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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。
4 A0 H+ c" ?: Z# N' f& O4 h核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
5 W, x" p( b& L# U) H一、生物学常用网址:/ V- H" H Y9 U
" v( p( S M7 d2 \4 I5 E' C
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
$ t* t3 R! T$ @ pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html * c9 | g7 b, R0 ]$ {6 ?5 |! z
HighWire Press http://intl.highwire.org/ $ j$ S; u# V" G( X- U4 Q. s9 G: A
6 C& |/ `6 ~8 Y3 ~" q# ]$ T" X2 U Elsevier Science电子期刊
/ f+ [0 h2 W4 @; B, l8 n% o$ Z8 S, s+ Vhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/> : c4 o9 p/ w# s8 w, h
http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
/ S( ~. h: B7 f2 T- b- f science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
7 x% B B4 C; T q G 上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/ 1 J* Z2 A0 w2 B! k
中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html / F4 n7 H$ J( I/ V9 {
Cell杂志 http://www.cell.com/ $ e2 O a+ k! ]/ i0 ?
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
4 Z5 p' G; S: [: q/ I 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ + j) q9 q, t3 Q9 R5 x
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm g% E7 d G: z1 V7 i' K5 k( v
Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)! s2 h6 m4 I% |# A5 H
美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) & G9 H# V3 I' C( x
2 r; y% u1 V' {; h5 s( X f! k美国生物技术信息中心(NCBI)& q* I3 ?7 N9 I; H @( U
http://www.ncbi.nlm.nih.gov2 X$ X0 h% z( i$ v O$ r# `
核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 9 B, h$ ]5 h C4 }) W1 i' F
; p4 T* ?* i' o' h2 a7 f; D) r0 y+ E3 @$ ?. J5 v
蛋白质信息资源(PIR)6 h- Y4 R0 s" q3 m4 d; L6 g8 Y
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html8 S/ {8 J# x8 P9 R$ c) H9 o
' I0 T6 K" J+ {
8 N! R0 W( k Y" E3 F9 F/ M
蛋白质结构数据库(PDB)' ~! l k6 J( a* N# |& Y# Q4 f, h
http://www.rcsb.bnl.gov/
$ o9 I, k& I+ I; z. I" P. J! V1 z
* a4 o ?8 Y3 j$ }% QSander蛋白质二级结构数据库! r& M, ] G9 f
http://www.sander.embl-heidelberg.de/
& I/ b6 o- J% e. b8 M
) T; l' q% O8 g6 ]$ rSNP数据库 f: S3 }, M% g4 M4 ?9 Q( R# l2 u
数据库 数据库说明 网址
$ W5 |' \; A. z: E1 N5 d, s% b: eHapMap International HapMap
3 R: ?8 o; C8 W% E6 P4 Z$ XProject data http://www.hapmap.org/index.html.en
) n) s2 C( q- M0 mdbSNP Human Single Nucleotide
0 W* t0 [5 o$ m' Z! h G# N% ]Polymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/( ]( Z2 q& R9 |0 F; s( u. a
HMGD Human Gene Mutation
2 v9 \9 e! }! H1 c) ^1 q, F; vDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
% g/ Y! v# y7 `* X4 b/mg/hgmd0.html: H8 ?0 Y* F ?4 ^
JSNP A database of Japanese
5 A7 v: M" h1 ~2 x2 a4 wSingle Nucleotide Poly-, e' a/ p6 b7 h, c" Y9 v H
morphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/9 @+ o! y/ x1 W" ^/ Y. V: C
SVD Sequence Variation
9 A$ T0 k+ v% j4 WDatabase http://www.ebi.ac.uk/mutations/, w/ m; J7 x* \+ w. d4 q6 m8 I
HGVbase Human Genome1 X6 E- U3 g& L$ p3 b7 D1 @
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/% R, A+ M2 z* P' X g) D* q$ O; i
Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
/ h5 u- @: I9 G9 h3 j8 {GeneSNPs Environmental Genome
+ @! P; T4 C5 U' z, B- iProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
: G5 L3 E9 d+ Z( A/ N( u- M$ ]! L: j7 P! Z
1 P- r" K8 L; N$ V# Z7 o7 g( p尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。! r, o( i, s3 X
下面贴一个使用说明供新手参考。
. y ~0 j! U" i M2 v ^& a& C! Z7 v/ |1 k
"3p87"(新版)使用说明
$ Q- ~8 i! H! r: G* |
* ]1 E( ]3 S# `" h) n+ Z* p/ k4 d一. 基本要求
( [0 ^" S' R: K0 t/ M! T" m3 g9 L% m1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
+ [/ s4 ~/ E, l3 S2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
/ y8 S+ b8 B6 ?6 K+ i8 G" S二. 调用 3P87 程序前的准备工作 4 H: ?) R; i) x1 A, U1 `
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算.
