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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。! O( d7 O+ Z- K3 Z8 O
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
( z$ H8 }8 H9 N- \- f; g; J9 F一、生物学常用网址:6 |7 s/ G! G( h2 q2 X
- V5 ^) c' _( w! q' i+ P CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin , t( x; ^) W4 S ^; |7 `) o% T
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
{3 x" i' X5 y: ~ HighWire Press http://intl.highwire.org/
5 l7 s0 P7 W5 B9 ^' g; G. E' X- _6 v
Elsevier Science电子期刊
% W4 x1 F# S9 M D4 H2 h0 `http://www.ddbj.nig.ac.jp/>
( R! b |8 g4 h4 B: s l http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
+ L- l7 R, ~0 B science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
- v' G& z7 N O9 e! } 上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
( x- B; _2 W2 D 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html , T8 w% E9 {0 e5 K. R
Cell杂志 http://www.cell.com/ " n5 h" ?" `; d% ~* h9 O9 R4 p
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm # E* k5 a' i9 Q/ R
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
8 r$ K: o" V, E3 z* u5 K8 e4 h 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm 1 i3 `4 b+ k s0 H1 B7 p5 x. b
Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费), V! A1 G) ~2 r4 H3 T( { T
美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) ' A0 D! E9 C+ Y( m9 f" s3 v) b
' m/ o& l" ?" s. T# o5 {7 B3 |美国生物技术信息中心(NCBI)
. f- B" |! e' A3 v% y: I' E" f* L+ Vhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov
0 N Q* R; e; c8 x! ?0 ?" C核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) % Z( U8 H" s* z3 I, _' C! ?4 ^
' K Y6 |: E# ?
' I6 i. C' a/ ? g蛋白质信息资源(PIR)
/ c1 u1 e2 [. C6 \7 P4 Whttp://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html! W& \7 L" }2 b* |
6 B4 W0 E* `( W: ?" u
1 h9 x( D' p4 i& p- Z蛋白质结构数据库(PDB)
7 {7 ^. [ R3 G) r" D9 [7 Q) Z* ghttp://www.rcsb.bnl.gov/8 u0 }4 j0 q- v2 {) F
7 j( M9 g- i! d H
Sander蛋白质二级结构数据库
- I0 V6 n' y& p7 r( c0 chttp://www.sander.embl-heidelberg.de/
( g0 \5 _) {+ e! u# B* U) c2 ~1 {; _. J! u
SNP数据库
$ T% ^+ T( r }/ _6 |数据库 数据库说明 网址
0 J- P' U: y' z/ T7 T# RHapMap International HapMap+ S# E: {. V! {' N: Y7 j9 J% {
Project data http://www.hapmap.org/index.html.en( D/ P3 k: @6 H
dbSNP Human Single Nucleotide
" N' M& ^3 q) O! K+ m3 OPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
8 O5 O; E1 @3 m0 K7 p# cHMGD Human Gene Mutation
& c3 R/ ~+ |1 u. K4 [2 K+ dDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
% n. v. C( c/ b/mg/hgmd0.html
1 C& K3 [' |# y `% C8 x pJSNP A database of Japanese/ M; H% E' M/ x& q7 c% d5 u+ b, {8 b4 S; Y
Single Nucleotide Poly-7 e" E k, D+ u q% ^1 p$ b3 |
morphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
7 t! y% d9 E- aSVD Sequence Variation) ^$ Y$ K6 a2 |% f
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/( C% \& t1 o, m% f2 j
HGVbase Human Genome, l' ]# q; O( {& N+ N; D R0 B
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
9 Q- o5 W' I# ?1 P/ AHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html4 t o! G9 o7 p5 E; m
GeneSNPs Environmental Genome
0 d- T+ o0 s7 _4 \- \" RProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
$ [: ?' w0 ?4 }2 A2 |8 Q2 k, i; H8 b$ u& S
0 d0 V& D% r3 k( Y k( Q) a. a+ ?; m8 S尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。" d& t% Y$ w, D
下面贴一个使用说明供新手参考。- e+ {6 u5 N- o9 P, v# l4 h8 t2 b; j
8 ?4 J l: y2 X' i0 M9 [! g
"3p87"(新版)使用说明
5 @& O0 c$ R! N7 J5 V8 e
6 y P/ r3 D; F) M4 N* t) _+ F一. 基本要求
% \, U; v9 S- i' X1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
5 z# R8 Z; R6 G( ^* X/ W( Z2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
) i! G# f. B, G% Q: h二. 调用 3P87 程序前的准备工作 + n1 U$ P8 t1 v8 b2 W9 U6 \
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算.
