v0 W1 W. @5 T3 \
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
/ R7 v+ D2 Q) h/ I) T2 U1 m! o5. 删除浓度--时间数据
7 u' O% ^% f N在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: m2 Q% o1 d$ l: f9 N4 o
1. 删除一个剂量组的全部数据
8 [( V! i' w. `: f5 c: W2. 删除一个剂量组中的一个个体数据 T0 ^9 a0 V6 a$ [) b3 c v+ \1 Z1 x
3. 返回输入菜单
3 G* y5 a4 }' t& Q& _. j按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. ! N0 E7 f5 ~" a/ E) h+ V% _
5.1 删除一个剂量组的全部数据 , I- _' m9 l+ {0 q
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量
9 E9 u( g& t3 T. m7 _组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will % \1 Y6 x; j0 F/ y5 w/ y: j" ]7 Y
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
6 j7 M5 Z" I, S0 N( c( i据, 并按新的结构重排一次数据.
, E4 T+ j: }* }9 q4 \: n& B5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 ! n0 T9 I" n9 v4 a* z. w
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的
8 u2 ]9 {" a- ~/ g数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. 7 ~/ v) k4 |; ^+ _: L: V
/ y4 M7 Z9 H( e/ _- q* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
" r a9 e0 y7 S5 q) ~6 ^7 X# C, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 - f Y! p0 Q$ { {. G! U
在此前, 应首先复制一份原文件作备用. . B% Z( i5 |! f# J& A, h t
3 a/ \7 J; q/ C4 u# y, K
6. 显示或打印输入文件
; J6 r0 L- F+ w5 D+ c在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
( n! p' y5 I, j" Q# |从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用
7 ?5 d6 V* _3 ~0 t d. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 # C2 J- n+ Z$ k& W. V
调用有关记录.
2 {2 j' H* y4 ~0 Y: G6 k' v5 ?# G+ b
! c2 H+ R$ A. Q1 L) n5 f3 E9 A五. 计算药代动力学参数
7 V$ n: L/ `9 H6 u4 q o m在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 + E3 w2 K, i: r S
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后 - B; D r9 Z$ u: x- w! R+ b
要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
4 V9 c2 |7 {5 |- k, U% C左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
5 X7 m7 K4 I2 F, x2 j, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
6 d% W0 c; b) h, c. @算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
, {% g6 @, y+ A4 z% ^% v: l4 p正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
! b4 b) W# `; u. W* W. l* h1 v户可随时调用, 调用方法见后面六.
/ K; {( V9 D( H0 j1 d/ @1. 用主数据进行计算
}) } J5 u; P& I t! l/ ?在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 * P0 V" U3 t/ W
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
* ~9 X3 l6 @6 U. I6 F# M, e8 ?( H8 _2 M线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
! k0 m5 g4 h! y* B$ m% V6 u: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
. O u( O, v4 S: ~三种情况的结果: 一房室三种权重. - A J# {" [, F% n! }
2. 批处理的计算
$ c+ L G: L1 l+ Z) L' B2 ?: w* g在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
4 q' [0 W. X- D$ B/ j$ c理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: & \( i& i0 s8 N) f, V1 ?" F3 b: w
(1) 文件名
+ h( j' J( o9 p. _(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
6 U- @0 ?; ^. @3 _. C, I数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
" z. t- p1 V6 T2 V& u(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
$ y, C, j" J% u8 n4 R字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
i# {) J; y1 I3 B4 X. z, B2 @& R6 k3. 指定算法和条件的计算 , J# Y- u7 b. i) O8 a
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"( / l$ ?- S" R$ \$ w& G: \
指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
! |$ N2 i z# X3 Z l% Y! \2 ~/ T(1) 文件名 ! n; v6 p9 p3 b% ?7 i
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
A/ _3 H3 \' a; O Q(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
0 `) o" u" \7 u0 T2 Z- q户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
( D: i7 j! _- i, ?) J) V: r有的结果.
