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发表于 2006-8-19 11:42:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
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Gaussian(波普 因次获 1998 诺贝尔化学奖)

主页:http://www.gaussian.com/

简介:Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件,可以研究:
分子能量和结构,过渡态的能量和结构,化学键以及反应能量,分子轨道,偶极矩和多极矩,原子电荷和电势,振动频率,红外和拉曼光谱,NMR,极化率和超极化率,热力学性质,反应路径。
计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态。Gaussian 03还可以对周期边界体系进行计算。Gaussian是研究诸如取代效应,反应机理,势能面和激发态能量的有力工具。

ADF
主页:http://www.scm.com/
简介:专门作密度泛函计算的软件。包括ADF和BAND两部分,ADF部分的简介见下。BAND部分类似,但专门用于计算周期性体系(晶体,聚合物等)。ADF-GUI可以在图形界面下创建ADF计算任务和图形显示结果。当前版本是ADF 2004。

CAChe
主页:http://www.cachesoftware.com/
简介:
CAChe是用于生命科学、材料和化学的计算机辅助化学建模软件包,适用于实验化学家,生物化学家,药物化学家,计算化学研究者,以及高等教育工作者。Cache使用经典和量子力学方法,并有DGauss的图形界面,可以使用密度泛函理论进行计算。它包含很多新的半经验方法,可以计算直到20,000个原子的分子,甚至可以挑战实验精度。CAChe WorkSystem Pro包含BioMedCAChe的所有蛋白质分析工具以及全部量子化学计算程序(MOPAC 2002,Zindo,EHT,DGauss,Gaussian接口)的功能。此外还有多种包含部分功能,用于不同用途的特殊版本。

cerius2
主页:http://www.accelrys.com/cerius2/
简介:
Accelrys公司的材料计算平台,界面友好易用,集成了全面的材料计算工具,包括分子力学、分子动力学、量子力学、Monte Carlo、统计力学以及介观动力学等多种计算方法。在量子化学计算方面,提供的图形界面支持:ADF,CASTEP,CRYSTAL,Gaussian,MOLCAS,MOPAC,DMOL,ZINDO等。

ChemOffice
主页:http://www.camsoft.com/
简介:ChemOffice Ultra 2004包含了:
ChemDraw Ultra 8.0:化学结构绘图
Chem3D Ultra 8.0:分子模型及仿真
ChemFinder Pro 8.0:化学信息搜寻整合系统
此外还加入了E-Notebook Ultra 8.0,BioAssay Pro 8.0,量化软件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面,ChemSAR Server Excel, CLogP, CombiChem/Excel等等,ChemOffice Pro还包含了全套ChemInfo数据库,有ChemACX和ChemACX-SC,Merck索引和ChemMSDX。
可以下载试用版。当前是版本是2005 (9.0)。

hyperchem
主页:http://www.hyper.com/
简介:图形界面,有半经验方法(AM1,PM3等),UHF,RHF和CI和7.0版新增加的密度泛函。可进行单点能,几何优化,分子轨道分析,预测可见-紫外光谱,蒙特卡罗和分子力学计算。主页同时提供试用版下载。

Insight II
主页:http://www.accelrys.com/insight/Insight2.html
简介:Insight II是分子建模与模拟的3D图形界面环境。Insight II集成了分子建模工具、开发工具、力场、模拟和显示工具,以及为生命科学的应用而特别开发的工具于一体,有助于全面了解生物分子的结构与功能。

Materials Studio
主页:http://www.accelrys.com/mstudio/index.html
简介:Materials Studio专门为材料科学模拟所设计,能方便的建立3D分子模型,深入分析有机、无机晶体、无定形材料以及聚合物,可以在催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域进行性质预测、聚合物建模和X射线衍射模拟,操作灵活方便,并且最大限度地运用网络资源

spartan
主页:http://www.wavefun.com/
简介:图形界面的量子化学从头计算程序

Titan
主页:http://www.schrodinger.com/Products/Windows/titan.html  
http://www.wavefun.com/software/titan/titan_main.html
简介:Titan在Spartan的图形界面下,执行Jaguar的计算

[ Last edited by yd365 on 2005-1-5 at 01:21 ]