: z3 @( Y* G4 @+ [( M2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
! `9 Q) g/ }$ g9 z三. 调用 3P87 + Q6 r) ?2 ?2 z1 c) u: I
将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
- l3 E/ B) S! l- F主菜单
& h, g1 |/ G0 T1 V- m2 Y( b- M1. 输入或修改数据
6 W6 S' u- ?. P$ ?( ]2. 用主数据计算药代动力学参数
+ T8 g& O% F; }- }" g- y! U4 h3. 对多组数据进行批处理计算
: T+ c1 u, s) R" Z& G% L4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 + k) U- r6 ^9 H* [5 w* l) J3 Y
5. 输出计算结果 ) X& S/ q& p P
6. 用简化系统计算药代动力学参数 8 `+ f+ a+ l9 I0 ~
7. 药代动力学房室模型的图示和说明 1 u! d V8 R$ K( ~' P. O
8. 退出 3P87 程序
8 H% E( r9 g4 `2 i+ H8 E g3 ?四. 输入或修改数据
! V/ m, p: z# P/ t在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出
8 [$ d: e" z8 x. s! cPlease Execute a:inp 1 Y2 S. p; J/ V
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: 7 l# {* }$ [! k7 Z
输入菜单
$ n. Y( }% m& b' K2 Z2 N j1. 输入数据
3 r, M2 a# r# ~+ a2. 修改标题文件 ! p3 s; }7 i8 S# @% D; M
3. 修改浓度--时间数据 * o1 o# h1 I8 V. n
4. 增添浓度--时间数据 : Y" a y1 f1 q: z6 N; Z$ c; }
5. 删除浓度--时间数据 9 Y# k! c7 }/ K- \& p% |
6. 显示输入的数据 0 J: |3 E# G( _& O4 n0 E! X+ }
7. 打印输入的数据
& @- q: P# Y3 G4 u! G8. 返回主菜单 * C7 s# r# u: W, n2 l
1. 输入数据 ; C/ j, B- s; O" v" ?& a H
1.1 建立标题文件 , B/ T4 N6 K( _
在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容:
- @ P& x$ E7 Q" E$ d8 L1 @; W1. 药名或文件名 : J# k& [; }: G8 T3 u
2. 实验对象
6 I8 P8 i/ j7 h: Z2 p+ x3. 研制单位 ; K8 l4 Y. c) E
4. 日期 8 F1 Z$ |5 [1 M( \8 w
5. 实验者
4 l% I6 x+ @8 A. r' A0 a6. 计算者
& I& d# L$ z b# |0 v7. 测定灵敏度 : R0 ?! t: K5 P( B: h: z; ?9 I
8. 浓度单位
( Z6 ?1 V/ _1 j- j9. 测定精密度(cv%)
$ _3 L" K0 p- p. i+ V+ _$ i" x10. 时间单位 , G0 d; x3 ^8 T0 B6 \
11. 给药剂量单位
+ g+ {9 E8 D; Z& o/ {* r4 ~用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 1 l" G1 [) F+ X X$ d! J! g$ E
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 0 i" _, X7 ]) I& K' `7 P
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
# a. V8 J' M: G5 t' A' L键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
" z+ T. `0 p) [* ?% ]! Z改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 . R- T, c9 q. Q! { t
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
7 ~$ a6 ]/ F) A1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
0 y: f [* H# C/ ?1 Y3 ~! R1. 静脉推注 ! b8 i5 ~2 Y5 C( ~
2. 静脉滴注
5 j3 p; A4 h& P i3. 非静脉给药
! u0 m2 G$ F, x用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
4 Y6 x3 b& B7 {1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 1 H1 i: v/ d- M
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
A: \1 T9 W3 v5 U4 Y2 x1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
& Y& U, ^ ?9 W! K+ S: T用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
" f% ~; E" c/ x全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项 8 x# r: H( G! P1 `
必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. % ?8 i2 y) |# g" ]
, d E6 [0 ~# k+ P1 a6 G' w/ P4 H* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 : N1 K/ q' w7 p
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. 6 [- [2 ^" I9 c& `" J3 g7 a
3 o$ e. f- v/ X6 [3 k
1.5 输入浓度--时间数据
4 {4 O6 ~6 f8 n% i6 ?先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 ) c/ Y6 [" r' s* o9 K* z
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 , g' J3 y3 ~3 L
主数据输入. 1 g- s: P$ x8 E" c: b6 f9 [
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
+ \1 D" l- G0 U. s1 O.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
& h2 u8 _/ C( }) v; A& K! w剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
* X: |7 T0 m- K用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 3 A# c4 A7 f; J2 d+ a; T3 [
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 ! s$ ?) j. V$ e4 H
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
# b% n6 g4 [: o' `2 x, 每修改完一项必须按回车键. % g2 D' r/ r- B5 q& a
/ i; T8 j9 U6 K6 {& y O
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 ' Q$ V' c7 Y7 ?/ o
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
; S( j, r+ c8 D8 X! { @3 K
( `4 q: e4 O4 b/ c/ e! s! J( v6 n2. 修改标题文件 3 a3 [ n( i4 }% X
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
