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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。4 ^- M4 _! B9 q Z- X' j9 L
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具 " A( d4 d1 e5 l2 ]3 T! C5 I5 e
一、生物学常用网址:* m9 @, ?6 [0 j0 x3 W
( `/ L9 r9 N3 B" a+ I' C8 \# G) [: g CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
" k7 T# z4 g ^" I' X! f, E pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
1 ], L g: H' L! d5 G) s HighWire Press http://intl.highwire.org/
2 W8 ~0 q' Z( ^; \
" o T$ U) ^8 k% ?# x1 C- |: ^ Elsevier Science电子期刊
0 h3 ~+ X* A3 Khttp://www.ddbj.nig.ac.jp/> ]. W. t# n" J$ c
http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
/ m' ?5 U( s. R science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
( N6 b7 K4 a- c3 P5 o& y. w# S' d$ Q 上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
( d- s$ x5 o s1 h 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
* G! D7 ?- {! N. L Cell杂志 http://www.cell.com/ 8 ]$ u- Y! N% z# `' O5 H! d) {
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
7 m2 e% ? C; D8 y+ q: W) C+ z$ o$ Z 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
* e5 e& O, i5 V3 r2 T 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
4 m2 ^- G1 _1 k% i) C; r+ x$ b Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
6 \7 q( x n' b7 a0 d 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) " p" s' }: b$ i0 P. i- T
% s. g+ ~' C4 {. \$ |% x美国生物技术信息中心(NCBI)
, g. k4 f Z- z5 ^! lhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov
) o$ H1 w9 n. l C( b* M% y核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) ! u% d9 J6 f7 ~* d1 H
. j3 x5 v* y6 y k2 O! U6 R
& k* o$ ~# ]; E+ A0 w+ c" O
蛋白质信息资源(PIR) O2 h% _7 d6 W4 J% E+ L
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
$ s( z6 n1 E# h7 W+ Q
, ^3 }4 x; S8 s5 X! O, s' c# I- w- x" U* M7 a
蛋白质结构数据库(PDB)4 X; v" d/ @3 g* u# x$ q* L
http://www.rcsb.bnl.gov/
+ e" k$ B, m/ I% z% ^3 v. W7 W6 d; e- f, [ u. _' d
Sander蛋白质二级结构数据库
. f% u& C- h1 M% m+ D2 X v- ~http://www.sander.embl-heidelberg.de/
- d+ c* a8 s8 X* |) @" O" b* \% q6 y. J6 j9 }4 [! a2 V' U7 y
SNP数据库
9 v0 @/ V" F9 B; C8 p+ O( W9 q1 p数据库 数据库说明 网址
2 p6 }' _* G) P/ M* }; YHapMap International HapMap9 B( L! w$ L( C3 }, q$ b" k% a7 O: {
Project data http://www.hapmap.org/index.html.en3 l" Q* ]5 R: {- X: a
dbSNP Human Single Nucleotide ! M, k3 ]7 g; u4 i9 f
Polymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/( C0 ]- R5 o# c6 h4 m
HMGD Human Gene Mutation4 O4 i; Y2 t- v$ B$ W) T% A
Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
3 n. a0 v# ~% e- d8 t$ ~9 S/mg/hgmd0.html
3 \5 B3 e8 {0 `, N8 rJSNP A database of Japanese
5 y2 X0 i* L4 t8 ], L2 OSingle Nucleotide Poly-
& \( z+ t- G2 ~0 x3 v8 C9 O; Xmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
4 t! l: h1 ]5 @3 G8 w' LSVD Sequence Variation1 k# s# s% r1 f& K6 W
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
$ S5 k; p( B( v* K: SHGVbase Human Genome) o- U7 H3 v, ^. Y
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/4 ?7 m, D2 r' e$ y6 L4 H
Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
3 |6 Q0 @1 t- \3 c8 A+ O5 a4 ]GeneSNPs Environmental Genome
+ c/ U" X8 I: `$ ~ f p* TProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
+ r6 C5 C" T N9 O$ x
- U( M- Y3 v# c* C9 W. K; p2 [9 j* i" s% n2 A9 p6 T. ~" m
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。
! E! a6 O/ t! d! q, q下面贴一个使用说明供新手参考。
* W7 Q6 s' I( `- E6 {7 I- y, l- J% ?7 U; R1 p2 e
"3p87"(新版)使用说明
: C, ]5 G4 |9 q3 R- n7 Y) h7 T& x, H+ A3 _
一. 基本要求
