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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。
# {2 T2 t$ G8 Q4 ~9 p8 ~& G! S核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
+ W* o2 U+ q( G X一、生物学常用网址:" F! h& d }* V' d7 o4 H, R& H2 X
( P* z' F6 }) Y
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
7 @- C2 i8 Q# V% F pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
( w" y8 a- b4 Q2 w# w HighWire Press http://intl.highwire.org/ 8 @5 d _# |- \
/ P. _- g3 Q1 S
Elsevier Science电子期刊 # k; t7 t) W; V
http://www.ddbj.nig.ac.jp/> 6 ^( b5 e! w! c& n9 x6 @3 w
http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm + o) {4 u( o. Z& [, i
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
8 v6 n% C# g0 H1 ~, |, U( t: M 上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
4 O& P" U( P! q2 e7 S 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
1 _- u% R7 G( F7 m+ ]- P Cell杂志 http://www.cell.com/
" x5 ~# K& ]* l$ M3 U2 P. M* I' A 中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm ' a* v1 L4 ~4 [
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
$ D0 ~$ a7 \8 ]6 W, Y: Q; z 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm 3 `% \! }2 H! g5 T
Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)) s1 f4 ^! H( V, n! G$ v: Z& M6 I
美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) / L8 Y3 m7 Q0 Y
( |' @' o8 U, V+ h' |美国生物技术信息中心(NCBI)% \1 e' L$ {8 X% N5 Y0 P3 b
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
- {2 \$ Q* L; O- r R核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)
; j' B" w* M0 q' ]9 i" x! ]1 L. }# j2 m* |
2 r# C) ~3 H1 L3 p蛋白质信息资源(PIR), m. m& ~) r; _0 ]% j
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html# r9 j: C. t$ z
1 m: d6 T7 [- y* p; W1 U" A& h4 L4 I/ C7 J
蛋白质结构数据库(PDB)7 x) g8 ~4 v' E& W' `8 u1 c
http://www.rcsb.bnl.gov/7 s8 p2 N, k' ^3 @' p
8 Q( q M5 }3 xSander蛋白质二级结构数据库& ^/ e. T6 m. b! b# A4 \
http://www.sander.embl-heidelberg.de/
0 ?, o$ ~ l% r
9 k$ @) c* b+ [SNP数据库3 O8 o6 l7 I4 V3 h; @' `
数据库 数据库说明 网址% W. K( l* H. F5 ]8 p
HapMap International HapMap
8 _: e6 i# v; A" A0 F jProject data http://www.hapmap.org/index.html.en
a8 x* E; s. ?dbSNP Human Single Nucleotide
' B/ w. S2 i) t, K) ?- O* V' ?Polymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
9 ^- ?+ f* T2 o% R/ e2 W. m! _HMGD Human Gene Mutation
g8 {& ]% E# ?% n$ uDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
7 N6 H$ j: W) B. G9 O/ q/mg/hgmd0.html4 V, ?' H8 m+ {4 E" _/ e
JSNP A database of Japanese
3 X- G" v$ h5 WSingle Nucleotide Poly-
5 y, s3 V+ a. l) X$ u! C' t. `morphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
$ V- g; r6 ^) VSVD Sequence Variation$ @5 u' r, ]9 U) _. U. w
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
1 \! a: O0 `- ?. m0 ]' d1 rHGVbase Human Genome
& h8 w+ F) ~: V; b* WVariation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
/ }0 P- W; Z7 r; ~& y5 O+ v; kHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html* ~4 ~) Q+ i9 i7 y
GeneSNPs Environmental Genome
+ L- @. H8 }+ t; }% nProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/5 O* G, F: X5 d5 u+ a# }. B( v( o
% B* o+ t1 g! b* v L
# P3 n/ E- W9 w5 G% U
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。0 r6 {# v3 p/ A2 y, b3 y
下面贴一个使用说明供新手参考。) ^1 q. V9 j6 O2 q* y1 D& V) ]) Q. _" Y& F
8 ]9 g6 Z! v* A) H- ^3 o A4 h"3p87"(新版)使用说明 7 u% X) q- i0 V' M- {( X
% t+ v# b F3 L# o, d一. 基本要求
- o, c) H: R# z" m1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
& v( q3 |4 N- `8 k9 O N2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
) y+ B% Z" n" h) Q& v; X# A. m7 q4 I二. 调用 3P87 程序前的准备工作 # K" D, M4 J0 _
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算.
