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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。
0 m+ ~8 B* E) }' K: J核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具 3 ^ \; J5 c8 \: b) g# L5 Y
一、生物学常用网址:
7 G; F3 n' `2 q$ Z" v' S$ L
# I) Q3 w* n0 F. L3 \4 m CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin ! u# \0 Q6 D7 i* Y3 x
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html 2 m' N2 K; c5 m: o
HighWire Press http://intl.highwire.org/ / ^7 G b9 A8 \9 z
5 U+ i0 D5 }2 A3 D* O3 W
Elsevier Science电子期刊 . l/ Q, Q; M6 r: Z# B' s
http://www.ddbj.nig.ac.jp/>
( k1 F0 R* c) ^/ M+ N& {! \# Y. Z http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm 1 y O1 o" J+ O: L; u) A
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ + x7 u3 k" U" `: L
上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
; K6 X- p- {$ R3 h( l 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html 0 s: L8 B9 g' H# }# V1 ?
Cell杂志 http://www.cell.com/
( q3 Z) t4 [, D5 } 中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
( q, G' R2 @/ u/ T" u* l* l 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ & c W/ d) k0 c0 [
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm 6 P* k4 h9 k" q
Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
# Q: E. m: L* c4 V2 t' }9 ] 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费)
8 N' b! f7 k: s7 |7 \3 {. W- v! W E4 N/ J
美国生物技术信息中心(NCBI)
6 E! G/ j' y7 ^http://www.ncbi.nlm.nih.gov( L0 J7 w; |# O
核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) . X2 q( u/ F" k5 B4 ~8 ~& X& W2 n
; Q, _; |+ y4 w) v) E3 L; z
) q2 r. l" T$ K/ P: z% p* }, z蛋白质信息资源(PIR)# v& D' T2 L/ T% b$ s5 F% ?
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
) u Y% X5 Q: M6 E! _0 j3 U4 x) \8 P, }; ?; |% l# {: m+ o- ~4 r
6 P+ U* E/ ?; c0 P7 i, P' Y
蛋白质结构数据库(PDB)+ d- ]1 s5 t7 O
http://www.rcsb.bnl.gov/& e! o3 b! H, y
5 w' Y; h/ Y! _4 K5 D
Sander蛋白质二级结构数据库$ I! z% Y- M+ s% N' n
http://www.sander.embl-heidelberg.de/
! e( k& l1 C& B, U" S: w- k6 L2 K" |/ T5 D" D. S" S, R
SNP数据库' \1 T- Y8 R3 j, p7 P4 g! ]
数据库 数据库说明 网址
" |4 ]2 x$ g6 VHapMap International HapMap
! U8 \6 c6 _& c/ W' v9 Z% RProject data http://www.hapmap.org/index.html.en& }, L" W+ j1 J
dbSNP Human Single Nucleotide
/ g# o: U" Q3 j" a1 \7 GPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/* {/ S2 D: V4 b3 Q4 A8 R% c, P
HMGD Human Gene Mutation c+ g8 S; F( j! m/ V
Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
( W7 |+ A2 c& m4 w) q/mg/hgmd0.html* N6 K' ~- Z! ~: L/ u" Q# u
JSNP A database of Japanese
$ ^3 _. R$ V$ qSingle Nucleotide Poly-/ Z1 L' G5 x, i" q; A
morphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/7 x9 O6 T5 u9 F0 Q3 @& U4 _0 p
SVD Sequence Variation
: E$ e; n/ `6 r p+ f4 hDatabase http://www.ebi.ac.uk/mutations/
$ ?+ ?* a& ?6 Z3 q% B* h4 JHGVbase Human Genome2 @) V% H! g$ T, ~3 x1 v+ B
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
* D7 H# \1 T* n0 AHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
1 G! z4 H5 q/ `) y" t8 \2 E0 c$ uGeneSNPs Environmental Genome( A; w* b& b' j4 X; w
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/% h- i6 ]/ S, M5 l m0 C2 o! l
+ _. V: k* Y5 U% I1 [9 z) n; W1 A7 y& X$ b( w
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。$ O; [( R. d' U* X
下面贴一个使用说明供新手参考。4 k, ]7 |# N" `0 Y
" N* u) g- j5 i2 |
"3p87"(新版)使用说明 ; D9 }, O$ G0 i8 V% r
1 E7 }$ F& V/ ^3 V- g$ A# z
一. 基本要求
! d8 |* M% X L. [5 U, ?1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据. 2 U5 | v3 P. E3 u( M$ x9 X& U
2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
; N8 _' E8 U7 @# n) P8 M二. 调用 3P87 程序前的准备工作 " ~7 R. r/ _ |# _+ H8 A2 J0 G
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. 7 Z2 r/ Y5 v; y# E, J
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT |! r: I$ u0 F- b7 U# }
三. 调用 3P87 # g+ j& h* M: x% ?
