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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。: {* S: l2 O7 x: Q. A }: m+ e/ ]
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
, }4 m" I! r. x# u- K; }$ f" i一、生物学常用网址:8 z- r% |8 k9 W* M; ]) @
0 R) ~3 L# ^, O8 h z& K CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
9 e" k/ y$ {, o; x" |0 ? j, v pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
$ d6 b5 I2 t4 B: f8 }0 G HighWire Press http://intl.highwire.org/ * |4 `) h- _) P& N( \
3 p( ]/ J# S/ a/ e# T$ [1 i, ` Elsevier Science电子期刊
7 B9 o# b" M& l$ lhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/>
6 R8 T9 ~) U( k! C5 f; X http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
, [. _2 e$ n% o g science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
4 r6 ^" w5 c% v% ~0 V 上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/ ; C5 |. ]7 v0 @1 b) V. V5 { }7 `8 _
中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html / D0 P% m$ z! Q! R
Cell杂志 http://www.cell.com/
S9 O1 D/ S5 b- V6 v; [ 中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm , P6 P6 O0 U7 {) ]! h+ A5 P h ~
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ & N y; S8 v, f: M# ?& A
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm & t7 y8 E* ]3 j
Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
% J/ ^ Z3 q7 k( | 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) - z+ f' H# q% l
" O3 k4 f( z1 F% ?9 A" |
美国生物技术信息中心(NCBI)% D( T1 I: g3 r* E% c! }& v1 ?# s* h% U
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
& j+ m7 s/ {" x6 {5 \4 N核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 4 i1 c$ W" I2 F, @" m
2 P5 u0 r/ J: }! s9 U
0 G8 U _) V9 @" _0 t蛋白质信息资源(PIR)4 _: S5 H9 f& e% j
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html) s: l7 k' N1 g3 W6 G
4 h/ `/ e% e% Z; n; i
b; d4 e2 z; ?* e; `- C
蛋白质结构数据库(PDB)
4 G. ^8 Z F/ D" Hhttp://www.rcsb.bnl.gov/( h$ X% N3 P p4 i
$ O* g$ }# S5 x$ H( k7 `& g
Sander蛋白质二级结构数据库. _* ]7 w; t1 g/ J1 J
http://www.sander.embl-heidelberg.de/5 @3 h2 b% z3 B0 q7 h% _+ p
! T$ k1 Z+ u- XSNP数据库: d, {$ B; `# B7 |
数据库 数据库说明 网址- [) `, y; M2 H& U D+ i3 K* {9 S- W
HapMap International HapMap& |/ H# R8 k" \. \" d
Project data http://www.hapmap.org/index.html.en
4 y1 p' k1 n! VdbSNP Human Single Nucleotide
k3 z+ B0 J( H: L# S" m" [! JPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/1 \, `7 Q" Y$ d
HMGD Human Gene Mutation/ j4 T! ^$ Y* Y& Q
Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
- n( b5 Q) X7 l/mg/hgmd0.html
1 V V( F. p. w1 |- e* YJSNP A database of Japanese9 T3 `9 g; R. y. M& ]) Q2 q3 a
Single Nucleotide Poly-
3 n% v ~% {: W- r ?; T9 kmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/* ?9 ?4 Z8 A2 N5 E7 N
SVD Sequence Variation; Y: A& v" m: x" i' H
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
/ A$ v( f9 B0 f" k$ U( WHGVbase Human Genome/ Q2 i6 O& @2 p' S
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
! L/ d/ ~) |9 H9 C0 S" PHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html6 k; a. z n+ |3 Y& `' L
GeneSNPs Environmental Genome& \" p6 h$ L3 [( C0 y- z. F+ {4 S
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/& ?; _& d( l# f L; r
6 M$ R$ d5 ?0 W( C0 c( W" _% N
2 i6 H v: j7 U尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。+ E/ D' W0 }) f
下面贴一个使用说明供新手参考。
3 L4 D& g$ W U+ s7 V3 j/ Y. N. k5 z( d
"3p87"(新版)使用说明 + H: s9 Q2 ~# Y A* X5 I; D4 J4 _0 M
# I8 V0 z6 t) A# g7 O; i
一. 基本要求 6 `/ V( x6 q# H+ G- u1 S5 ?
