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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。3 S- ^; f+ R% }! h
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
. [8 m* A a$ |& L2 m3 |一、生物学常用网址:
, X8 o2 f8 y6 ]& A5 p
8 j! Z9 w4 s f4 z7 _ CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin " z1 Q4 M9 |( T) g* C3 F. D' q
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
/ B* {% w/ C, d$ N HighWire Press http://intl.highwire.org/
: l1 Z# e1 ]( f
4 o1 M( z* p" A. l4 `& y' m Elsevier Science电子期刊
+ a& [- H8 Z- g0 Z1 ]http://www.ddbj.nig.ac.jp/>
7 i, N6 @; S3 Y! u' y& W6 g http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
# _/ G+ x# ?" a6 ~5 V" v' [ science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ ' K: q1 |$ ^0 K2 M* L/ E; }5 l
上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
- i o& x; @8 H( f& u, d 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
$ w4 e. y" q6 p Cell杂志 http://www.cell.com/ - \# F6 R4 W2 m0 q
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm ; u1 y! c/ `; m$ I
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ 9 y" d4 v1 c0 j. X) e/ G
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
' _3 B" y& Q3 S Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
, F2 i5 C2 b2 ^ O5 P& [ 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费)
% W y6 q. H0 h$ k
) R% u+ s" _7 H4 ~( S) U% s美国生物技术信息中心(NCBI)% e$ a. U( f% i+ n) ?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov: C3 Y% T" m+ H* ]) C' I
核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 3 N3 y: N9 z6 ]; b4 \& X- I
- b2 O" |4 c0 z6 W$ a8 c
) `6 _6 S; d5 h4 J7 k& s/ W蛋白质信息资源(PIR)& I6 V: L8 Y) C
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html1 s: ^0 P! D/ q
0 J# i$ m' ]6 u) g# m
& p& X' y4 { O u6 G蛋白质结构数据库(PDB)
& j0 e, l7 u* N" X6 }/ q# O3 shttp://www.rcsb.bnl.gov/$ |$ A6 h; T# {- s
8 o% T* C3 Y6 T9 j# M% P1 e J+ B# K- VSander蛋白质二级结构数据库3 Y4 [( [- ^9 A6 \2 }1 \1 {
http://www.sander.embl-heidelberg.de/
5 h6 q. h* `' [& B& Y& i, p
0 z7 j6 Z7 y$ h+ o1 c3 V8 f {- F% bSNP数据库
. @; \$ |; m+ {& H数据库 数据库说明 网址
# }# M( Y. |1 n- p: \% [- PHapMap International HapMap
0 [9 ~* K4 |1 F# j2 S9 kProject data http://www.hapmap.org/index.html.en
$ _# k, q- x6 `9 x" I' w- l6 u% HdbSNP Human Single Nucleotide * E5 [# ?8 v/ b3 o! A
Polymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ I; }0 x! c$ {5 J- \
HMGD Human Gene Mutation; y) l( `, Y3 z3 [
Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
/ H2 Z9 [0 n+ v7 M. R5 | H/mg/hgmd0.html& d" k7 f1 ~8 D! p$ [* k4 h
JSNP A database of Japanese/ f4 R! G/ \" i5 a+ X4 r
Single Nucleotide Poly-
: v o4 p8 i, Bmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
* k/ d4 f$ t# ~SVD Sequence Variation
- T8 i# f2 I& [0 g e* [Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
( [8 l5 i5 t, ^HGVbase Human Genome
# |8 |5 Q/ @6 O. R( m5 z6 b5 c0 ?Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
w! O6 D k7 _Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
% l0 x! a( ?% X; ~* KGeneSNPs Environmental Genome
5 p0 i I. N5 m( ^3 QProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
$ w' `* c2 x! Q/ \& `% B
9 i+ f% K6 E$ h, b4 p1 L- a, x3 [; M7 h4 d0 N9 h8 c9 ?