- H1 k' U7 G( h# J1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据. ' o4 \* Y7 a1 S1 |& \" `
2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机. % [/ s1 |2 _# H
二. 调用 3P87 程序前的准备工作 % z" N3 B: x& C+ N9 ^8 U& a; u7 i5 i2 x
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. " [3 j9 @5 K$ e0 B8 p) {& R
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT % y) b$ f) i) M4 B+ d; {
三. 调用 3P87
# N% A# j( K% j! ^/ U将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
$ b- O/ N7 G R主菜单 7 w% u* K+ q7 ?1 p/ w" H4 O" P
1. 输入或修改数据 ( J; \& n4 e$ D3 R8 p, E
2. 用主数据计算药代动力学参数 5 F" a- Q# I. a: |7 v
3. 对多组数据进行批处理计算
+ `& M) q4 X/ H$ d) o% W4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
( I% o6 Q* T8 A- r# P5. 输出计算结果 7 r1 ~0 [( ~5 }
6. 用简化系统计算药代动力学参数
) k) \, q8 g+ z7. 药代动力学房室模型的图示和说明 * @: x% i8 x0 j! D k
8. 退出 3P87 程序
/ ?) a, H# h2 Y. V: P. V四. 输入或修改数据
8 ]& U6 k/ s* A在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 ; n; W( V ^' p& W
Please Execute a:inp + c. c" S2 h1 i# F
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: ) p! V2 Y5 `* ~# }3 s! ~+ k
输入菜单 ! j7 |1 ]: a& f. ^, u7 Q- K9 y
1. 输入数据 / l: i8 Q$ y9 p7 B, o
2. 修改标题文件 / s- H' T& n* M5 r" A5 N% s+ |# f
3. 修改浓度--时间数据
8 ]: y9 z5 Q0 r0 q; V$ k4. 增添浓度--时间数据
# a% }. {) `' H U* t+ w5. 删除浓度--时间数据
' x3 ~4 X* \. z0 a2 P" \ I6 O6. 显示输入的数据
) |; q% @* _5 ^) N( b7. 打印输入的数据 + J# m5 x6 `" @: f: \
8. 返回主菜单
! v4 a) |7 `2 K1. 输入数据
7 B! s) a% X- ?. W' ?2 Q6 }; Z; t" `1.1 建立标题文件
+ N6 w& M$ y! q9 E在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容:
- B$ r, P/ `7 z3 ]* r. O1. 药名或文件名 5 n: }- q% K+ F
2. 实验对象 2 b5 M6 J. M. P% O+ x4 u0 c! n
3. 研制单位 + e% C3 H9 Z* t, Z# w+ m
4. 日期
D! @' f5 |5 o8 ]5. 实验者
0 a3 k6 \- g* s _* V6. 计算者 " d3 f; B' W- z% y3 [
7. 测定灵敏度 + `% M# t* n. {! \5 g `# D0 L
8. 浓度单位
" Y1 \, ^( u7 E0 B/ {& J9. 测定精密度(cv%) # y" p9 d7 o- j0 r# q; Q. Z* r% k, d
10. 时间单位
. O. |; l$ u& Y& l+ T. i11. 给药剂量单位
' W4 u5 ~% t; c" @1 }用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
. s9 _1 d3 I* ^' j- v* H9 j9 d& Q有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
& E$ U( N7 i& |. k) j输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车 J" x2 L! r: ]) H- w+ m2 @
键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修 , v7 R# z2 w# J0 S! I9 L
改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
; ^/ @; h) ^" J d; `回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
' A- U7 G2 _# u1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 $ u5 ]6 Z0 T: O3 t7 n6 Y& j6 a |
1. 静脉推注
* j3 a% L- o$ G: x$ z; \2. 静脉滴注 4 \) r( P4 G7 s. N: M" X1 a5 F
3. 非静脉给药 g2 q& g, Y5 I& o( e& k
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. ; _& D" I- r% |$ x) L9 t
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体
' {# \- o3 C# I! Y7 j; U$ k数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. ! I; O5 w2 o9 l6 W5 f% x! [
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
9 A# H4 a) q6 _- \6 F用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当 " l" K8 @( Y( n% W2 J
全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
2 Y; E0 u* t) k8 O6 r+ V, ]/ |8 ^必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.
# b6 Q: R; V( y' W) E4 l5 R ^ P: Z
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 ; [1 D2 [; d4 I& Y6 y( }9 l; L
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
% P: @$ g# [+ _1 C+ N& W
# C! N: E r; l& `& e1.5 输入浓度--时间数据
. T4 Q+ f" ^5 E1 T% `先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 7 P- f9 @; k+ A7 `
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按
8 v9 D1 Q9 f' e W主数据输入.