将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
+ r! Z8 k& Q1 f( C3 t( f$ n/ s主菜单
Q, ~, R' A2 W" Z1. 输入或修改数据
) p. G* n+ g9 B4 M0 [2. 用主数据计算药代动力学参数 & U1 O- I$ N8 W: ?& k
3. 对多组数据进行批处理计算
0 }( C$ w1 a8 ]4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
! _2 Q! x/ M9 v- w5. 输出计算结果 6 X x6 O! `/ T6 q
6. 用简化系统计算药代动力学参数 : k Y1 N7 J! i& h1 o
7. 药代动力学房室模型的图示和说明
' z2 X: m8 J$ u3 O6 O$ y8. 退出 3P87 程序 8 x' G1 K4 U; `
四. 输入或修改数据
5 ^3 L9 |, a( C; x# f! L; P在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 H: E6 k7 @0 i% L! q9 Q% o4 s
Please Execute a:inp
. q4 }, h' U, ]+ ]) H }: G键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
( r( \- r% {4 ]* l# }; l输入菜单 4 R. X& N0 T: @1 M# i4 {
1. 输入数据
. ^$ b9 M1 h G0 n2. 修改标题文件 % C& n/ k" {: ^, ?
3. 修改浓度--时间数据 ! u. O8 v7 C+ f( u, |" U' V( ^
4. 增添浓度--时间数据 " q$ H, ?, K/ v& A- [5 x4 w
5. 删除浓度--时间数据
6 w7 v" z* N' W0 M3 ]4 b6. 显示输入的数据 & P: D% r. [' x8 d, `* _3 ?! p- O; P8 b
7. 打印输入的数据
9 L6 m0 u1 _- d" V8. 返回主菜单 1 h. P, b1 l {
1. 输入数据 / F, i$ D3 M h0 z3 c1 k2 S
1.1 建立标题文件
* q ^% U. t# `4 Z1 N, k# I在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: ) G2 h4 O% X( o0 n1 X5 T
1. 药名或文件名 # r3 N4 v* g6 a, R4 s8 B4 \% Z9 s
2. 实验对象
9 G8 s: a. H! s& Z z4 H3. 研制单位 - z4 J. p- _. H1 g1 r& l% t; ?0 ]8 Z
4. 日期 # X2 Y, F& M4 ~
5. 实验者
: t" T8 y$ j% I; Q' P. |$ K6. 计算者 % T V8 `2 f$ u8 i: v/ X/ V8 z
7. 测定灵敏度
2 H: k# ~) F& s& N) [' S7 s8. 浓度单位
+ B7 }- Z5 N6 g9. 测定精密度(cv%) 3 Q# K$ V2 V- D ^; s6 ]
10. 时间单位 , y/ X t2 t' j8 o( }! B
11. 给药剂量单位 ' O/ K$ _) G ]* d* v) |
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
4 r8 i6 M2 i& J8 _& c& V有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 2 S( o9 U9 L! }$ j2 \2 r$ ?7 a7 L5 S
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车 ! Q( o( C: z, a! h
键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
$ Z, d- r Y& z3 i' @/ C+ S" g6 z改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 ; ~+ y- @/ S* _6 p' ~+ R
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入. 4 a; Y! K7 c4 C7 M7 @7 ^
1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
. k6 v. Q2 g' z) ^1. 静脉推注 ) R7 V. Y \0 A# w" ~5 t+ `9 U
2. 静脉滴注
+ T3 ~: j9 L; E( k0 N2 \# ^0 v/ X3. 非静脉给药 * j# k2 _( d8 I% S& q
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. / t/ U) ~) n" E; Q$ B
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 - \; C, ]0 Q4 Z8 E& G
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
% O1 |, {2 |' ]& k" ~3 Y# v9 w1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
/ A" E4 x' N! c! W用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
3 i, H& Z, g" H# K. J5 }全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
7 t/ ?6 k# X8 {, X+ |( ^: j必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. & ^ ?' S+ k1 ^1 e
0 h. C1 V9 z# V& Y
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
* u( b; w n1 r- [3 I: v8 i/ x后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
: }/ g, ~8 f! O' k
) d- c/ Y. i- Z6 c5 N8 l1.5 输入浓度--时间数据
0 A0 j; t- W- r6 q: U# m0 N) {+ q先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
$ U7 O6 V, u( e' C4 ?9 H5 _* s内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 * y" X8 Q, x. q- k3 M8 Q
主数据输入.