4 h; ? Q/ p' X+ ?" v! [* ]2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT 9 I' r* E0 {2 W) E ^4 A
三. 调用 3P87
! _. a$ B' Q# k将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
: ]. K# E, S$ Z! c- d8 X- X* Q主菜单 + G1 r! n$ v- R" w
1. 输入或修改数据 ) X( u2 p, s2 S6 c2 l" }
2. 用主数据计算药代动力学参数 . J6 Y! U% c& D+ U V8 Y
3. 对多组数据进行批处理计算
0 |" @6 D6 P6 D8 {5 _% {) z9 ~4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 : G, P) Q$ E& u$ O/ `& v; W
5. 输出计算结果 3 @, z7 {+ y h j* @7 b) j
6. 用简化系统计算药代动力学参数
0 j$ m/ [. O$ y! F7. 药代动力学房室模型的图示和说明
3 q" i S6 h) i/ g+ W8. 退出 3P87 程序 6 V5 M/ w6 A8 D
四. 输入或修改数据
; N# f# p( R3 O8 q6 W. Q* }9 ]在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 ' C& e2 g( x* a$ I3 j1 W
Please Execute a:inp . Q$ h$ ~& ]! g5 F/ j
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: / M! d; d; N7 s! x, e, s: Q/ p E
输入菜单 " l# y3 z* Y' N- m
1. 输入数据 ( K7 o9 l7 b. r1 ~6 o
2. 修改标题文件 1 F# W, t% \8 O3 r' ]. ?
3. 修改浓度--时间数据
" d2 h$ h) r/ d/ I$ e1 w! e4. 增添浓度--时间数据
& u0 |3 p Y1 l2 |0 B5. 删除浓度--时间数据
7 D& B' T& D0 R, e0 Q, g6. 显示输入的数据
3 D4 E. u7 f: i' e7. 打印输入的数据 ' x9 C0 p t/ G
8. 返回主菜单
. R3 Q8 }8 L3 w: U% Y4 \- r1. 输入数据 1 {1 w" {6 q5 S8 Z8 L% i
1.1 建立标题文件
5 ] t5 X9 s/ t在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容:
: h! ]& v* @# t& O6 u. c3 c1. 药名或文件名
: x- i" p, p! }9 f8 W+ L" \+ |2. 实验对象 % R, P/ U6 X3 V0 h
3. 研制单位
# v1 m4 |% f% b! c) j N4. 日期 8 F: |% E; \9 Q8 c% x# W0 Q+ S/ N
5. 实验者
: A* t& U: f" T- n6. 计算者 7 G1 b$ ^6 k( z4 ~1 ?
7. 测定灵敏度 O" u& U9 Y7 @7 A: h& _$ ^
8. 浓度单位
) f) D+ ^$ d9 `$ l; B1 p9. 测定精密度(cv%)
2 p+ U, N/ Z) C3 R- F! N10. 时间单位
7 n/ y4 n% K5 w8 X% j8 W, a11. 给药剂量单位
( ^3 d+ r$ b3 ~& R. R( Q用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
8 P$ J) H: B" H+ N' I5 X' {有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
9 L) c! F+ A' O3 L输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
* y3 t |" \$ ]4 O) ], Y" L键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修 ( I m% b# W4 ]- d) I8 ]
改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
5 I" g& q# J4 I z: D8 R回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入. 5 w5 E' @. m: `6 z$ N6 m0 B
1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 * k' }1 Z. Y4 ^4 N
1. 静脉推注
. H2 w+ C2 G( J6 z1 A8 `2. 静脉滴注
5 \. A& j. P4 l2 Q3. 非静脉给药 $ A2 G: \+ Q, P& b0 K# Y
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
2 e/ Z Z2 F9 _* V1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 ; V% l1 c7 }' L8 j& k- L
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. ) |; O* a% o4 @5 y/ b) O4 Y' W# Y5 Z
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. 1 @: R9 M/ u" f' B' L
用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
2 h% Q8 p5 O) n/ V: n. G全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
$ ~6 Z1 i6 E9 y7 v5 E9 k必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. ; T) B9 I$ h6 N8 D
6 o* `) i, ^$ T' ?3 i6 k6 |* b
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 5 j! K' a) B+ R- q6 K- A
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. + \$ ]/ \' V/ _: Z8 i& J
* X: A, ?/ j [9 K- p6 a1.5 输入浓度--时间数据 8 H4 X+ |) U( r1 ^+ O* w7 y1 G1 V0 A
先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 3 |) i- M2 l9 S$ C9 x& R! e+ N) V
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 9 V2 @! H/ v d* b3 o
主数据输入. 5 ^: X T) U; n
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No 1 M; {% z {1 v' C! N
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), 7 K: w4 J* F9 J% \
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
s: E1 G( C( K3 T2 f用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 , q! k% E3 D/ _; c( {
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
' { a9 I! U: N8 Y w, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
. H& F/ s! Z! I# H6 t6 x" H+ I, 每修改完一项必须按回车键. 1 x8 z2 z @( o/ S# I+ o
) j: L- a9 c, E# _/ X" h0 E* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 ! T. [, i& z( x9 K2 @+ G6 u
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. $ Y z# m8 R3 x* W$ x