1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据. , ~7 L7 l1 Z: t% S" Q8 |0 \+ j+ B
2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机. / H4 Z9 F" v: \7 N
二. 调用 3P87 程序前的准备工作 ; d. g) |: Y1 w) u9 o
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. 2 S' i& }1 }: L
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT + U8 n c9 a9 D1 r$ |- I2 C7 r, j
三. 调用 3P87 8 U* E3 d8 Q7 n; t
将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单: 7 Q. X' a- i& u) \6 W& I
主菜单
( m7 a0 ?6 Y, s" D( B1. 输入或修改数据
4 E1 A. G4 ^7 Q4 s: V2. 用主数据计算药代动力学参数 & u! j2 q; {5 {5 H h. [ Q
3. 对多组数据进行批处理计算
* @5 w" h; G7 G* n a, a5 p- _4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 5 K; x9 B4 {- L. e4 ]6 ~7 V9 b9 H. e
5. 输出计算结果 2 ~8 F( X/ i8 Z: P0 b) ]8 Y
6. 用简化系统计算药代动力学参数
1 _" {! v: h7 b, I2 I7. 药代动力学房室模型的图示和说明
) P0 q) ^/ A7 Z) F9 V8. 退出 3P87 程序
. Q; O0 f) z3 P; ~# o四. 输入或修改数据 % q, H! V' x! n, u- y! A
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 + `+ F* i- C4 v1 c3 A# `
Please Execute a:inp
( I( X7 w9 q }4 U' K$ O键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
3 s9 {* O5 J* G& c: D输入菜单 7 B5 t s ]* T1 w
1. 输入数据 ) Q5 H/ a9 w/ b5 X
2. 修改标题文件
( B5 v( x; @# O' d( v: p4 R w7 D3. 修改浓度--时间数据
4 C' E5 j6 R) U3 d% `* k8 K8 D4. 增添浓度--时间数据
0 ]/ ?! o, z; L/ s: Y6 B% }! [5. 删除浓度--时间数据
* ~, `8 g1 P8 m N S6. 显示输入的数据
; k4 A! i7 R6 ~- F' k6 d7. 打印输入的数据 3 k* z1 T b* |5 u! d" ?
8. 返回主菜单 5 t9 h! p/ b$ p- W0 \8 k
1. 输入数据
% P5 D) x1 `# K. o' ~" D1.1 建立标题文件 ) Y$ p4 v% {4 y. z
在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: ! H: A; z' h% i- b b8 [ j" k1 E6 L
1. 药名或文件名
# T! D( k/ y3 u( i8 V2. 实验对象
: o/ Q. n' t# @ R( f3 G# Z) x6 `3. 研制单位
7 r( A$ M. P M0 i* O4. 日期
& K' p5 |* l6 L+ R5. 实验者
5 ^- x/ j9 ~0 x& F; l1 O( c6. 计算者 ( n& m# N- S1 g/ @* k1 ?9 O
7. 测定灵敏度 0 n$ r" V- f2 f/ r8 r" T( G. [1 O
8. 浓度单位
3 w3 c2 \/ K- u- v" t& Q9. 测定精密度(cv%)
' l* ^1 l0 m3 F! ]+ U H4 I! ?% u4 E10. 时间单位 2 g6 j* w- f1 g" \/ W" O
11. 给药剂量单位
- k) J. [; U, h1 L用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 3 m, ~; e. f! O( `, ^
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 & u# @/ t" g. P" v+ w# i9 {( e! `
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
6 h, J0 n7 A" O' _( p* G8 F5 K键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修 - S, o' P0 }* |; m, g
改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
. e( P% ?1 G" p回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
7 M% E" y+ h2 j/ p. S [1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 / w" U* K; B1 t( `* q
1. 静脉推注 0 M! U; t( N ] \* ^
2. 静脉滴注
- d- i( Y r% G! j7 n3. 非静脉给药
1 A4 _2 ~( i7 \用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. + N' ?4 h5 b; b% o) o
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 6 D+ k G* E# w2 C* I+ c1 C
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. 0 W5 U! }; q! {( A# f* l
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. * ?4 B( s9 |( e0 H, _
用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
2 L% n* Z J8 _& V: t全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
4 o7 R4 d3 j' r! v' m, C必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.
: d* |- [- g O/ H2 w$ F, {& y3 O7 C1 r2 _* | a9 k
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
' H+ o$ k; ~* u: B5 l9 T, ~/ H7 R后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. . O( T, c" F* C! n/ ]+ \4 Z
3 Z+ q# ]' B0 M" Q9 [9 S
1.5 输入浓度--时间数据 + ~& z& H3 {; ]# Q
先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
6 I0 c. W. w$ B$ j [内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 9 \7 l# @3 i+ g% q8 |
主数据输入.