9 l! i5 b n, w; V在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
0 M( ~1 C! B% P1 i, v. Q.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), # ]$ m( }7 `, |" N3 Z
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
+ o% S3 V2 y* q, S- m# C用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
4 ]6 ]4 Q0 A( O# u输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 " M+ a9 f2 i& E; M/ m, ]
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改 + I. X- }& A& o, M7 Y" h( _3 G
, 每修改完一项必须按回车键. : ?( z, O& ^4 m# i' t& ~
( l3 O* A. e3 e: q* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
& ?2 B8 X4 ]7 R1 v3 n/ @字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
2 k3 ~) Y9 ` \& s+ v$ u ~* S# q" E8 L
2. 修改标题文件 i. x3 X6 H& T, w7 o4 e
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
6 H) y+ l0 q @2 {( m5 T键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 % l3 _' _' n6 m' U6 |4 {
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样. % B( S W( J5 o' m5 t% a) O2 ~
3. 修改浓度--时间数据 3 s& r' g2 o9 D- A* `! D3 G
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
7 u# S- q8 q$ A+ |8 v/ ] @5 [a No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
; ^" z, d' ^8 W, k, J修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 ' K# q8 {/ t+ x) |: M
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. " @ B& v% x9 s. i! \
4. 增添浓度--时间数据
! G' r0 [0 J+ V8 `. I# l在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: + X# K5 L- l) M# b L
1. 增添新剂量组
, Z; ?# S1 y$ [* j) Q% v) I. w2. 在某剂量组内增添个体数据 # W$ O3 I, i+ ?5 H5 W: C5 s" n
3. 返回输入菜单 " b3 X- y3 T& D& \3 p+ \/ T2 z
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
8 u+ e2 I8 }2 V0 F5 ]4 G! Z: ^4.1 增添剂量组 9 ]' Y+ N+ E8 I/ V
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 . ?6 R; Q4 a3 n* Q, r3 D# s9 D/ j
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
* l+ ]( {$ B! R$ p- P屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 , H. E- e D" A6 l+ X& z
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样.
' ]0 q. k$ V" z: T% l. G; R4.2 在剂量组内增添个体数据 ' j- X# V( a# r- H' k2 u
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
$ T9 ?# E5 G: n- h6 [新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
. m. k% I9 _5 m- a: x8 y$ m, p度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
$ N8 ]1 N# w, y( S% ?3 l# A0 F- ^5. 删除浓度--时间数据 9 n5 F4 q+ ~. t; ^* j' s
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: ; c: m* ]. q" P
1. 删除一个剂量组的全部数据 ! r, Q3 V2 J0 Q% N* k3 y5 ?" J1 O9 i
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据 - {+ o7 m9 p8 C! G# k4 `
3. 返回输入菜单 & P1 i2 u- m: u+ E0 H
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. : h8 y' K8 i* M+ x# }" ^4 b
5.1 删除一个剂量组的全部数据
3 @1 b4 p4 ]8 S5 F0 ^; y* ?屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量
; q( o3 E, p2 M L0 H8 \组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will
9 |4 C% a* N) L4 j: xbe Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
. e( {! @8 V% z: d8 h据, 并按新的结构重排一次数据.