8 M8 P2 {: t" x! t2 ~, E) s键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 0 @3 O( o9 {, e; f
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
; ?& l8 \" H0 D G3. 修改浓度--时间数据 5 v, [- u4 s3 |" U
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
/ l. r8 D3 q2 q4 b; Va No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
, U0 N3 k- v4 p9 T$ A修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
& ^" U+ P/ s. V0 C项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. , g$ s* D2 v$ e1 Q; b5 T
4. 增添浓度--时间数据
' F" m1 a& x4 j0 Q* t9 j' |在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: 1 K7 Q- Z! p/ L1 z/ f2 w. Z
1. 增添新剂量组 * z) t# j# c- v: B) r
2. 在某剂量组内增添个体数据 ) l( v& K5 F+ [% h3 A1 C9 Z
3. 返回输入菜单 0 H$ k9 ~+ k: T- J
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. ( z# a7 S& i3 g# E6 l( L# e3 A% ]/ |
4.1 增添剂量组 7 }8 v2 L* B: t5 S& c' g
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 " {8 Y0 [1 ?# p* F
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
% }& l, }( t4 |: K% V6 q屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
# n. ^* p8 N+ \' y户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. 2 y$ c0 F; j; Y* ]; {
4.2 在剂量组内增添个体数据
, ^# F& N1 P ^- o" R0 v# h根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和 : A- \- h2 \. z& ?
新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
1 m; T5 e0 g8 [/ p度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
5 \+ ]1 M, n5 Q! G' M5. 删除浓度--时间数据
8 T/ A! D+ Q) H3 [/ P在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
! ]" [ \1 i' S4 C* p. U1. 删除一个剂量组的全部数据
: K: n/ B6 Y4 s8 ?' A/ U6 S# g2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
" B% C) v! }5 c, ?3. 返回输入菜单 ; e8 G8 R! v% e
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
* A1 p2 J( P5 d. G5 b+ ? O' H+ {5.1 删除一个剂量组的全部数据
$ t S- b2 N& D8 `屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 % O0 w. v9 ]/ _2 }# Y& r
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will 3 w0 {3 n( ]4 p4 V( Y2 S
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
' d* ]% X& ~! ^据, 并按新的结构重排一次数据.
& Y8 P4 r' g* z7 ]5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 5 j$ E% Z3 V, ^# q
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 , P+ Q9 X; B. f. l' F& E% i' r
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. 6 @7 p% i8 O+ P$ S9 x4 y: ~( G
: o8 ]% Z( f- |/ ^% I1 z) d |9 u* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数 $ ^! ~( Q: M1 `0 v/ H- l9 \( v
, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 & L, G5 G0 T0 I6 }" \9 @/ Y5 C* O
在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
: O+ `/ Z" ]1 ]. o0 }1 k/ }9 ?- r
( z# Y2 U5 @+ N I- A% v7 g6. 显示或打印输入文件
) K- |$ h5 D1 z: V# W* O$ c: g5 L Y在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户 4 ?: e# k' r! ^) \
从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用
: M3 P* ~" X. E5 Z. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 8 x0 q( q0 ~4 R& [5 K6 t
调用有关记录.
c# T4 N" _6 f7 _: L5 M; H+ G! ?) r: n
五. 计算药代动力学参数 - T7 U) D. n' p0 \ f4 y
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
6 [4 _7 ~& Z6 Z0 v6 f- [计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后 6 A0 Q( H* ^) A* Y5 y; M$ \
要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 # X7 V, g% F) d1 E% m1 I: d5 D
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 # U0 k1 D; J. t
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计 9 @5 N8 D. L8 S) j( _; P+ d$ \
算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
N+ L& v+ j6 ~$ H w正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 # o _/ \: B! _) y; V0 `- [
户可随时调用, 调用方法见后面六. & E3 S2 B2 {( S, h$ y" W3 q8 F
1. 用主数据进行计算 # l6 Y5 N- f2 g' a7 B5 B. _) `. i
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 ! g, a, {/ _+ R+ y8 u& c
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
* u; V. T) N1 X8 P+ w" \& h! I线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
. f4 ]/ Z' z5 ?0 k4 m: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出 ; P4 [1 A2 F9 x5 [6 U6 E& Z; W
三种情况的结果: 一房室三种权重.