: ?, H3 f3 a0 x7 Y9 ~(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
' R; s. `8 V; s, {' w8 R# }& x(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
2 Q7 g/ f0 s1 d3 Q给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. 8 l2 u# g4 j2 O" V5 X# e
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: $ q" n% t1 ^* R; s4 J0 d
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 8 n6 b, d; Y# e2 J$ j. |: C8 H
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数, 5 g% c" v% T0 F$ k3 }. v
键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. + H; Z9 V1 i2 h& K- d' x4 b }
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. 2 o5 S) N2 b. h" V
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
F8 d8 M$ F2 |8 ?- h/ R( w已算好, 按任一键开始自动计算. 7 ^/ `! z+ b+ T i' A5 W
六. 计算结果的输出
) Y9 \0 ^. ^8 r/ n8 d在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name
$ r, e4 b1 w+ A4 \8 D1 p( I键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): ; @8 F, M6 w, e1 [3 C+ [5 \+ q! ^9 y
1. 常规打印输出 % o. e, l7 [ r: [9 r0 m) f& b
2. 显示个体数据计算结果 ; G+ \( S2 [, @1 G" b& m
3. 绘制相关图及散点图
; o. v1 F2 e3 S; u/ w4 l7 b4. 打印输出文件清单 + f$ w3 d2 X' A- T: m% b% I; W! ^
5. 返回主菜单 , J) q+ N4 Z5 L
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 7 l- S# e2 v$ k& Z5 ~6 C
单(PROUTINE PRINT OUT): ( h7 m- l2 }4 r1 r# `" I
1. 打印标题文件 . t- X( s% Q) j7 h2 g, l
2. 打印供选择模型用的计算结果
& `6 A: r0 o4 T% d7 [, H" o3. 打印批处理的结果
6 a4 w! K& _; o; ~9 H6 k& O" V4. 打印用户指定计算的结果
5 V4 J: ?$ g% \: f6 `5 c F# |2 ^5. 打印个体数据的计算结果
" t3 \, w( T$ z6 Y- R6. 打印统计矩的结果 6 V( E1 \, S: k( z. W, t
7. 返回输出菜单 ' Y) l$ k V1 R( x1 A7 F- G$ Y. x! t- ^
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. ! ]. q V0 U) J& j! D1 K) N) g# B4 |
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 0 ?9 N% [1 v& \% x0 w ^$ G% q0 t
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
0 q; W& e b! v1 H) X7 d(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: 9 S8 D7 N4 T h! y; I" A
加权残差平方和(WSS) & e# L) N2 ~2 C- W* j
相关系数(R) % ^! W# e* B5 d9 K) s
确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] 0 P% ^2 I- F8 ?
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
, F" L7 V5 d. B度--时间数据点数, P 是参数个数]
( R* g* B% ?7 l7 T+ z1 Y最大绝对误差(MAE)
7 o. O" A) ~/ K$ |最大相对误差(MRE) / s" Y/ V2 G# r4 o& N1 |
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
9 Z2 t7 ?1 n6 [+ K! @: x- R游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
5 Y% I" `/ R3 M2 |) |的次数]
2 L- R! g; l6 i6 `9 \' `(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 6 h5 c* P% O9 D' Y5 f1 B
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 6 b1 `# B1 U3 |
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值
! C& y2 N! N3 s8 o a. {, c(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
9 S$ x. n5 ^3 n) p1 m; S* Z4 f5 q说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 + H' t9 }# M1 B r; P7 l
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
% T- J. ]! |6 q% f1 p/ Z意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
' O! \) N& G# `) E/ e& J, I说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
, e0 G4 i6 m+ Y5 T; a- L首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, 4 G# q* e) E% W7 P9 K2 l3 U
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
- V7 @5 x0 t: _6 Z1 I大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, ; R8 l+ K; m$ n) a
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 6 o, c: S1 A5 F( X9 K6 j. B
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 * D1 _9 z" d: M$ [( U
往往并非最小.