" M8 p2 _, ^$ [' {/ i在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
! A) q* h+ D! {" Y4 L.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), 3 q* j% ?8 X0 ~$ ~7 Y) ~5 e
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. : W. a8 q" G( c2 y. a# |
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
1 h+ s8 V$ n ?" w& |% {. k输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
5 @- T* {4 n7 {& [, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改 1 g7 w% x/ z+ J% H! i( k/ J
, 每修改完一项必须按回车键. & e/ P% m+ c" l. |
c! v1 V1 _4 }$ W; m* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 3 }. ?- T$ c3 X, y5 _
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. # _ ^3 Y- l) @+ F
; D+ z2 R. m* E o/ D: Q3 E
2. 修改标题文件
: x0 g/ [3 p y1 F/ V( t9 U在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
* G- A3 D" e p; A键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 . `% S( L# ?3 A+ Y* a
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
: I, r: w+ p: B" o/ s3. 修改浓度--时间数据
7 k6 O' A9 R' h; S- D9 O' N# b在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
- q. q; ^% ~8 G2 f. @- da No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
' g7 e3 r3 k# Z; S3 u- p" i# v修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 , x, x! }2 k9 M/ @
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
) J% ]2 i) @) a; k+ d& l5 F4. 增添浓度--时间数据
- I% h! `8 R* {& L$ x在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: 1 H# m0 ?" {2 @# Y
1. 增添新剂量组
) p* \0 L" z. d! P: I- b- d% ?9 M' x2. 在某剂量组内增添个体数据
$ t; O0 A. b* Q t+ Z5 S5 B3. 返回输入菜单
! l+ V! i4 S" Y+ U按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. # A2 m9 g% n% \" U
4.1 增添剂量组
) F6 ^! {, y8 |3 c- P1 @6 r屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 : a" U5 ], K# |- n. h
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, ; |6 W9 d8 S: ]
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
4 \/ h5 h F3 c/ ]6 ]户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样.
# F6 P* h2 A; p& N: H3 C! X8 N4.2 在剂量组内增添个体数据 3 k+ u" |9 B9 i) Y' E4 ]8 x- X
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
4 ]1 c+ T4 j3 i$ G新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
1 a5 D3 k! \! N) v$ Z! Z4 |. o( A度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
; v5 x& S3 S/ G* E5. 删除浓度--时间数据 ) J; j% D# K1 q6 x' w
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: , X. D4 W& C1 O+ o v$ S& C
1. 删除一个剂量组的全部数据 3 g9 K) q. U* ~2 \- F! t3 B% r6 k
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据 5 c/ d2 a% H" V8 B0 e2 j7 V
3. 返回输入菜单
' t5 \. K+ K3 E1 ]按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
; N! b7 B/ f! w: Q5.1 删除一个剂量组的全部数据
) b' L2 q7 K" `/ E* ^# |6 M屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 ( G5 E* s% b% x& F8 E
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will . x: W: |$ @ Z1 Z2 m
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
7 R& N% C& I' i" a. _据, 并按新的结构重排一次数据. : i1 G" D. X! D& F8 ]& X; t+ _, D* Z
5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 ( B9 X" S6 q0 e5 ^' f' [
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 . i9 V! D2 @" F) e- g
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. 4 o; c( ^; F& h8 _% k+ g* p
, s& f. Y- d, Q$ s9 P4 c4 c
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
3 O6 |. @0 _- y+ [. ?3 s0 S, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
0 A4 O; D" d0 o C( p7 t& ], b在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
7 Q6 G0 Q, K' o& p+ e$ u3 @, t. }0 m
6. 显示或打印输入文件
7 M# m2 B4 m' V3 y" g- R( q* B在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
: T3 k# [) ^0 H6 l# V从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 " e5 E( ?; r1 d% Q
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 " [$ f2 \4 l( h' A: l. q- A
调用有关记录. 2 g; w+ ~" Z- d) G& N
9 ]7 P0 i; L5 Q9 l6 g, [+ b五. 计算药代动力学参数 4 T4 {9 S1 S$ z: [4 Q
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 9 p* R8 Z. _0 ` M' G/ a$ W
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
; P7 B% f* i D4 W% x$ P- a要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 " n+ r2 P& @% Q" R9 {; o: f
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 * P& h# p" _: c
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
4 v: k5 Y: A/ v: a2 @- r算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"( ! S8 n- d( c8 r4 X% l5 o
正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
" r" c: o0 Z& `9 M" I户可随时调用, 调用方法见后面六.