, Y4 t9 p X/ E$ w& E2. 批处理的计算 % _2 E8 g5 Y$ u) N+ U! G/ W
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处 5 g! U7 N8 M) W5 k$ [4 R- J
理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: d, E: v2 E2 Q. u e9 w
(1) 文件名 / z A; @: a1 u ?2 A
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
4 _+ X, A% W+ O- `' G2 z, t数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1. : _/ B- Q/ W' {5 t' y
(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
9 X* k7 z% b- o字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. 0 D+ P5 c6 c, s8 A& b* A* [
3. 指定算法和条件的计算
% h6 i- f* G7 K在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
4 d1 K/ |* B8 O Q! I指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: + x/ G! T9 s$ b3 ]
(1) 文件名
" Z8 m y$ S8 r+ h, G J(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
: G* U+ P7 }: p4 F! v1 k. }5 p(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 5 ?, C0 G& @; X
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 9 E' A! e* ~$ J
有的结果. ' i7 }3 b8 W; A. l% W7 @
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. ; I4 }3 `6 ~2 Q# o
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. 1 \0 z- j( V* n1 x
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
) d& G# s9 \) d `- C: C3 x! G w: s& K(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: + V# ~: N5 X w5 A; t8 D
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
- ~& k$ ^0 s* X/ n(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
7 Z% Y4 z9 [7 `+ i K& Z4 f9 Q键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
( @7 o* U% E3 P; R9 K# k" K(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. ! ], b# ?/ K: b; Q' ?
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 , Q$ T. `# h' E) Z; g
已算好, 按任一键开始自动计算.
- _; k& Y3 u, z y# ~' M六. 计算结果的输出
; ~2 k! o9 h/ |# n+ o- m) T在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name
" j0 w; g3 q" W$ ]键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): ; n5 \7 p0 x, P# j9 [5 b
1. 常规打印输出
: g5 z/ q/ y; ^5 {2. 显示个体数据计算结果 . v' z. r$ A* m, s0 I7 M
3. 绘制相关图及散点图 ' p' Z3 @ P6 |+ J6 J
4. 打印输出文件清单
# M! `8 a& }& R9 z" P) s5. 返回主菜单 / X9 I+ h, x$ W6 n
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜
2 ~" O+ |0 j* ?9 R F" ]单(PROUTINE PRINT OUT):
& m- m* u2 {; @, T8 y: C7 m3 J1. 打印标题文件 # o5 ~0 P* h1 [) B: A4 o
2. 打印供选择模型用的计算结果 ) X% ^- e0 B# H. ~0 I* P: @
3. 打印批处理的结果 / m, Y+ U, k) m; K+ L: L! H4 [* T! L
4. 打印用户指定计算的结果
* S$ Z0 \; f- r/ |! B0 J& A) w; s3 |: O5. 打印个体数据的计算结果 7 i* R1 H- d' d* G4 D
6. 打印统计矩的结果 9 E& y. D5 f: u7 y
7. 返回输出菜单 2 u) b; H' ]& h% I
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. 1 |7 |/ T. E- a( q
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 2 y- [! A' A& p4 |
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
3 \( R3 {5 r' c$ e* d; o I(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
% ]7 Z" g3 m5 {. w8 z0 A加权残差平方和(WSS)
) T' J* C" c; J6 w相关系数(R)
/ |& J2 r7 x1 E确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
* d+ \7 @) t. x& a拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 , G& h2 [+ @) m! d" v8 I# S
度--时间数据点数, P 是参数个数] 8 D- X/ S3 N: _
最大绝对误差(MAE) 7 E4 f2 ]5 ]9 n( C, c
最大相对误差(MRE)
* T4 Y: X( d& p/ v" F& L1 d( wAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] - j. x* `( Z7 W& c9 C5 Y+ T
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
& @: Z4 `8 p% Y" P8 h' R的次数] 1 ]# a! I' Q( s1 l! R
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
, L' j Q5 H5 w' ]果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
/ k$ N, o; z% t$ I9 Y(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 $ S7 B8 Z6 D* l' {( Z
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] # S; E R8 F" Q1 w" {0 q; L2 H% d
说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
- u: K; H* v7 `+ eF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
' X* ?! T2 Z5 n" M意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
8 F) E4 k1 Y) |3 Z8 U2 s: t说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: # [' ?; N7 L, `9 q" Q* x% B
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
. k. H: J. d5 r( o: a/ E3 w! k) _! p再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最 & G* Y# Q; \9 c9 r! z5 j
大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
! R; p6 P; R4 \. k* m" [权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
- C+ v: R; @0 p: W- y半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
- s0 ~; k9 x" x6 z$ g/ e+ _往往并非最小.