d# S' X8 e8 o+ W/ `
2. 修改标题文件 $ R, f3 V' f% V. X
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
. t0 l: M+ ^7 r4 H! G键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
% x9 p4 x! Y- J处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样. ) b7 n' r+ b& F; z
3. 修改浓度--时间数据 . K5 J1 Q8 \% r( U% a
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
4 e5 |6 R1 c1 y* B Fa No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
5 v. G, A0 K8 ]& Q" }3 ?修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
& L3 L* j1 M9 V项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
7 r0 r: J5 T( l2 m, A$ q0 ~1 z6 T4. 增添浓度--时间数据
8 x0 @3 \1 ^( u _- b, H o1 Q在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: & _0 s! y" F6 T+ v! \" m9 P' t# G
1. 增添新剂量组 4 p+ X' ~( J9 W n+ ~1 e- ^
2. 在某剂量组内增添个体数据 8 l9 y; z; ~- F
3. 返回输入菜单
% h p- ^5 V6 C: {- P; M按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. , e- n/ Y k, \
4.1 增添剂量组
b- }. d! Q+ c( b& f: L" N+ l/ q: o屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然
& z/ [! Z1 `$ L后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
+ ~0 Z9 s/ x2 M6 K; P3 f屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
$ x0 z+ p8 ]6 L: H, |户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. # a$ p/ o, R% j1 ?
4.2 在剂量组内增添个体数据 ! J0 f5 j1 g6 |- Z4 p' }
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
6 Z& |, s) O# `1 D新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 5 \, n. R& z9 J0 o) J3 t
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
. t4 q' l8 ]+ t" {* j2 E2 f5. 删除浓度--时间数据
& ]% I* G. u5 @在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: ( J8 {# J! F. \" p% D V/ k
1. 删除一个剂量组的全部数据
6 [) L$ x" p) k5 @+ C2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
6 d. n9 W8 A$ O2 G3. 返回输入菜单 4 V+ g$ P, U) z1 A. b1 k7 h
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
+ r" K. C$ F/ I( e2 y; i# h1 \5.1 删除一个剂量组的全部数据 . \4 ^) i9 m2 @
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量
$ R6 ]* o5 I% b0 R组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will / z* y9 |- D% @+ b
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
8 T) C9 `' K, P4 T/ G据, 并按新的结构重排一次数据.
% O5 U! L4 Z! K3 d6 X/ M+ \5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 ) O# s1 O% N# j* M% r
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 q& ], a+ ^% Y: p
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. ' J# u/ j% k0 |$ v' W" u
9 X7 c2 H/ v% _6 Y/ P4 T
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
, M; i/ {, \+ |; S; G6 w. R8 X: p, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 3 }5 _! C: T9 g! }4 I2 q
在此前, 应首先复制一份原文件作备用. . e& u' ^6 f2 x' v' x( I4 R) f- v
+ Q# K# O+ z8 m$ N- F* @# W, p
6. 显示或打印输入文件
, a) O1 s6 Y% U/ x. |2 N8 @在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
8 d/ H+ N& d% p. T3 O# k从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 # h& g, Z0 w9 c
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 " ~; P* A; H2 w* p& m3 ^6 v! Y
调用有关记录. 2 W6 v+ T A( J" }7 U; F# [
2 T/ D- e, X1 Z9 [
五. 计算药代动力学参数
3 }% ], z5 }+ q; k9 @, i$ a在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 6 v6 g9 R3 g# A
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后 7 a$ ]/ [2 P: U' |. A" h% ~. D
要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
; x3 z8 k4 k9 w: O, s9 S左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
: \$ ~* C- J8 f' K! O, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计 7 J; g4 Z* p3 Z
算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
& N! R) Z- y& r% ^正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
8 D4 s8 p* v) `6 X: X- }. K- f: Y户可随时调用, 调用方法见后面六.
, Z$ ?* m+ H/ R% h, l1. 用主数据进行计算 4 F& R# g+ b4 t
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
% w; |% l! p6 G算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 3 u% Y1 J, Z) e
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果 3 w1 R7 B" p% s8 ~
: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
" W O ^/ m* ]& n三种情况的结果: 一房室三种权重.