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     楼主| 发表于 2006-8-19 17:11:41 | 显示全部楼层
    植物保护方面的网站
    蔬菜植保信息网 http://www.lhmsoft.com 有蔬菜病虫害图片
    APS的植病图片资源
    Presents 60 color images illustrating symptoms of many leaf, stalk, and root disorders and general plant abnormalities caused by pests and diseases.
    http://www.apsnet.org/online/image.asp
    Cornell大学的植物病理方面的几个教程
    基础植物病理学:病毒Basic Plant Pathology: Viruses
    http://ppathw3.cals.cornell.edu/Virology/pp401/PP401.html
    分子植物病毒学Molecular Plant Virology
    http://ppathw3.cals.cornell.edu/Virology/pp606/Index.htm
    分子植物病原相互作用Molecular Plant Pathogen Interactions
    http://ppathw3.cals.cornell.edu/Virology/pp662/PathHost.htm
    植物病毒学原理Principles of Plant Virology (Phytovirology )
    http://ppathw3.cals.cornell.edu/Virology/pp705/PP705.htm
    常用的植物病理学数据库
    www.dialogweb.com/servlet/logon?Mode=1 需要注册
    http://www.tigr.org/tdb/fungal
    特色数据库
    The Database of IPM Resources http://www.ippc.orst.edu/cicp
    加拿大植物病害调查报告 http://www.cps-scp.cs/cpds.htm
    European and Mediterranean Plant Protection Orgnization http://www.eppo.org
    Plant Pathology & Plant Physiology Journals
    http://medbioworld.com/bio/journals/phytopathology.html

    植保信息交流网http://211.68.176.15/
    中国植物保护网
    http://www.ipmchina.net/ipm/ipm_e.html
    德国植物病理学因特网导航手册
    http://ifgb.uni-hannover.de/extern/ppigb
    植物病害防治指南
    http://plant-disease.orst.edu/
    新西兰植物病害
    http://www.landcare.cri.nz/science/nzpddb/
    康乃尔大学植物病理学蔬菜病害网
    http://vegetablemdonline.ppath.cornell.edu/Home.htm
    CABI 国际农业和生物学中心
    http://www.cabi.org
    农业生物学和环境统计学学报
    http://ww.amstat.org/publications/jabes
    介绍正确诊断植物病害的方法,附图片和照片http://osu.orst.edu/dept/hort/dpd/index.htm
    国际植物病理学会 http://www.isppweb.org/
    美国植物病理学会 http://www.apsnet.org/
    英国植物病理学会 http://www.bspp.org.uk/

    期刊:分子植物病理 http://www.bspp.org.uk/publications/mpp.htm
    澳大利亚植物病理学 http://www.publish.csiro.au/journals/app/
    植物健康进展http://www.planthealthprogress.org/
    生理和分子植物病理
    http://www.academicpress.com/pmpp/http://www.elsevier.com/locate/issn/0885-5765
    Phytoparasitica http://www.phytoparasitica.org/
    Canadian journal of plant pathology http://www.cps-scp.ca/journals.htm
    New Diease Reports,英国植物病理学会主办 http://www.bspp.org.uk/ndr/index.htm
    Annual Review of Entomology http://ento.annualreviews.org/
    Annual Review of Microbiology http://micro.annualreviews.org/
    Annual Review of Phytopathology http://phyto.annualreviews.org/

    西北农林科技大学植物病理研究所,内容丰富
    http://www.cnipm.com/ipp/
    几个关于植物病毒方面的
    植物病毒在线 http://image.fs.uidaho.edu/vide/refs.htm , http://image.fs.uidaho.edu/vide/
    包括:Virus names,Virus species descriptions,Summaries of viral genera,Host susceptibility data,Abbreviations used,etc
    植物病毒抗血清收藏
    http://www.lgcpromochem-atcc.com/SearchCatalogs/PlantVirology.cfm
    植物病毒病Virus Diseases in Plants http://www.plbio.kvl.dk/~thluj3/

    植物病理学课件 http://lyac15.lyac.edu.cn/kejian/blx/index.asp
    植物保护基础课件 http://lyac5.lyac.edu.cn/wlkc/zwbhjc/index.htm
    湖南农业大学植物保护学院网上教程
    http://www.hunau.net/zhibao/onlineteaching/
    康乃尔大学植病网教
    http://ppathw3.cals.cornell.edu/Title_Pages/Extension.html
    康乃尔大学昆虫网教
    http://www.entomology.cornell.edu/Extension/Extension_Home.php
    园艺植物病害及无公害防治
    http://210.44.48.75/kejian/2002-2003/yuanyizhiwubinghai/index.htm
    台湾的植物病原微生物学
    Plant Pathogenic Microbiology
    http://140.130.177.203/jgtsay/jg4-3.html