! V5 Q0 i- c: m* n# M ~6 E1.2 批处理计算打印出的主要内容 ' N/ W9 b; q8 g
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
& }" E8 C' X2 x% ]: K5 W(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) / B% Z0 C2 t4 V. J# }7 _; b
(2) 一级参数表
k! [5 i) ?- }(3) 二级参数表 0 z z5 H3 t/ R* K. J# I0 h
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
: ~# P7 y/ v+ N2 S G9 D(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] {& D) H! X! R0 `% s
1.3 用户指定计算打印出的主要内容
: r7 f' z/ ?6 J& b在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
0 e: t5 h r2 e, y* X+ y拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, ( ^/ \+ M [2 V3 M1 }. G
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. 1 l8 X3 E6 \2 u* E" m0 Z& z
1.4 个体数据计算的详细输出
# `/ {3 B, A9 w8 N- P8 S7 Y0 n在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
}2 ?' v2 `, j9 g( G8 k& T+ p键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: 2 ]$ T) F* V6 x
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表
9 V- t# j6 G) e0 N- F; k' m; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
; O1 C7 F9 c5 z计矩参数. ! P9 @1 p; T! ]2 F
1.5 统计矩计算结果的输出
2 _3 G% b( x1 u" ^7 ]在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
* K4 b2 d$ `/ W0 U# o' j& ^, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
# @0 K& ~+ o4 Y4 C3 |( G& K2. 个体数据计算结果显示
$ W- ?6 S- D1 h在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
- W# o& `3 q4 Q; J4 h5 J9 l始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: ! ~; L3 ?( _, M! N7 W4 }2 U2 e
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
* i, I/ U3 O( j8 B2 H8 J( l$ B" \4 T; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 $ [- v9 W& N; B5 a/ G% C
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. $ w1 E r3 t% _: I9 _7 F% l
3. 绘制相关图及误差散点图
- o L6 o# O4 [0 y5 r u4 r' F在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
5 @/ K; S8 }- F0 p& R( S4 l7 n观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 # x1 L& _) L: o
些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
5 W* W5 d- l2 S4. 打印输出文件内容清单
7 _+ t' K I: I2 d) E在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 ! ?! ]5 r$ q {9 i
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. {: M6 }/ v$ P: Y
七. 用简化系统计算药代动力学参数 3 I. d$ [ M* G) U9 M6 u
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入 7 U6 G9 X8 P- [" [# r
数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
% x+ U$ D, s( j8 x: j有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- 9 a9 P( C: ^; U
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 ; c# O2 E. u$ U( H
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
. q! U' l5 H. f' j* i N1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 5 ~ }* J( x( M1 {% C Q
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等. ; N# }& u, A! M
2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系
5 ?! n2 Q) d' x数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
b4 @: c: X& @4 I1 D& n& Y2 L3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
0 x, o. z- k. e. r7 Z$ w- Q4 R4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. ' \4 ~+ y; |! \2 E5 k
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
, g! m$ P) s3 @+ |# I9 X和相对误差. + v, \2 r- A& T* R: f) B2 l6 |1 M9 V
6. C--T 图和 LN(C)--T 图. 5 q. F7 S2 z0 E# M/ x
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解 : u: i" q) ~ d
权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 & |+ B+ g! A$ S5 x" ^, E" `
的结果.
. E. O& K4 N/ t. ]& S/ v" u
6 x7 G' X- v% K1 {& m# Z" ~MathType 5.2
; p- B' Y; _; r6 j0 [+ d4 B7 [" t5 P* ~2 E
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。 e+ t" o# ^, c( G" }3 \- T
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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