$ A. j- ]0 j: `$ g: f5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 ! s" }& o1 E; T" x0 O( H/ F
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 . k& @& ~/ v8 Q
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. ) D! h% @4 n- x/ q
9 E- N3 i- |# |4 r4 G* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数 V/ {( {. G; C5 K$ n1 B
, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 7 R/ e( B! }4 c- H% z
在此前, 应首先复制一份原文件作备用. ; i+ J- c; x( [8 O( o$ V# C3 j
$ H) {1 J$ h! r5 a6. 显示或打印输入文件 ) |% a; a! U0 z5 o
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户 : b1 K) s6 }* b( n7 P) B
从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用
' Z+ ]: }7 c- n P* j. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如
6 d0 m1 d, y5 M' L$ ~& `调用有关记录. / i) R; d' J4 M
, t4 P/ ?+ K7 N) k w) n- ]
五. 计算药代动力学参数
' v, T2 f. |( x5 z5 K在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 7 X8 ]! _9 B5 R4 p: p
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
- S# X3 H! x- p& F要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
! `$ Q/ i6 ^- x左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
/ G, u) E( H' F4 j, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
2 d7 ?, B! e0 D# j4 `* p算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
: n( {* Y# `6 p# ~3 ]& B$ O: N正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 6 a3 u; R; Q( E( c
户可随时调用, 调用方法见后面六. $ [9 G- h! R8 n9 l0 J/ ^& S
1. 用主数据进行计算
# v6 l1 t- Z0 {# O! x$ t9 l在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
. D0 n8 O$ K4 b4 z' O算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
$ i( y' U% @# @! S/ Y' T3 i线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果 0 l5 J5 T% J6 U$ t1 y
: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
) v% [. X9 X! u/ E/ l0 m/ b三种情况的结果: 一房室三种权重. " ]" S/ g4 G5 Z4 t* D1 r/ z3 R+ u' t' T
2. 批处理的计算
7 B& O7 M: k6 P9 ?0 T8 r7 g在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
4 N% I2 d. s) K1 z1 Q理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
L5 {9 k$ E% J6 a: S; Y8 C(1) 文件名 ! c) S! p* J, ]3 q6 e$ m, ]) D
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
4 I/ U4 c3 `) z8 C& n数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
$ v+ S* D2 ], \; M4 j$ J(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 1 ?& K4 }% V& |9 }
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
' x3 w8 [+ g. X3. 指定算法和条件的计算 . {3 u7 P3 @( {& z) `( x
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
3 y0 |5 {, B& X; U1 T" J7 F) ?指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: 0 b$ D- F4 I( K* a8 D! H
(1) 文件名
; _' r. M% C* N T8 ]. @; C(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
@' ~; O% Z$ g7 M4 F(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
( a+ d5 B. D# i4 }/ [. z! u户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 8 d- s, Q* b2 i: j3 a
有的结果. ) t2 l) E% H9 w( w
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. 4 A( Z; i P% N7 E: l- \
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. $ U- H$ d1 K$ p) E: B+ l
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. # S6 _3 w4 J$ W7 }, ?' {
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: 0 s9 a6 m5 M) n X- V/ v
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 ) K3 `5 G$ n% f% J9 k' R" Z' o
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
# K# { T, v# R键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
" }5 s: M1 ~0 I6 e. ]6 E(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
5 T, y8 U4 U* c7 }" Z当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 $ g1 D$ p9 x- ?
已算好, 按任一键开始自动计算.
' Q$ W0 c l, G/ x/ g( u6 b六. 计算结果的输出 % G$ w5 e' e2 M% p( v: d% `
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name : h9 d# B9 }7 R% C+ A. y
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): ' u. T$ ?. m: A
1. 常规打印输出
/ m3 B! X+ Z9 A0 n3 Y* T2. 显示个体数据计算结果 ! j$ d; \) c: R1 i" S+ K4 x' u
3. 绘制相关图及散点图 $ j- J' Y) g- A
4. 打印输出文件清单
( C0 V: q- b" P3 ]5 w5. 返回主菜单
& G6 _# T& n$ g) Y1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 6 Z: X' {$ V) }& I4 v; K2 O
单(PROUTINE PRINT OUT):
" h( i* `2 B# v: e- _6 F1. 打印标题文件
. C3 s0 x3 {9 |. P2. 打印供选择模型用的计算结果
4 Q7 `9 t, V, J J7 F3. 打印批处理的结果
; P/ G/ B$ p& L5 Q4. 打印用户指定计算的结果
3 s0 H% Y6 b: C( T5. 打印个体数据的计算结果 # N/ X7 A/ m, q+ m% p) Q
6. 打印统计矩的结果 $ t& ~) G5 m- h A/ w% Z1 P- X
7. 返回输出菜单 - W2 G5 J- B: s0 }7 m! w# S, h
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. 9 P+ X/ m8 ~0 s9 H
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 ( Y$ Z( T- h- ? [3 D
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
, ?# n$ }1 {* x9 J8 |, w(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
; V# n! S4 p" @% }加权残差平方和(WSS)
8 o" m- Y2 V* h6 f- U4 T) [& D相关系数(R)
' L1 h6 o( N- j, P/ l o0 u% I4 y确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] . v. H3 | D9 a5 J. |6 U
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 . H6 K" ^) o" ?; f" b
度--时间数据点数, P 是参数个数] ! e0 c" M; Z5 W1 u( z
最大绝对误差(MAE) & d+ V0 H1 @' h$ b' ^/ Q
最大相对误差(MRE) - x+ ~' _, {- i; w7 T2 @
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] 4 q% ]; M/ R8 W8 N+ {
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
9 E9 J5 K) k" V. T! }0 G" r的次数] + d! d& H" c3 O; E. E3 H( |/ A
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
. D6 G6 U* R1 V0 `+ U果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
+ x- { T0 p( X; O3 p3 U% y8 _(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值
, Q1 }0 ^4 x7 C! z% ~9 v0 k, j' L(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
: i5 i) F5 i8 N$ Y6 t) _说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 , L& y+ r$ V6 m) [4 h* h' K6 ~
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
+ [; a3 X8 t7 c9 \6 B6 d: J意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
9 v- b* d# c6 b0 L- I7 [6 k说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: 4 Y+ J* q3 L8 G" `5 [
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, 2 i6 Q- {; O# Y
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最 6 J& r% R% y5 c% S) Q- S8 L5 I
大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
" g' Q% W" u% O. Q. a权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 " f" S; O: [0 s& q7 O% { O
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
9 u0 h9 o+ _8 p; L2 m; G8 ?往往并非最小.