    农业在线词典
    http://www.okeysoft.com
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     楼主| 发表于 2006-8-19 17:12:49 | 显示全部楼层
    电力系统分析仿真软件介绍

    一、PSAPAC
    简介:由美国EPRI开发,是一个全面分析电力系统静态和动态性能的软件工具。
    功能:
        DYNRED(Dynamic Reduction Program):网络化简与系统的动态等值,保留需要的节点。
        LOADSYN(Load Synthesis Program):模拟静态负荷模型和动态负荷模型。
       IPFLOW(Interactive Power Flow Program):采用快速分解法和牛顿-拉夫逊法相结合的潮流分析方法,由电压稳态分析工具和不同负荷、事故及发电调度的潮流条件构成。
         TLIM(Transfer Limit Program):快速计算电力潮流和各种负荷、事故及发电调度的输电线的传输极限。
        DIRECT:直接法稳定分析软件弥补了传统时域仿真工作量大、费时的缺陷,并且提供了计算稳定裕度的方法,增强了时域仿真的能力。
        LTSP(Long Term Stability Program):LTSP是时域仿真程序,用来模拟大型电力系统受到扰动后的长期动态过程。为了保证仿真的精确性,提供了详细的模型和方法。
        VSTAB(Voltage Stability Program):该程序用来评价大型复杂电力系统的电压稳定性,给出接近于电压不稳定的信息和不稳定机理。为了估计电压不稳定状态,使用了一种增强的潮流程序,提供了一种接近不稳定的模式分析方法。
        ETMSP(Extended Transient Midterm Stability Program): EPRI为分析大型电力系统暂态和中期稳定性而开发的一种时域仿真程序。为了满足大型电力系统的仿真,程序采用了稀疏技术,解网络方程时为得到最合适的排序采用了网络拓扑关系并采用了显式积分和隐式积分等数值积分法。
        SSSP(Small-signal Stability Program):该程序有助于局部电厂模式振荡和站间模式振荡的分析,由多区域小信号稳定程序(MASS)及大型系统特征值分析程序(PEALS) 两个子程序组成。MASS程序采用了QR变换法计算矩阵的所有特征值,由于系统的所有模式都计算,它对控制的设计和协调是理想的工具;PEALS使用了两种技术:AESOPS算法和改进Arnoldi方法,这两种算法高效、可靠,而且在满足大型复杂电力系统的小信号稳定性分析的要求上互为补充。

    二、EMTP/ATP
    简介:
        EMTP是加拿大H.W.Dommel教授首创的电磁暂态分析软件,它具有分析功能多、元件模型全和运算结果精确等优点,对于电网的稳态和暂态都可做仿真分析,它的典型应用是预测电力系统在某个扰动(如开关投切或故障)之后感兴趣的变量随时间变化的规律,将EMTP的稳态分析和暂态分析相结合,可以作为电力系统谐波分析的有力工具。
        ATP(The Alternative Transients Program)是EMTP的免费独立版本,是目前世界上电磁暂态分析程序最广泛使用的一个版本, 它可以模拟复杂网络和任意结构的控制系统,数学模型广泛,除用于暂态计算,还有许多其它重要的特性。 ATP程序正式诞生于1984年,由Drs. W. Scott Meyer 和Tsu-huei Liu,所组成的世界各地的用户组不断地发展。
        ATP还配备有比TACS更灵活、功能更强的通用描述语言MODELS及图形输入程序ATPDraw。
    功能:
    雷电过电压研究
    操作过电压和故障
    系统过电压研究
    接地等现象的快速暂态分析
    设备建模
    电机启动过程动态仿真
    轴系扭振分析
    变压器及并联电抗器/电容器的开断
    铁磁共振现象的研究
    电力电子设备的研究
    断路器电弧、冲击电流
    FACTS 设备: STATCOM, SVC, UPFC, TCSC模型
    谐波分析与网络共振现象
    保护设备的实验