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。% `* Y# P" w$ n3 r
下面贴一个使用说明供新手参考。
3 i) I$ i' L6 P$ R5 [+ A
6 r: b3 H g; t w2 s"3p87"(新版)使用说明 ' E4 T. X4 P5 J0 X; _$ X
# V& J$ `+ \: F# p/ J( d一. 基本要求 r) v; b6 b- S% j0 R; J2 q
1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据. # O# q+ w6 P2 X. A7 B
2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机. . T5 ^6 N/ a1 Y7 a9 c0 `
二. 调用 3P87 程序前的准备工作
# G0 e; o' A7 |% a# a! h! q1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. % h$ I+ G& I. c) l1 ~
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
; F; j" r! o; K5 i# F' V三. 调用 3P87
9 M G1 v3 o# m+ A: j将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单: - b; C' s3 X; G1 {
主菜单 6 k+ i# @8 b6 z" [
1. 输入或修改数据
3 L. P" D* w3 z+ W2. 用主数据计算药代动力学参数 , F* `% T3 h% o" h/ k1 D
3. 对多组数据进行批处理计算
" d& k: e4 z& A& t. _$ A# e4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 % Y! d! \. U+ E/ ]3 M& e
5. 输出计算结果
: d* [! ]6 l1 h7 p) x5 |% @6. 用简化系统计算药代动力学参数 & T$ l+ p: L8 | m b
7. 药代动力学房室模型的图示和说明 5 A1 {6 @& W; N! Q9 _4 ]9 G' q! Q j
8. 退出 3P87 程序 3 S: \6 m4 q) h3 r% y" T: \
四. 输入或修改数据
_7 l# X. B% R5 p在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 9 c$ q1 |2 g* ]7 r) Z
Please Execute a:inp
# I, f, ^9 _* E8 X% d- c键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: 1 n ?) c" s3 V2 h9 a
输入菜单 " W+ Y- F* I! ^/ e; m
1. 输入数据
1 G, e& D* l. Y2. 修改标题文件
5 ]& `" u+ C& c9 S& P$ l3 z3. 修改浓度--时间数据 7 D& _, i# X% Z9 y: ~
4. 增添浓度--时间数据
3 @* z% W- t% F5. 删除浓度--时间数据
( D4 ~* V' _, p0 J" B' [6. 显示输入的数据 & V% H0 r9 y+ i: M# ^
7. 打印输入的数据
! c% [7 O6 R6 W; ~+ O7 ~) O! C8. 返回主菜单 , [! _2 U$ p3 G0 k6 L* j
1. 输入数据
9 y+ b- v( z( I6 `/ B6 {# u1.1 建立标题文件 " [% b# s, } l2 _2 q/ k# F% R
在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: , O7 X+ N+ v& p% i" \) h
1. 药名或文件名
5 V% T$ q8 r9 g, C P! n* f2. 实验对象
0 C* o# E. _" Q9 G8 G* e3. 研制单位
. n0 Y0 W5 }+ d2 A; y6 g4. 日期 1 S: I) u: E( \+ I6 S" @- q
5. 实验者
# R; r! I! F9 h5 b/ ^1 H! n0 j* U6. 计算者 7 j! H3 o! _+ i7 @
7. 测定灵敏度
8 A9 t- R8 @3 \1 a5 \0 U8. 浓度单位 ) }2 o1 y; d5 o
9. 测定精密度(cv%) : M9 s0 A- N. _# }, m0 u2 F Y ^
10. 时间单位 / ^0 _; m: u2 O
11. 给药剂量单位
1 j$ j" _, X1 ?3 H3 g6 p用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
5 t J. p- s6 ~# A1 @* f" a有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 - }6 ^6 \6 h4 U* s. p a
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
# h' V+ Y: f# ^: y键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
+ m: H) R; C$ c; y改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 . t/ B4 {' i. i& j9 w
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
3 X' Q# A( [/ ^8 O9 g' ~1 n1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 . l/ p- m7 \0 J
1. 静脉推注
' L, }7 `& r- W" @" z2. 静脉滴注
' k# L7 e% ^9 {& L* A3. 非静脉给药
0 I: Z* @6 s7 _( O用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
4 U( |0 u! h x- c2 Q2 z* X; ~1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体
8 n( x) @+ |+ f/ t数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
. G( F, { o+ L- Y$ h8 X2 b0 j2 Y1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
# U1 c; E9 Z- g( L6 v# K用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
5 F; }8 C2 Q9 i: }' f# s全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项 ; S7 S/ a# U4 O* i. f
必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. # M- u- Z# e) x' ]- I/ I
( ?; H8 u6 U+ ?5 i; ^8 N5 z1 u0 W! K
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
' K/ t5 \5 P+ V# {后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. ' d5 D# d9 s) Y" [- S) H( R- w4 y
' V5 g7 U1 R8 m: @" k7 ~1.5 输入浓度--时间数据 + k: Y, o5 n2 W+ S% ~
先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
; u' z5 G) J. r8 x- B内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 # t3 @. j: u4 N6 C9 L% R
主数据输入. 3 L" _( n9 W. X' X* ?/ ^
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
5 f6 Q7 z" _, R/ C: T. S. k.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), ! ?1 G1 C2 I+ Y' E; ], [
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 6 j) M2 A1 h# g( K) B2 [
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