& M8 m8 n; {, I1. 用主数据进行计算
) h: w( B; H/ K# X在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
) Q- H. r6 J m算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 ! h6 P, f5 w- R0 [# c$ K2 h
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
K; X; b1 a) |# d: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出 ) k( ?( g: q- g/ J5 N3 y
三种情况的结果: 一房室三种权重.
3 q- ~6 \% U- O X* ?2. 批处理的计算 % L' S) w( [8 I8 k; u0 R+ m$ J
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
' ? r7 H) ^1 [4 y1 M: y理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: 1 [1 { _: ~' \# G1 Q. I, g
(1) 文件名 ; _! f! K' q/ i" ?* r
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 " ^: I& X) ~9 D! G& x
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1. 9 p9 w& e o( Z( ~
(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 9 _2 ^3 [( ^1 `+ w! J* ^5 w
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
/ L R# L( v& D& _, H3. 指定算法和条件的计算
* _6 r' L) V( ^. g在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
X/ G+ O! h$ Y% \' N# X* u1 K指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: - h3 }) }/ b( |( X3 O. ]
(1) 文件名
/ N8 l) b7 Z- s# O) X# L+ [1 D+ ^(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
: p D8 b- d1 F6 ~4 @, `(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
! @+ F! j K; {" r- a户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 / q2 w$ W# {9 _5 a
有的结果.
( S. Q7 r4 s& R9 o4 P" Z, j(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
8 A" V. z8 r4 C P& e5 x2 _(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
5 A0 M, ~1 G# }' o7 u; }/ v给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
. t6 {0 \+ V5 W% I+ [, n(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
5 g. T$ _6 ?, J(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
6 {. Z! h; x$ _4 f7 `(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数, : J; m. I5 Z5 H! P2 b
键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
0 x" D6 d3 v, t, z$ s1 Z/ d% V3 e( \(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. % Y1 l" Q+ I- g/ J
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 + [! V$ M X# [* F
已算好, 按任一键开始自动计算.
, C; ~* `; q/ L1 c9 D0 m六. 计算结果的输出
" P, o* I, ?% b' x- z- x1 C在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name
# a( ?1 B3 F" @; o( e. F键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): ) T! u& v+ E" K3 {
1. 常规打印输出
( P; l0 `% L: Y8 c2. 显示个体数据计算结果 8 K8 ? [9 ~" d& J0 w' R5 N
3. 绘制相关图及散点图 ( Q# u: P% a- k1 `3 @) A
4. 打印输出文件清单 ; U8 G% t K4 j% s$ r$ Z- S" F+ d
5. 返回主菜单
! v1 \! e) ]* Y: r, m M& _4 `- I1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 # }* Q9 |2 i$ \3 W/ v+ p9 J
单(PROUTINE PRINT OUT): / w" a, P, W' x( U- k7 w/ e
1. 打印标题文件 5 v1 g' R3 v% k6 U+ ~
2. 打印供选择模型用的计算结果
4 H0 ]+ W* c3 B" R/ j3. 打印批处理的结果
) ?$ Z: ?7 |2 Q* n4. 打印用户指定计算的结果
% @! ~/ V+ A$ j- c5. 打印个体数据的计算结果
% u: F7 W0 x. D4 ]0 N9 T6. 打印统计矩的结果
4 I6 a$ Y" s* M* i7. 返回输出菜单
4 w3 W5 y2 |* ]0 V0 T在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. . f# Y7 Q0 T7 H7 Z/ Y
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
/ O& Y& @& f- M) I( [5 D在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
' D5 S( g- ~" x: V6 D% P5 n5 ^(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
( T4 A' k. n- k- y加权残差平方和(WSS)
0 H/ F1 E& A- T w; T相关系数(R) - d: v# s0 b' Z& B
确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] 2 J/ x7 n; Q/ s
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
" K( D2 M y9 e度--时间数据点数, P 是参数个数]
' e/ C' ^8 s7 s0 u0 j8 {最大绝对误差(MAE) 4 X2 H2 w/ D) X# l6 L
最大相对误差(MRE)
|3 K+ r/ G7 {% n: l; G |9 A1 X) RAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] 8 |3 b# `$ K0 w# V& l1 n: m9 E
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
& } E5 s2 b4 J( w的次数]
& c: a% ~ ~% ^* V) ` Z- `7 ]& F! S(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 * ]' T' C. I$ _1 X: I/ U/ n" L1 l
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 & @3 \. Y8 l( g1 S9 H& l& r6 b
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值
- A; A7 I& q) N1 b9 v(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
0 L4 s. U9 W2 \: r说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
. |- `9 d: `# V: v% W& z9 G5 XF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著 1 ]5 V2 l* }3 V' `4 {
意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
2 ~, q B1 G' ?, O2 U3 u; h+ ]+ i说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: & z% I# c% t- U" T
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, - c/ o( W: E$ x* i3 R- a
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最 & r0 Z# d s& }- ~$ ]4 w
大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, L |# L& Q( B, h% S& \* U9 ]- V& Z
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
. V% f! o# k3 U: D6 O- l" j半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 5 @5 h) P, z+ W( m! O+ }$ k: p
往往并非最小.