    三、pscad/EMTDC
    Dennis Woodford博士于1976年在加拿大曼尼托巴水电局开发完成了EMTDC的初版,是一种世 界各国广泛使用的电力系统仿真软件, PSCAD是其用户界面,PSCAD的开发成功,使得用户能更方便地使用EMTDC进行电力系统分析,使电力系统复杂部分可视化成为可能,而且软件可以作为实时数字仿真器的前置端。可模拟任意大小的交直流系统。操作环境为:UNIX OS, Windows95, 98,NT;Fortran 编辑器;浏览器和TCP/IP协议。
    功能:
       ?可以发现系统中断路器操作、故障及雷击时出现的过电压
       ? 可对包含复杂非线性元件(如直流输电设备)的大型电力系统进行全三相的精确模拟,其输入、输出界面非常直观、方便
       ? 进行电力系统时域或频域计算仿真
       ? 电力系统谐波分析及电力电子领域的仿真计算
       ? 实现高压直流输电、FACTS控制器的设计

    四、电力系统分析软件BPA
    中国版的BPA程序是由中国电力科学院引进、消化、吸收美国BPA程序开发而成。从1984年开始在我国推广应用以来,已在我国电力系统规划部门、调度运行部门、试验研究部门得到了广泛的应用,成为我国电力系统分析计算的重要工具之一。程序中包括详细的发电机模型和各种励磁模型,主要由潮流和暂态稳定程序构成,具有计算规模大、计算速度快、数值稳定性好、功能强等特点。操作系统为DOS及Windows 9X/NT/2000版。
    功能:
        ? 潮流计算:采用P-Q分解法和牛顿-拉夫逊法相结合,以提高潮流计算的收敛性能,可进行交流系统潮流计算,也可进行包括双端和多端直流系统的交直流混合潮流计算
        ? 自动电压控制:可对多种类型的发电机节点电压进行控制,具有自动投切电抗器和电容器电压控制、自动调节带负荷调节变压器分接头电压控制功能。
        ? 联络线功率控制:通过自动发电控制(AGC)功能,自动控制联络线的功率交换为给定值
        ? 系统事故分析(N-1开断模拟):用断线补偿法快速检查制定系统中的每个元件故障
    后的系统运行状态,找出系统运行的薄弱环节,为电网运行、规划提供依据
        ? 网络等值:可采用REI法,对指定区域进行静态等值,能保证等值网潮流结果与原始网一致
        ? 灵敏度分析:能够按指定的扰动量,给出功角、电压灵敏度以及线路功率、线路损耗、网损等灵敏度分析报告
        ? 节点P-V、Q-V和P-Q曲线:在系统施加一定的电压、无功或有功扰动后,程序可自动给出P-V、Q-V和P-Q变化模拟曲线
        ? 确定系统极限输送水平:可方便地使系统发电机出力和负荷成比例地增加或减少,以预测网络对负荷的适应能力
        ? 负荷静特性模型:可以模拟由恒定功率、恒定电流和恒定阻抗构成的静态综合负荷模型,用来模拟电压变化对负荷的影响
        ? 分析报告灵活、检错信息详细:用户可自定义分析报告,程序提供900多种检错信息,便于用户根据检错信息发现和校正错。

    五、电力系统分析软件NETOMAC
    简介:
        德国西门子公司在上个世纪70年代开发的电力系统分析软件,经过多年的发展,该软件不断完善,功能日益强大,具有良好的开放性,可嵌入用户自行编制的FORTRAN语言子程序、数学表达式等,用户遍及世界各地。该软件元件模型全,仿真频带宽,运行与Windows环境下。
    功能:
        ? 潮流计算:可进行单相、三相潮流计算,计算时可以考虑负荷电压特性、变压器分接头、HVDC及SVC;也可进行电感、电容耦合的多相线路潮流计算,得到分布式多相线路上的电压随距离的变化曲线
        ? 暂态计算:分为电磁暂态计算和机电暂态计算。电磁暂态部分采用差分导纳法、变积分步长等方法和技巧有效地处理了开关操作产生间断点、非线性连接等问题;机电暂态部分可用自定义地负荷模型考虑频率、电压特性,自定义的继电保护断开线路仿真。在暂态计算中不同的时段可采用不同的数学模型,可变积分步长
        ? 参数辨识和优化:在频域或时域内使用Quas-Newton,Modified Powell或最小二乘法进行辨识;能在等式、不等式约束条件下对用户自定义的目标函数进行优化;能对发电机电压调节器的参数进行优化甚至可以解决一些较难优化的数学问题
        ? 频率响应:计算网络和电机的频率特性以便于为发电机励磁等的参数设计提供依据、计算无源网络的谐波分布、分析网络中出现的周期性干扰、研究与频率和电压有关的负荷的影响等
        ? 动态稳定性分析:应用收敛性较好的QR算法求出全部特征值,来判断系统在小扰动下的动态稳定性;若考虑发电机轴系方程后,也可进行次同步振荡的研究
        ? 面向模块的仿真语言:采用模块化语言来模拟发电机励磁,原动机调速器、汽轮机等。具有80多种模块,其中有积分、惯性等基本积分环节,也有较大的组合模块
    韩祯祥.张琦.徐政.一个大型集成化的电力系统仿真计算软件――NETOMAC,电力系统自动化,1997.9