* I7 q/ s. \6 i+ F7 d# {% q4 H输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 & Q! \6 e) g1 A8 V3 Z
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改 ' M; ~2 _$ M2 Y( J' Y( a' f$ S7 W$ x
, 每修改完一项必须按回车键. . I }0 M/ H- ]
! w( e9 Z) `* C) x) B& d8 K
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 " D4 o: b+ P1 @# P. a0 Z. }
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
$ W4 [) G H% {( ]; J0 H) H
3 j0 E e! D8 X$ l# |& _& z9 @. `5 L2. 修改标题文件 5 ?/ s* j% [+ @& O
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名), # w5 K4 e% m f# y2 x
键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 + U& X K2 F; A
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
- o+ M( m4 k2 A. D6 L6 ]3. 修改浓度--时间数据 ) Y: B2 ^2 e- B6 R- E$ F! \
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
( @6 q5 W$ L5 d" e7 ^7 l5 \7 x( Ea No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
^6 u6 _ U0 _+ {修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
+ C& ?+ v# A0 o项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
) }. ^. u0 \ b8 Q1 |2 E( c- M4. 增添浓度--时间数据
Z% V5 y5 r& G0 B i+ k+ `% p# F+ g在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
% |& k. F& x1 \1. 增添新剂量组 $ {. A/ }& q# z$ Y5 i
2. 在某剂量组内增添个体数据 0 z- d+ c" S |, Y" n! E
3. 返回输入菜单
& t; @: b! g9 V按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
' b$ h, Q$ N1 V' T8 u L4.1 增添剂量组
' g: b( X; ^: \: z屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 : n0 B$ i6 U, j+ j# V ?* H) i
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
4 @' }: X4 Y; V/ D* y% J屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 8 i. Q2 u8 ?; i# l( F/ Q- `, M( A
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. 7 O& G8 Z! N; u0 K9 d+ Q- A3 I* c
4.2 在剂量组内增添个体数据
# b3 o4 W% ^9 u& {9 f根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和 5 r* H$ @9 v& [% N+ m. X! m
新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 3 S' X& S: }# u% t' U* J: l7 r
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同. ' [6 c! i( k+ J8 @) l3 n* B
5. 删除浓度--时间数据
$ C+ y# D9 }; m) ]在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: # M* b) a; W* |1 ~, }. Q2 @1 ~( Y
1. 删除一个剂量组的全部数据 . W$ v, I l0 p* ?/ L+ b/ `
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
: A g) K- w3 [" p/ _% N3. 返回输入菜单 * q2 B" ?5 v5 U* b
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. : l! J# @0 g( D) Z! q0 W+ _' z
5.1 删除一个剂量组的全部数据
7 P( A ~0 n' z8 `屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 g2 ]" V! f2 N& h8 S9 y
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will
+ R$ J, b4 J: j8 X$ Nbe Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
% f. D5 T/ G! |* M据, 并按新的结构重排一次数据.
[' `" |; O. y5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
! c/ m0 x$ I! T: {) _+ J根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的
0 j1 ~# f! ]5 c* P! [ C数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. / t: F \, Q! F! m
! t7 ?. F! ~3 \
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
# u3 w. q: Q" m5 R& {2 Z, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
' F: l1 y" C- ~4 q+ ^4 C L在此前, 应首先复制一份原文件作备用. / P' ]) N& |% L3 E6 b3 h0 \/ ]) S
7 E' Q% A, W5 f+ A% m6. 显示或打印输入文件 }# |8 t3 h) B; |6 Q
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户 6 s/ g" n8 d) w, t3 D5 ~. M; l
从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 9 Z- K. k5 k2 z$ p7 p. X, \1 `
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 , _6 V- J9 b; Y% ^
调用有关记录. ) D' I: m% j* Z8 C6 n+ ]; {
$ b$ s9 G; u7 i6 \ t0 ]五. 计算药代动力学参数 , |9 u7 g: j8 \3 V
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 5 W1 G/ v# U6 {! R. ~
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
1 o* x5 `$ D$ d7 e8 Z3 ^; N$ A要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 1 L0 D: q* K9 f$ p. g
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 6 z% H m! [) {8 A* ?4 X4 a
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计 $ j; G0 |7 Z4 q9 U; Z7 {2 N
算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
& _; [5 A( q( x% u# n8 j正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 5 j; Y7 Z! b; j" q7 g* c, s
户可随时调用, 调用方法见后面六.