/ p# \# Y, c3 J' U9 z5 V! w' o7 Y5 o1.2 批处理计算打印出的主要内容 * U6 x0 W0 d) o
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. - ]/ Q) y" x% f0 H& m, h. H; o
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
; X& \- o0 r; H0 n0 q: g- R1 Z k- U* m(2) 一级参数表 2 ?6 k, X, X* l- M! P* s b
(3) 二级参数表 ' g5 k* ? H5 h4 |& t" ]4 I/ j
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
8 o* u( Q5 ?2 T1 Z3 {8 v# Q(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
& c8 c3 q; J. f6 N3 A" ~1.3 用户指定计算打印出的主要内容
: C9 `! @- X' J. o' \/ J( f在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
5 @9 X& y2 Q* U拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, 7 q. b l, Z, j) G; o( Z
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上.
, }$ p0 w- Q8 B5 j: a5 P1.4 个体数据计算的详细输出 8 B6 X5 q% g! H* v' O
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 8 B/ H8 Z" n- c! P% H' h, f8 X
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果:
! p4 a3 S2 p% P标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 4 v" g! h; B; Q+ f, ?) Q
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 : j* U% H- a0 c$ k$ w# `# O" h
计矩参数. 0 u5 X; Z6 v2 A9 e# Z
1.5 统计矩计算结果的输出 ( K' l+ w* [- y' P6 i
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 3 Q$ w: A% l3 y* T* {
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
, }8 L' l$ F2 f" ?$ {9 G. L# P2. 个体数据计算结果显示 * k1 a* ^) k0 B. \) Y; O3 d
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
! D4 B/ M0 |) c# }" Y' W始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: - t0 w: i+ p7 {
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数 6 q! l8 D/ m" N( u F) C
; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
; {3 s/ d/ |9 I* v! n2 N1 N' g3 b U记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
3 {- _/ q& r9 Q; Y3. 绘制相关图及误差散点图 : x% t) K' h/ H) M% u1 D2 q
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
" {# V# z4 q& q4 a观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 : Z8 b4 I! I9 t) Y5 |
些图形可供药代动力学分析和研究时参考. ' k) l4 C( a0 d# h. S3 K" h* F
4. 打印输出文件内容清单 $ ], ~) X6 M" T$ v" Q, D; ?
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
" o$ m% ~! z; g$ x1 d) I录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
$ b" a0 X3 x2 z. y: p2 M( Y; e) ^七. 用简化系统计算药代动力学参数 / y( M( u: N( o4 W! g% Q* J2 N
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入 - s4 X' _" {$ k9 q: y3 ~! T
数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 " ]5 K5 d }% V9 u. `; h* b( O# m1 M
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
$ i g o- h4 d8 a! K7 T" c时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
; }( i4 m7 o+ ]9 I C3 y& a敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
: E; w2 }- o( r+ [, J1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 4 S) B) ]# q/ p. U" Q- H; l
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
/ T" w' j5 }" O2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 & v. L& V* {8 e9 F: O0 Y: |
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. 8 e+ z! i3 [- Z' W+ E
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. 9 t8 c4 Z! Q% E2 U2 y, b
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. , _3 N$ j) v& x0 s4 x, _- Z
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 8 q: E1 x7 U4 w1 Q/ K/ a
和相对误差.
q/ m3 \3 O% t5 g4 ^+ Y% Q# G6. C--T 图和 LN(C)--T 图. % e u" L+ [& o! V' r! h
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
% g8 Q* r3 A" [) Q0 x权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 : \& ~8 L, T4 F; {
的结果.
, D7 m( r! i3 K' G Z3 v
% h" g1 [+ u9 ZMathType 5.2
0 Y3 k( y# h4 n2 k1 O: C% I
( U: ^/ P8 @* W, u9 z2 E) t5 gMathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。
8 r) P/ W, N3 s' R) x2 v Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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