    六、PSASP
    《电力系统分析综合程序》(Power System Analysis Software Package,PSASP)是一套历史长久、功能强大、使用方便的电力系统分析程序,它具有我国自主知识产权,是资源共享,使用方便,高度集成和开放的大型软件包  
       PSASP是电力系统规划设计人员确定经济合理、技术可行的规划设计方案的重要工具;是运行调度人员确定系统运行方式、分析系统事故、寻求反事故措施的有效手段;是科研人员研究新设备、新元件投入系统等新问题的得力助手;是高等院校用于教学和研究的软件设施。
       PSASP基于电网基础数据库、固定模型库以及用户自定义模型库的支持,可进行电力系统(输电、供电和配电系统)的各种计算分析。
    计算程序模块
      潮流
      暂态稳定
      短路电流
      网损分析
      电压稳定
      静态安全分析
      静态和动态等值
      直接法暂态稳定
      小干扰稳定
      最优潮流和无功优化
      参数优化协调
      继电保护整定与仿真
    主要特点:
      交直流混合电力系统
      固定模型库和用户自定义模型库支持
      提供用户程序接口,实现与用户程序联合运行
      文本和图形两种运行模式及多种形式的结果输出

    七、PSS/E OPF
    简介  
        PIT美国电力技术咨询公司在电力系统分析领域居世界之首,其PSS/E OPF(用于电力系统工程的仿真器的优化潮流)是个功能强大,使用方便的电力网络分析工具。它突破了常规的潮流分析,为用户提 供了全面优化和调整输电系统运行的能力。PSS/E OPF完全嵌入在PSS/E的潮流程序中,使得这种优化 和调整更为容易。
    PSS/E OPF把职能融入潮流求解过程中,大大提高了分析电力系统性能的效率。常规的潮流依赖于工程 师系统地研究各个解后才能找到一个满意的“良好”解,而PSS/E OPF直接改变各种控制从而迅速地确 定“最优”解。几乎对于任何一个合理的初始点,OPF肯定能求得唯一的全局最优解,并同时满足系统 约束,使成本减少到最小或使系统性能最佳。
    PSS/E OPF除了能够进行通常的优化分析外(比如使运行费用减到最小),还适用于解决与当今电力市场环境更密切相关的许多问题,这包括:
    运行费用减到最小(Minimizing operating costs);
    无功规划(Reactive power scheduling);
    电压崩溃分析(Voltage collapse analysis);
    输送能力分析(Transfer capability investigation);
    基于地点的边际电价分析(Location based marginal cost assessment);
    随时需要的辅助服务费用分析(Ancillary service opportunity cost assessment);
    建立用作对系统影响评估的常规潮流(Impact assessment base case development)。
    PSS/E OPF提供经过特殊设计的使用简单的图形断面。该断面可以帮助迅速定义和建立即使是最为复 杂的电力系统优化问题。PSS/E OPF完全集成在PSS/E的潮流程序中,可以直接从PSS/E获得所有必要的 潮流数据模型,并在每次一个优化潮流求解过程完成后立即自动更新这些潮流数据。因此,这个过程非 常有效。优化潮流的数据编辑器可以方便地用来输入和修改所有的约束和控制变量。整个过程的操作是 通过一组完整的视窗构成的现代图形断面进行的。程序的每一个功能都可以从驱动菜单中选择。
    PSS/E OPF可以提供的目标函数为(可以同时满足一个或多个目标):
    使燃料费用减到最小(Minimize fuel costs);
    使平衡母线发电机有功出力减到最小(Minimize active power slack generation);
    使平衡母线发电机无功出力减到最小(Minimize reactive power slack
    generation);
    使有功损耗减到最小(Minimize active power loss);
    使无功损耗减到最小(Minimize reactive power loss);
    使支路电抗调整量减到最小(Minimize adjustable branch reactance);
    使母校并联电容调整量减到最小(Minimize adjustable bus shunts);
    使母线负荷调整量减到最小(Minimize adjustable bus loads);
    使断面潮流减到最小(Minimize interface flows);
    使断面有功潮流传输最大(Maximize interface active power transfer)。
      PSS/E OPF允许用户任意选择上述目标函数的组合,只要点击图形断面上的功能键就可容易实现。 优化潮流问题的陈述是通过将目标函数与任意数目的约束和控制结合起来而形成的,这些约束和控制可 以是:
    母线电压幅值限制(Bus voltage magnitude limits);
    支路潮流限制(有功、无功、视在功率、电流)(Branch flow limits (MW, MVar,
    MVA, Ampere));
    断面潮流限制(有功、无功)(Interface flow limits (MW, MVar));
    发电机无功容量限制(Generator reactive power capability limits);
    发电周期备用限制(Generation period reserve limits);
    发电机有功限制(Generator active power limits);
    母线并联电容调整量的限制(Adjustable bus shunt limits);
    支路电抗调整量的限制(Adjustable branch reactance limits);
    母线负荷调整量的限制(Adjustable load limits)。
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     楼主| 发表于 2006-8-19 17:15:18 | 显示全部楼层
    一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。
    核酸資料庫與分析工具  蛋白質資料庫與分析工具  其他資料庫與分析工具  
    一、生物学常用网址:
          
      CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
        pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
        HighWire Press http://intl.highwire.org/

        Elsevier Science电子期刊  
    http://www.ddbj.nig.ac.jp/>               
         http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
        science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
        上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
        中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
        Cell杂志 http://www.cell.com/
        中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
        国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
        网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
        Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/  (免费)
      美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费)  

    美国生物技术信息中心(NCBI)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov
    核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/


    蛋白质信息资源(PIR)
    http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html


    蛋白质结构数据库(PDB)
    http://www.rcsb.bnl.gov/

    Sander蛋白质二级结构数据库
    http://www.sander.embl-heidelberg.de/

    SNP数据库
    数据库        数据库说明        网址
    HapMap        International HapMap
    Project data        http://www.hapmap.org/index.html.en
    dbSNP        Human Single Nucleotide
    Polymorphism Database        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
    HMGD        Human Gene Mutation
    Database        http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
    /mg/hgmd0.html
    JSNP        A database of Japanese
    Single Nucleotide Poly-
    morphisms        http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
    SVD        Sequence Variation
    Database        http://www.ebi.ac.uk/mutations/
    HGVbase        Human Genome
    Variation Database        http://hgvbase.cgb.ki.se/
    Human SNP Database        Human SNP Database        http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
    GeneSNPs        Environmental Genome
    Project database        http://www.genome.utah.edu/genesnps/


    尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。
    下面贴一个使用说明供新手参考。

    "3p87"(新版)使用说明

    一. 基本要求
    1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
    2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
    二. 调用 3P87 程序前的准备工作
    1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算.
    2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
    三. 调用 3P87
    将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
    主菜单
    1. 输入或修改数据
    2. 用主数据计算药代动力学参数
    3. 对多组数据进行批处理计算
    4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
    5. 输出计算结果
    6. 用简化系统计算药代动力学参数
    7. 药代动力学房室模型的图示和说明
    8. 退出 3P87 程序
    四. 输入或修改数据
    在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出
    Please Execute a:inp
    键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
    输入菜单
    1. 输入数据
    2. 修改标题文件
    3. 修改浓度--时间数据
    4. 增添浓度--时间数据
    5. 删除浓度--时间数据
    6. 显示输入的数据
    7. 打印输入的数据
    8. 返回主菜单
    1. 输入数据
    1.1 建立标题文件
    在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容:
    1. 药名或文件名
    2. 实验对象
    3. 研制单位
    4. 日期
    5. 实验者
    6. 计算者
    7. 测定灵敏度
    8. 浓度单位
    9. 测定精密度(cv%)
    10. 时间单位
    11. 给药剂量单位
    用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
    有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
    输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
    键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
    改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
    回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
    1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
    1. 静脉推注
    2. 静脉滴注
    3. 非静脉给药
    用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
    1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体
    数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
    1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
    用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
    全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
    必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.

    * 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
    后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.