" v* ]( q/ V, F$ w1 p/ D, A1. 用主数据进行计算
5 N. t) ?* \; s1 H9 n8 q在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 " Q' i- h. j9 i( j$ t6 [" h
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 " {+ H8 E1 s, D% X' Y6 g, z* v6 ?
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
3 K' z, }! r/ p$ |$ y T' |& ?: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
7 {5 J7 \, v5 _/ @- b+ R三种情况的结果: 一房室三种权重. 2 {% v/ w2 v3 }6 R$ q- i7 A0 [0 ^
2. 批处理的计算
) N* }" e% h9 ~! Z+ z$ S在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
/ F; d* m3 D6 |理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: ! ?* i$ n( g' m/ O
(1) 文件名 + ]" x* V( e. j0 Y, T; {
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
( _2 P, f$ A" I- y" X, g" Q数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
5 U+ K9 h4 Y: Q% R(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
. C, T- L: Z S$ |( q" ]7 P& W' I1 z字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. $ ?9 E2 u3 c+ u4 l' \" [! B+ J
3. 指定算法和条件的计算
9 `2 ]# _" o4 f" O, b1 J在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
+ i# O1 b. X; L9 @+ v/ I指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: & F0 H4 c5 q J
(1) 文件名
* S* n) b l* V7 X* m' `7 U+ z(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单 / I# i9 s5 F1 r0 r. c& k" t
(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
, k; R ?9 ^$ u0 Y L9 A" C户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
/ B/ N! P( b: F有的结果.
7 U/ ]1 p+ x, v, g4 T(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. : o1 m6 K u$ s# T
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. n0 |' u: L. s: T2 Q# \
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. $ U1 Z3 z5 f. h# m4 s8 P
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: 8 t+ C) o4 v: \
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
! z, z3 g5 S9 l% g' c(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
% a$ R: {3 ?) g+ ?" _" ^键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. 5 g2 |0 s3 T. {* G- I7 W' `
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
9 @" ?$ m# v; ]2 q& F当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 + W5 Y. S$ O: q) k2 j
已算好, 按任一键开始自动计算. 0 M9 o% }7 l$ d
六. 计算结果的输出 3 E( ~ y6 y& ?% }2 n' I! p
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name
5 a, g. r3 |5 Y键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): - ^% _" M3 k* E/ O: w6 E0 C
1. 常规打印输出
* c& r0 _9 u( Z6 r& J* z: X$ w) Y2. 显示个体数据计算结果
; Q# Z2 ~; g, x& w% X3. 绘制相关图及散点图 " I( P8 g e# S$ O: L7 W
4. 打印输出文件清单 ) ?+ m2 ^: {1 C
5. 返回主菜单 ( b% y: P- F6 m) ~1 E
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 9 v% X, }7 Q, A; E3 i
单(PROUTINE PRINT OUT): # h$ I( H }) p) i! A* N
1. 打印标题文件 " i9 P" I- _- J" f$ J" o
2. 打印供选择模型用的计算结果 % p; E" e: G6 _: B
3. 打印批处理的结果 5 y! i, c0 Y. q9 t) w( M+ c
4. 打印用户指定计算的结果
2 r& Z c! Q0 `' y0 h5 F: v; O5. 打印个体数据的计算结果
8 t z& w+ _6 [; Z6. 打印统计矩的结果
9 ]; P: t% e N, b$ i* M; ?: u7. 返回输出菜单 2 N. r+ U4 Z* g3 R# K4 _: c" E% l* M
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. M" D0 x' a ~
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 % o' j. {$ \. u f& c
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. 1 C1 m1 B `3 F b
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: 9 W% t# l. S4 H" G b! `
加权残差平方和(WSS)
# o$ {9 P6 R0 a+ {7 [+ z5 Y! P/ M相关系数(R)
. C# i% |/ `- @0 _( `4 E确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
$ B! e. ^7 I. d/ o拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
$ H5 s+ p; j2 W; A9 k! I/ C度--时间数据点数, P 是参数个数] , _0 j4 r' o& c9 m- e7 v
最大绝对误差(MAE) # i4 h; V0 r0 v
最大相对误差(MRE) ; _# S" f" C; z% |0 ~* ?