6 `# g x' C3 C在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
$ l- T4 X7 m! ?.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
5 H+ @$ U$ @! Q4 \& {剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
) a- @9 M5 O4 [3 u6 i x7 ?用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
`, A" ^/ e) J; B4 Y' b3 m输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 9 s* D: C* ~. X
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改 : x/ h0 V7 c8 J" q
, 每修改完一项必须按回车键.
: c% H# \! f0 Q% n' R
- y; }. |" T- d/ K/ Z Y* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
# ^7 Y# y" O7 T5 s3 \0 O字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
) V0 ^' w/ Z( c& K" e: X
" Z. g; z8 Z. v, F) ~1 O2. 修改标题文件 , {& ^" q: B% p4 z
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
$ I+ M8 c _+ h* O- W+ ]# a键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
6 C& S( _: z/ ?" i5 I; h4 J处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
& c# x9 f7 `6 |3. 修改浓度--时间数据
/ L! w+ o0 c7 h8 e) J# {6 r% `9 ]在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
: Z; G2 ~- A `0 F2 Fa No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要 5 o3 K- l, B, E- W7 m b; A* f
修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 ; {4 `8 h. a9 k" W0 r6 L3 ]
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
% B" Q/ Y% v$ U% p z4. 增添浓度--时间数据 ( ]8 v/ R( @2 X: s. E
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
" m; Z: q5 o& o$ J) B1. 增添新剂量组 p0 j9 \* K( [$ u' s( c3 e2 K
2. 在某剂量组内增添个体数据
0 Z; c5 r0 f# i6 u. M9 K0 N# r3. 返回输入菜单
: e! F( D7 v2 M# p: l按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
8 q% W4 z- O$ u4.1 增添剂量组 7 X1 K! W8 k) F3 C# _
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 8 l5 R) N& Q; ]3 b5 X+ \- a
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
5 l( W' J9 p$ w# z1 ]: J屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 8 a: N- s* W# m- M2 \
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. , u- y) I1 D d7 j. a6 ^! o! l
4.2 在剂量组内增添个体数据
/ J# ~' }4 [, N5 ~根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
6 J6 d% v1 Q* Z新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
0 ~8 q E0 v$ d' J度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同. 1 i8 }6 G5 c4 R4 u, J
5. 删除浓度--时间数据 : ?' I# ~: \* |4 h ~
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
& h# Z. s5 ?' n& D1. 删除一个剂量组的全部数据
& B5 g+ ^, E+ C4 Q" n- l' ]. q2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
" k! J! j7 s) q" W3. 返回输入菜单
n, j: A0 v) w# M$ G0 n* l, ?按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
( D. l: {0 I" [; J. |. }5.1 删除一个剂量组的全部数据
4 B9 t, E9 e3 k' p% A# E' z屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 ) `& G! Q& [; L5 ]7 s4 C8 w& e8 t
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will " A1 E1 @1 J( a5 B; i# a
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数 5 o. g3 M1 s; r! t! ^) X
据, 并按新的结构重排一次数据.
9 n; w+ P. k4 ]( W% w# X' d2 u; i. O5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 + n# l b" O2 v0 I2 @9 z, t
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 * r! A$ K. c! u; z# f" y
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. % w8 c% G, w& e- @. t
# {" b' q2 ^3 S* _/ x, z* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
! L4 y4 Q! x9 h- z6 {$ h5 I/ X( p, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
6 W: p) |8 R4 b0 ^& c2 A在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
* ^; i' c# x4 g( Z8 r5 Y$ D7 A3 `( R' G* @$ e+ t- S3 m
6. 显示或打印输入文件 ' T7 M# X6 z" \1 c
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
5 j6 i$ E7 A: O3 I$ l从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用
M! J$ D# X6 ?6 T8 H- f4 {5 N. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 4 l5 W4 R7 f2 r" W
调用有关记录.
- n! E8 g$ w2 H# t. `) E1 U! B! ?