( F! `3 }' v# b' ~/ ~6 m* i9 C9 y- V2. 批处理的计算 / V6 Q# j5 f% E6 H6 o: V! E3 r H
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
' T3 M) p3 A P5 G理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: " n) x+ f" n( U$ M- ?
(1) 文件名
3 |: T8 [/ W- {; T: k$ T3 z7 G(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 2 r" H: O* T- @5 r; Y. n
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
9 N, N+ p! c( o$ X* U Z. f' y) e3 j3 l(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
8 P% {1 [8 U1 `; i' @& \* j: D字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
8 F+ t( X7 |5 `. E4 X1 [& U4 E3. 指定算法和条件的计算 + V; T* `+ T$ F& O
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
5 w) D8 r$ H) Y, Y8 d3 {4 O9 Z指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: 4 d' R% P: e2 Y3 U
(1) 文件名 . v, D2 k" U3 v
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
6 x, W6 C$ ?! p& ~9 N6 C(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 - { F& l" l: |( w
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 - D" l( x L' O( u/ N1 Y% n
有的结果.
7 B3 U8 ~9 d* Q(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. " k: s( e3 A# c/ d/ @
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
2 p6 [( ^) A9 u9 N$ m+ I给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
, f7 N6 \" o! B7 M0 W(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
) E/ Z7 o. h& ~' L5 X) b e! E5 U(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 R% c4 {5 \# \7 d: `2 \
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
* ~0 C( w1 `6 {5 Q! G. T键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. & y7 B% K, m7 s: i
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
+ |( |* f; }+ T7 q' @8 l1 }当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 $ |& c9 n1 R3 z- @
已算好, 按任一键开始自动计算. ' D! h% c1 A! L" V& N8 A
六. 计算结果的输出 " X/ x% _7 F9 L* ^
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name 6 @* J/ s0 M. I# g& ?& c; @
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): $ T. P' A! r* [" ~* N% f
1. 常规打印输出
( n, X- }9 \1 b' N2. 显示个体数据计算结果
8 I( I- ^8 S" O/ e3. 绘制相关图及散点图
4 }( r0 L1 d/ U( T$ H/ {2 i1 u4. 打印输出文件清单 7 I0 p) D) w- T2 c q! o4 S- `2 M
5. 返回主菜单 ( E' Q- C/ E! M# r0 d, U
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 a& z+ f' V9 U: Q1 G
单(PROUTINE PRINT OUT):
# a3 j7 o w* B2 `5 u% ^% a1. 打印标题文件
) Y. ~5 y+ s) z( ^2. 打印供选择模型用的计算结果
6 ?5 d# ^& @" Y& l3. 打印批处理的结果
$ j7 L8 p @1 |6 A4. 打印用户指定计算的结果
2 R$ _) k# r# ]2 ]+ W3 x3 `" A2 k5. 打印个体数据的计算结果
- v) a- y7 f b* F$ R6. 打印统计矩的结果
y; \; I) T; m9 Z7 O6 z7. 返回输出菜单 ) ?" t; j, {6 S' x2 T% z, D
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. ' Y$ ?# _) }9 N y( w, V
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 - }6 E- j/ d: c* [
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. $ N: e# J# @1 [& u9 C: x5 y2 T2 R
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: 2 e) i) O2 q' f2 N* F! ?0 F- |
加权残差平方和(WSS) 3 W+ z. b5 w) m p A" r) N3 Z
相关系数(R)
' G6 ?7 K" ]3 ]确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
* F4 {: l5 C( x/ [. i8 y! g拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 ) R) ~+ o! c! M8 y1 p J
度--时间数据点数, P 是参数个数]
0 H) I. [0 W9 ] ^/ l, n最大绝对误差(MAE) / U: F7 J/ Q8 ~6 G2 z u
最大相对误差(MRE)
. I3 E* ]; R* E# O, f& L9 t- qAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
" P. ^& h: }8 o8 k- v; l, s0 L游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化 4 X$ c y1 j4 Y S; V" T, P
的次数]
3 T4 V% x& W/ H, I$ d7 ](2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
/ [, I) d" C" T3 W% D6 o, y3 [$ E) Z果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
; `' d6 F9 V3 ?+ I(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 , D2 H& Z4 c8 N- M
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
; h- d2 w' O" @) x8 L( \说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 6 L: E, v: g, w1 [5 N
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著 ( w) F k4 I" \/ u
意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. # c$ P* i3 O- h' o' C" J' V/ M
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: : E7 |" o) I1 w% w
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, . y$ _# p$ ~3 {: a/ }/ W
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
- P( ?( `1 B8 f大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, 3 Q6 s/ h( |) ~; n$ Z [; o
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 9 K% V4 J V3 b: l- @$ y
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
; B9 G- E: G3 r" A0 _往往并非最小.