: C2 U3 P1 B+ l# b/ y1.2 批处理计算打印出的主要内容
% V5 B9 S* `/ |9 G6 B9 I. H- k在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
P* x1 ~( \5 R1 M$ C% [" U/ y; k+ {(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) 5 O! V4 w, X6 L6 B
(2) 一级参数表 : B; y5 y8 O% V2 u
(3) 二级参数表
( v5 E" F% V- {9 _$ S7 G一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
2 F: p+ G, y& d% \" ?1 J(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] 3 W6 K8 U2 A" ?4 P
1.3 用户指定计算打印出的主要内容
3 w/ }8 u1 C4 V. R' |在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容: 2 R8 ]$ D* M9 t# {( S" Z
拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, * M5 W6 K& s, }& x
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. : k* d+ P# E/ j: o! S5 q c
1.4 个体数据计算的详细输出 5 I& g+ c8 y; z/ ?/ m
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 ; K4 P/ I% i' O9 q# O5 F
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: , [6 W' m4 V) c7 Q5 e! I, W; ~
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表
( n8 _$ d/ k1 ?: {; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
4 H- \) ^$ A! L! y! m$ \计矩参数.
) g7 U& V. H* ^& J3 N1.5 统计矩计算结果的输出
! m8 T: u. W4 u在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
$ Q0 M/ @8 ~; @0 z, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
; M+ j3 B- Y" a+ a- \7 n7 `2. 个体数据计算结果显示 6 Z" @2 k/ p( }; \" h
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
5 W( J* o7 [+ h始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
# w( p' [) m1 ]8 _1 n标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
1 J1 b; F% S; D, _( }7 y5 X; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 4 t3 ?+ l8 @4 e; u$ t* l( \
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. # q& g" B9 ]7 a4 J- B
3. 绘制相关图及误差散点图 1 D1 T1 Z: u, L& \
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
* I [; P9 ~# b观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 8 }: K: \* c! |1 \0 G
些图形可供药代动力学分析和研究时参考. ( Y/ a* h! l \8 O5 {
4. 打印输出文件内容清单
+ X5 i! z% P" u9 S在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
7 [' _6 F" D: H% e8 L4 |3 G录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. ) F1 G& v6 ?& V; W
七. 用简化系统计算药代动力学参数 , R' t9 H; O! Y, O
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入 7 Q2 Q2 X6 @$ U7 X
数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 $ a9 v$ j: c% A: M$ ] o
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
9 @. d+ a+ p" a$ `1 T# ]时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 & a* g+ I6 q. k) Z0 m# w8 X6 ~2 j
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: / ^& v6 `5 h" [: L* b
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
( W. U. I9 j" o7 z, \途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
' Q8 K, \$ w; U7 A$ @; V2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 / G# K" B3 p' h1 e$ Z" M1 `
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. + G t8 w* r: {& P) ]1 Y6 Q2 _
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
5 c0 l2 J5 w3 h4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. - J' Y2 ^# g1 B- p' _9 x3 p
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
" O, ~3 X p& `5 z. k$ L和相对误差.
$ _% T. g# u4 J6 W3 i6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
0 N/ b1 s4 y4 w7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
# I: @3 v0 v, l, B8 c权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应
+ L- r: l: Q$ j; l# \' F3 I+ d9 I的结果.
( G" r h2 z! d. S# M3 Z. @
. U5 K+ Z y _" I6 z, Z( }3 p& jMathType 5.2 ) w* N4 f4 B, w: Z" C& Q, p4 M
: j8 K/ T' A# y' U
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。& m( D$ H/ Y0 s7 ?, J
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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