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] 9 h) e+ t9 }1 ? r: _
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
& s& H0 R) `0 A. z: V! X& t的次数] + P; v+ [! Z# d3 a) C( }7 [% h
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
8 k& S: p# o2 ^0 i6 R果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 5 x- c% r% O6 O |3 J. W
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值
7 ]: q4 f/ l8 @* a! H9 g$ ^' D(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
0 U" i+ O9 q* p& s! B4 Z: I说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
2 k g; ~( x- {% mF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著 $ f1 ?/ P9 R' s0 [# H1 M
意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. 6 m( p' y/ g1 p2 K
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: 7 s% \8 u4 R: ~+ M# G. V
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
0 ^. r$ Z0 q9 f再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
, r, r. }4 X! l8 |& _/ i4 A大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, , C' p- g/ A( N$ V6 R" H
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 6 h4 c; x- H) H
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
$ {2 ]* A0 n2 d' p往往并非最小.
' X) I4 m) Z! Q7 I( B Y6 K: E' [1.2 批处理计算打印出的主要内容
$ y# T: L$ k# y在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. 9 q% |& m( C3 Z* o
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
4 V ^3 \& l( F6 ~(2) 一级参数表
C% q( z8 M2 Q& ?. ]- P* M; Q+ e(3) 二级参数表
- @' t7 C4 K9 N/ Z0 F一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. + c3 B4 D+ t3 \1 G
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
* ~- |) a) y7 K4 `* T1.3 用户指定计算打印出的主要内容 / [8 N% {( P b# t+ J( E1 M, v
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容: % E+ b: J* N+ s. l- v4 y* f
拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
! u1 J$ F: b" j2 J$ P或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上.
6 a5 Z, v) Z S7 r4 x- s" h1.4 个体数据计算的详细输出
* t5 J8 x9 _2 M2 B1 t+ ^( g7 X在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 7 b3 D5 o/ ^* E/ d9 j8 F! _- n
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: ! ^; L$ s$ n3 N9 ~
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 8 q; O7 R) {& S. f4 e' P
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
1 I' ?" I) N" {! C) N. m, C& |* ]! e计矩参数.
+ f9 D1 J6 I- H% E% ?/ N1.5 统计矩计算结果的输出 , F+ S) _: a+ {7 X$ p
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 # ^# t b" }: A( Z( R$ o2 i
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来. * F; p9 Q8 k) N! y) S5 Z
2. 个体数据计算结果显示
0 b- a u: j$ `+ F在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
! z7 k1 h8 S' i2 a3 a8 {: o: T始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
# }- x ?/ Q& j, `4 O6 l) K标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
/ I# Q- ^3 H1 i3 r5 @% Z; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
/ t! C0 D( L9 V6 a$ G t记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
. |$ i! r5 |2 S' {3. 绘制相关图及误差散点图 {; g2 N7 P# M, a6 E( j
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 8 ^/ n H6 D8 n# J Y- d
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
5 e: [; H5 c7 s+ r; S x7 r! y+ D些图形可供药代动力学分析和研究时参考. : y1 ~3 `* ^9 u
4. 打印输出文件内容清单
2 y; T/ k6 t7 M8 b2 `/ x# e在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
3 T! a5 b: Z( L0 f, L5 o4 V4 l录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
! j6 G9 | X' ^3 A, T4 a七. 用简化系统计算药代动力学参数 3 W# F! a$ \8 ~: w
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
& A$ _( b0 f4 H* z0 V, @8 A9 |数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
( j4 ^! X7 R& `有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- $ g5 C- A9 c* ]& s6 N
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
' d) B0 [/ r& [: U' j8 J% t敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
9 w3 \) u4 f% T5 e! p1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 0 Q# \8 i+ C9 _& d2 c! {8 \
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等. 5 ?4 [: P7 B5 I! U! s* [
2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系
o/ N7 \& Y8 h/ Z4 H, a数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
* b% X0 c8 M, i3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. ; q0 S$ o; X4 Z) a8 ^
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. i$ l( I2 n, ], W# L; }0 Y8 r
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 q j; H! h, k" Y1 n: H
和相对误差.
/ M! i( i8 a* v k2 a6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
. Y3 i6 l% h% I' n3 e5 I$ \7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解 0 x+ @9 b3 D; A1 C4 r. Y
权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 & w8 C6 f# S; g" s3 n4 U
的结果.
5 J. B/ |* C0 ?; X' k. w) Z' s; G
$ G, |8 r3 _! l9 I% P0 [MathType 5.2
3 O& `' W2 n0 U7 a5 o7 C4 }
5 ^+ {0 W/ W l9 a& K5 QMathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。5 Z; Y1 U9 p9 H/ k* x2 R- ~
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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