8 H. H5 D% ~, u! I1.2 批处理计算打印出的主要内容 ! _. o" P9 ^* i+ W$ n" ^9 l! K
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. 7 N4 t% E g4 q+ A* e- o" Y. W' l
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
7 W( m- `) R& J8 p+ S- Q Z) B(2) 一级参数表
; `4 ]" I; e# K b& w! @/ p1 F(3) 二级参数表
& L4 r4 B7 m+ v! y1 f$ U一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
# g; {6 m# U" G+ X(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] " Z; b8 W& k1 s, w/ s3 S
1.3 用户指定计算打印出的主要内容 * r" g/ e5 ?- }$ @$ b
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容: * x; w% m" i* [% o9 Q! G W, ?. R
拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
+ L8 }" X1 ]1 `$ V& P2 y或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. , S" e7 f0 f H& z0 a3 V/ @
1.4 个体数据计算的详细输出 ( \% c5 r0 ^+ R" {3 |. V2 m+ [
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 # D7 d0 V9 l8 n
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果:
2 r) }+ H* |- Z7 b3 {标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 1 D- [# I( C" }+ c! B
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 : W+ N$ y4 s: s) F) L' u
计矩参数. # O2 a% { m" h4 U% X4 H1 l3 B
1.5 统计矩计算结果的输出 : b4 M3 I8 P9 [' n- Z
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 # l7 `- h$ G: Q
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
( {; r% x+ B4 e* Q" F2 Q9 m$ H2. 个体数据计算结果显示 - s5 ]5 Z4 {$ Y9 ]% \: C
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
/ F6 V$ `; o3 x8 w, L始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: 1 @) r, i) l* K& j
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
; D! o1 |9 x) d0 u# y( p; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 : ?/ Q' A- U- n7 h7 T8 c* B
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. 8 @' ^& d5 R# l9 g( F$ b0 W6 d6 E
3. 绘制相关图及误差散点图 9 ^. D1 {# n3 B5 {. M0 D7 s3 N- z
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 * {; P% A7 O6 Q: q
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 - Y. {* \+ t8 j3 ?
些图形可供药代动力学分析和研究时参考. $ u3 [& t: g7 y( W. n
4. 打印输出文件内容清单 N' y7 R. L. B* u1 B
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 $ \9 J ?2 J3 J( j3 O, G
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. 4 B- V, e, r; T. K- x- W' Z
七. 用简化系统计算药代动力学参数
* G" M5 i3 U' `; x6 B/ e. y简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
* Q/ T K! L& N& {) ~数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
! E& Y' F3 I: J1 V4 g* i! K- N, Q2 m有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- , x. ~2 K: F8 X1 m8 q
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 3 g( ]! `+ a1 n% F
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
" N5 V6 p3 N5 r2 |1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
! D8 v& ^+ U7 K途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
: M- E5 w: t' _8 a/ P. Z8 q' \2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 6 s6 b% J/ d& q+ P/ J9 N! P
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. / P& u3 a. v4 H/ h
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
v. J1 X3 K0 g( B" T4 b5 p* y4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
7 x) L. K7 _+ l* L$ R+ ^9 F5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 : ] ?+ h" W+ E8 o* ^% f
和相对误差. / \1 B5 ]/ N- o! {, y6 q" A
6. C--T 图和 LN(C)--T 图. 4 \; ^- t% n5 g) R
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
7 R/ W% x5 C2 W; u/ u权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 ; l; |5 b4 W7 p7 r8 C
的结果.! b: {: @" \7 {- [( L* q3 B
. r6 ^8 \% H" m3 t3 A# y
MathType 5.2 9 i0 J1 L* y2 z$ t A' P4 S
$ T# z4 M# }1 D6 }
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。
$ |1 M" W) p) n& h0 U- h Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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