! H6 B8 q& r5 U7 `( Q- n1.2 批处理计算打印出的主要内容 & V4 i/ N* C0 r6 @
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. 4 [6 M: D( a1 D m
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
) O: H; _* x% _. S) L) |(2) 一级参数表 5 F) v( Z3 ]- w: I0 u+ P1 o4 f
(3) 二级参数表 1 C3 T j% J, x6 a* T( Z
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. ! V. j8 b$ W: V0 S
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] ' h( M) O5 W9 b* G. w1 u8 m+ c
1.3 用户指定计算打印出的主要内容
8 {9 X% o" F1 {+ |" ~0 f0 y: a+ u在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
. E5 A! h g/ N+ w R拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, # }7 y- y4 K, z# [# e; v! z7 H
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. 7 v* j6 S7 V& |5 l$ W' r1 o
1.4 个体数据计算的详细输出 9 C$ a% Q5 C1 q3 a1 ~) ~: a7 S
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
5 k% e, j( |2 W+ i键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: ' o& m! z6 s' O, Q2 X: ]7 g
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表
$ @! f Q' x% t M P+ J8 I; t0 J- h; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
+ H+ F, S) S! F7 {计矩参数.
7 B; K/ H3 ?7 W" f% m2 x1.5 统计矩计算结果的输出 , l5 c) A' D; K4 H7 n8 A7 G
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 % {2 S8 n+ C0 g) V8 C& z4 p* w9 i
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来. 9 S9 h/ o& P% m- V& y
2. 个体数据计算结果显示
# m0 g! E5 o. d; g* Y, ^8 j4 o在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
& z3 [1 D6 t/ [+ ^; ]3 d8 N$ x" @始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: : ^3 y p( Q6 K/ Y
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数 0 A' S0 M; ?7 P
; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 ' R: h! P0 F* X- V5 r7 k( Y
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. ) W5 r: u9 H/ D) p
3. 绘制相关图及误差散点图 & ^* F( L1 p9 N5 X5 Q. L/ M: h: C
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 # t/ Q6 k& z. V3 @0 i6 J5 K
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
+ m' n ~% b* w2 C: n" Y0 G些图形可供药代动力学分析和研究时参考. ) Q+ e% {% e4 C3 U
4. 打印输出文件内容清单
8 s1 o" d1 R1 y* Q, j* k2 {在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
. B; w, r) j. l" q9 E/ G录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
: B+ ^9 ^2 d: U- O七. 用简化系统计算药代动力学参数 % p0 |9 }$ ?/ e* K# }. M9 s1 Q
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入 " U: @% X7 U! V f& H0 G0 }' G1 p
数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 & o1 f4 w/ _& t' m, @& d4 w, f
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
, @' S3 ?5 t j& q2 W% ~9 [时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 / v$ _3 D/ f: ^9 I* Q6 z) F
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
5 \! q) G% J; [! P( U! ^9 e1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
. { p$ _6 `3 \# J3 @, a途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
3 X+ M6 B* E) F* H" `8 I T2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系
6 l" H V L2 }$ w4 m( I X4 e数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
& L4 ?* e8 Z2 r) I$ N& k# c r3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. 5 J. }0 Q5 G [+ v
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
! K4 e* o+ M% h3 a8 H5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
$ O8 T% u& w) S. {$ {; R和相对误差. * y- K: G, w, r
6. C--T 图和 LN(C)--T 图. ( d4 @+ ~' U. a* o
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
' `5 m. X& f( e4 E' o权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 6 F! j0 a% e/ P# L
的结果.& Z0 |) G' D+ p' x) r5 f
9 a8 J! `8 o) k" L* T( ~% qMathType 5.2 9 O3 c+ i8 c0 e6 r
2 y! g f# D+ c/ y! G6 M
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。
- {0 V4 s5 a! y' A* U* X0 x/ R Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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