五. 计算药代动力学参数 & m! e5 f$ U8 D J2 b8 e
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 0 p4 b$ {7 V+ S' w h
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后 8 H3 F' e/ s/ W/ V3 a
要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 " B# U) F7 @% U+ M
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 ! E2 |: x" b- r! ~
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
; y; M& E- O# z$ c$ q( ?算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
( N! k% X* I# W0 R正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 / r% U; W6 F" ]8 c! h( L4 p- I
户可随时调用, 调用方法见后面六. & K/ s$ e K) _
1. 用主数据进行计算
' J! I6 \* d8 g1 P3 k2 Y3 e* }在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 ) b7 k0 \2 d K. H8 B$ \. H
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
# }( c2 h) I8 @+ v. V线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
) t$ h5 P2 k) G$ D7 X+ M5 B' Q: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
* C& O. R" I& j# F三种情况的结果: 一房室三种权重. : {( w; [; d; a+ \+ v4 Z
2. 批处理的计算
) S4 I/ r# T4 W1 ]9 c i# W* _6 w在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
2 M" Q7 ]( o2 G* e* x7 {5 z$ a @$ g理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: 8 s# L( \$ L; I2 i2 M
(1) 文件名 - V0 R) c: y( m9 x5 ?3 ]
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
' e l( a$ b2 L L数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1. 0 i" B, X# Q4 m0 ]
(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
* O+ u: f1 K; \8 {- X/ {字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. ) d) F" J$ }" }& I4 u& h
3. 指定算法和条件的计算 |0 |' m! u+ z7 Z& L
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"( . J p0 t; u k7 N1 E( b. z& R
指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
6 U0 Z5 h' i/ _8 ?(1) 文件名 $ _5 {, j) R* R9 O+ o- N, {
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单 ) c" J. Q7 Q8 q5 v& b1 m0 S
(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
4 U% z4 D7 c6 x3 W, x: ?$ f( A户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 3 o1 @" \) b3 L8 [5 p! |+ b; |
有的结果. 1 f) F- c H0 X# Q' S% @8 c& ^' D1 g
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
1 u3 P+ s! W3 E: N(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. 1 P+ y1 [0 o. u! [% z; X. l
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
. C$ H0 j! Y! h, I% z0 v. d(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
. X, ^2 j8 p1 `$ d(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 ) A' L6 F5 {$ o6 w
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数, ( s8 N$ e: g$ }7 J
键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
+ [( j9 V0 M" [(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. ( ^9 b4 ^4 m& W1 u
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
R$ O: u6 Z" m+ \已算好, 按任一键开始自动计算. , W8 U8 c; Z: ]
六. 计算结果的输出
) \- q' ^$ S6 @0 P: v1 a在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name 9 z& ?$ I# i+ C" G
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU):
4 c, d" X w J$ n \2 P; J% X- z" b1. 常规打印输出
; P3 g% d+ ?: n% S0 A- o9 m2. 显示个体数据计算结果
* G8 P, Q8 O* H) M$ m9 B$ f3. 绘制相关图及散点图 ; a) O6 z c9 `3 l; c0 V
4. 打印输出文件清单
- ^7 ?- ]3 ]0 r+ d/ v5. 返回主菜单
/ c7 V1 q1 U- y1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜
0 f- b) q4 h9 p单(PROUTINE PRINT OUT):
& Z5 l2 i7 S, x3 G, y. S1 y) h1. 打印标题文件
, J% Q4 k$ V" u2. 打印供选择模型用的计算结果 ' ?" u3 z$ {- x% j' N: k
3. 打印批处理的结果 : o" n5 e7 M: s; |
4. 打印用户指定计算的结果
* Y" z7 S, k( d+ m5. 打印个体数据的计算结果
/ [1 S1 h5 I1 T( O6. 打印统计矩的结果 8 X9 J. j2 x# [: E
7. 返回输出菜单 9 T$ v0 k/ }; }* q/ f' P0 R
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作.