    1.5 输入浓度--时间数据
    先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
    内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按
    主数据输入.
    在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
    .), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
    剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
    用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
    输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
    , 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
    , 每修改完一项必须按回车键.

    * 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
    字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.

    2. 修改标题文件
    在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
    键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
    处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
    3. 修改浓度--时间数据
    在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
    a No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
    修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
    项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
    4. 增添浓度--时间数据
    在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
    1. 增添新剂量组
    2. 在某剂量组内增添个体数据
    3. 返回输入菜单
    按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
    4.1 增添剂量组
    屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然
    后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
    屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
    户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样.
    4.2 在剂量组内增添个体数据
    根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
    新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
    度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
    5. 删除浓度--时间数据
    在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
    1. 删除一个剂量组的全部数据
    2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
    3. 返回输入菜单
    按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
    5.1 删除一个剂量组的全部数据
    屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量
    组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will
    be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
    据, 并按新的结构重排一次数据.
    5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
    根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的
    数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除.

    * 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
    , 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
    在此前, 应首先复制一份原文件作备用.

    6. 显示或打印输入文件
    在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
    从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用
    . 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如
    调用有关记录.

    五. 计算药代动力学参数
    在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
    计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
    要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
    左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
    , 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
    算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
    正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
    户可随时调用, 调用方法见后面六.
    1. 用主数据进行计算
    在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
    算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
    线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
    : 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
    三种情况的结果: 一房室三种权重.
    2. 批处理的计算
    在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
    理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
    (1) 文件名
    (2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
    数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
    (3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
    字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
    3. 指定算法和条件的计算
    在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
    指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
    (1) 文件名
    (2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
    (3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
    户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
    有的结果.
    (4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
    (5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
    给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
    (7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
    (7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
    (7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
    键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
    (7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
    当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
    已算好, 按任一键开始自动计算.
    六. 计算结果的输出
    在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name
    键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU):
    1. 常规打印输出
    2. 显示个体数据计算结果
    3. 绘制相关图及散点图
    4. 打印输出文件清单
    5. 返回主菜单
    1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜
    单(PROUTINE PRINT OUT):
    1. 打印标题文件
    2. 打印供选择模型用的计算结果
    3. 打印批处理的结果
    4. 打印用户指定计算的结果
    5. 打印个体数据的计算结果
    6. 打印统计矩的结果
    7. 返回输出菜单
    在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作.
    1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
    在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
    (1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
    加权残差平方和(WSS)
    相关系数(R)
    确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
    拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
    度--时间数据点数, P 是参数个数]
    最大绝对误差(MAE)
    最大相对误差(MRE)
    AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
    游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
    的次数]
    (2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
    果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
    (3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值
    (4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
    说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
    F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
    意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
    说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
    首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
    再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
    大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
    权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
    半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
    往往并非最小.
    1.2 批处理计算打印出的主要内容
    在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
    (1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
    (2) 一级参数表
    (3) 二级参数表
    一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
    (4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
    1.3 用户指定计算打印出的主要内容
    在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
    拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
    或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上.
    1.4 个体数据计算的详细输出
    在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
    键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果:
    标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表
    ; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
    计矩参数.
    1.5 统计矩计算结果的输出
    在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
    , 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
    2. 个体数据计算结果显示
    在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
    始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
    标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
    ; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
    记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
    3. 绘制相关图及误差散点图
    在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
    观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
    些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
    4. 打印输出文件内容清单
    在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
    录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
    七. 用简化系统计算药代动力学参数
    简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
    数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
    有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
    时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
    敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
    1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
    途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
    2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系
    数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
    3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
    4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
    5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
    和相对误差.
    6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
    7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
    权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应
    的结果.

    MathType 5.2

    MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。
        Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。
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    发表于 2006-9-9 10:09:38 | 显示全部楼层
    好东西!!沙发
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    发表于 2006-9-9 13:53:40 | 显示全部楼层
    乖乖,这么多东东
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    发表于 2006-11-3 09:21:59 | 显示全部楼层
    可惜没有介绍的电力软件的下载地址
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    发表于 2006-11-12 21:15:44 | 显示全部楼层
    希望发一些电力方面的东西
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    发表于 2006-11-25 17:36:41 | 显示全部楼层
    这么多东西,赞一个。
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    发表于 2007-2-11 21:08:45 | 显示全部楼层

    顶顶顶顶顶顶顶顶!

    ::46::哇,太好了,都是好东西,顶
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