; |0 z1 s m2 f: [, a) m3 L1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
( y9 s* Q* k% p' T在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. & B7 k/ X2 A" J. |& H8 E4 E
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: 4 X& }) {1 M! Y, X8 |5 Q7 O
加权残差平方和(WSS) ; R- [: G, W3 e/ X9 w
相关系数(R) 0 n( a5 `! `! u3 i. M
确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] 2 F* t8 Q$ I8 s/ t1 @7 x
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 - c! k0 `& G, f5 i O8 S
度--时间数据点数, P 是参数个数] . o; ~4 Y% A% t
最大绝对误差(MAE) - h, ?" K* Q! S/ c$ s+ u7 @
最大相对误差(MRE)
9 O) @9 r+ R) P) v- y1 a# MAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
! h9 `, D! q0 v5 E3 A游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
; ~* h% D9 B5 y& ?; P的次数]
7 e( V- P; D# \( O(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
3 e5 k9 r( ~9 C0 |: S果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
R* k; P J+ D4 G! E( N* Z(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 7 N# G0 W V; Q
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] : ?* w9 L' ?5 V- f& [
说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 5 _; A; h! z. x+ u, y
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
, N5 I7 o& D2 u" ]2 f. ^3 X9 p意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. * W" e m U* q+ [ ~: |
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: Y$ |, H0 P& f+ o; v, C( @
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
3 v0 H) \! r! N, C5 t$ m" E再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
7 T# p" h6 V+ M) i! a大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
5 Q, ~; C; h0 R& _/ Y9 N权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 J0 n& T6 o) S- R) ~! V0 Y
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 7 W9 o" J6 |# n) F
往往并非最小. - c- @: a! I- U. P
1.2 批处理计算打印出的主要内容
9 ?1 A0 @! Q9 u在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
_' H# K2 ~9 j7 w1 m+ t(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
9 T4 P w, l. y# v) T(2) 一级参数表
& p d6 s& s; u6 g! Z' y(3) 二级参数表 " I/ x! ]: ~$ E |# Q
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. 2 J3 I: O' A" I# B6 } Q
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] & I0 G. s8 o3 Z6 w7 d. ]$ A
1.3 用户指定计算打印出的主要内容 0 X! n; r1 h c6 e, m* }/ @
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
, ]& q2 V; @. [" j `+ m' W拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
: j7 v' Z8 f% ?4 r/ {或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. ; b" {. N+ |1 T( g1 d3 I9 U
1.4 个体数据计算的详细输出
* E" h2 T% |: p( i在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
+ [# i, a5 n4 W. L; p1 y" T3 e键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: % |6 o3 m! G0 R7 @$ ]1 \: V
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 + Y- @; i) r' v2 q D
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 3 p, g3 F7 b: S" j& X5 |& S
计矩参数. 9 s& E4 M( ^5 s# w& i1 _
1.5 统计矩计算结果的输出
1 L; ]; [" z6 C0 U在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
: j7 Q8 L2 d% ~) M4 V/ }* P. W, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
% W& a5 J5 t [( }2. 个体数据计算结果显示 2 K+ {, |1 B/ N" y
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起 8 ~* B5 E" l4 T/ P( f g" v$ a. i
始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: . _( X r+ u7 D7 q8 b7 A
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
, X. N. x, f% C; v; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
2 t0 O' } {) |# G8 V& |5 ]5 X! K记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
5 _& A9 b0 I% s! ]; ?, K1 A3. 绘制相关图及误差散点图
_" d5 U6 G9 q在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 0 B& `8 w, n' U$ d. U
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 - N8 {& n% Q% m5 J8 H
些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
7 `* t4 G% z2 @# q& r4. 打印输出文件内容清单 . ~8 G% L9 J/ E& a
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 . j3 e- N& w: x$ |1 `1 S! [
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. 7 \" a. n! f* b8 c
七. 用简化系统计算药代动力学参数
! [- d2 w3 `( G5 ]1 z简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
5 n ?1 e' `* r# a" ~5 O+ p数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
$ H/ C$ q' b6 o6 i有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- F& w# E2 V7 s9 Y
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 ( C7 ^, @6 @9 M! O) V7 ^
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: 7 I4 `4 m1 g3 R [+ q
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
4 T; D" O8 q0 B$ |5 n+ M途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
' ?2 N) J Z* N" Y/ `2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系
( f1 ^" h3 Y b数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. " I2 T- T6 Q: C o
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. 5 \7 o4 D: A5 S$ k' i
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. + w& ~% P2 g6 T; h. C: u
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 8 i7 T( L I0 F. d$ {
和相对误差.
2 Y6 ~' m5 L$ D2 l, n3 y6. C--T 图和 LN(C)--T 图. " w5 l4 K6 _1 B( N
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
" D3 ^3 S. f- z$ f9 G3 D权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 ; L! \ e+ }/ [* Q0 U+ @0 g0 {
的结果.6 i7 l6 Y, t2 g, x# ~
$ w( U4 O* m E) @
MathType 5.2 ; z- a5 E9 [, x
$ A7 `9 R2 b, R* }( O k% E; x
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。5 j9 H a3 y& n& p4 s
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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