. C8 X* m( A, g% K0 T6 A; X2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
2 E7 J, j+ I- [7 s三. 调用 3P87
9 D/ }' X; N" @4 s将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单: & X, h6 \4 `: P& Y6 V
主菜单
. h8 n0 j$ L# k$ I0 J1. 输入或修改数据 : s5 Z( T4 H4 t8 A) ~
2. 用主数据计算药代动力学参数 # U) }/ B4 |; }) y
3. 对多组数据进行批处理计算
0 v, Z0 g+ r h3 a, ^4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 ! H' o: a9 ]2 k
5. 输出计算结果 * r6 Z' `% x0 g, ?6 e! ]
6. 用简化系统计算药代动力学参数
* ~$ z, ~2 U+ a$ [9 W2 O6 e7. 药代动力学房室模型的图示和说明
! |$ F! g( x* @2 k& P1 d4 F8. 退出 3P87 程序 $ X+ Y5 R8 B" \
四. 输入或修改数据 $ U- P8 ^( N0 u6 i% a# L% _& l
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 6 k0 O. A" u0 U- @1 A4 l! L' | R
Please Execute a:inp 7 p$ ?2 M" |1 X: e
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
& e8 l1 G0 n0 s输入菜单 3 g8 B I' U5 g6 X! N
1. 输入数据 ! f# x+ H5 P5 k( w- L% X" M- l
2. 修改标题文件
" C) [0 h2 w0 q3. 修改浓度--时间数据
5 e, Q2 Y! T& ~4 p( B" K+ J( [4. 增添浓度--时间数据 # ]1 C! w' J, Y9 [
5. 删除浓度--时间数据 / v$ y* r @( ?% d1 ?" E/ T
6. 显示输入的数据
) C3 K3 q! \2 {+ T7. 打印输入的数据 ! _7 T% n/ V" n' ~
8. 返回主菜单
2 g5 [! W6 t6 ?: Z2 F1. 输入数据
2 h: C7 ]" ? U9 }. l& E1.1 建立标题文件
V! i, Q7 U( A7 W2 t0 n# |9 {在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: 8 n3 j( O; Z1 g4 `
1. 药名或文件名
. E; X E1 J# q1 a5 P6 M2. 实验对象
) x* x" L7 K0 l3. 研制单位
7 R6 q: _) \6 T( y* w' F( S4. 日期
+ \ g( ?. J: l5. 实验者
! Q2 @" X: v$ O4 P; r6. 计算者 6 o& N- N2 [% L6 T8 E
7. 测定灵敏度 ! O: j) n. g4 I' g
8. 浓度单位
, |5 E1 D$ K- H6 T2 h2 O) k9. 测定精密度(cv%) 9 q- [, ^) y! i6 h5 _' {
10. 时间单位
" M& u7 |3 L9 j5 i11. 给药剂量单位
- D0 s7 C7 y4 U* R9 }* u6 P用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
) ^% L6 z; T- w' K( U3 b0 j有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 * `6 [. e0 G1 d( f6 D/ t3 M
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
& I2 e/ N$ d8 D& P6 n) Q键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
- u7 n! J1 G, q- C改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
$ l; V* ?! [% X ]2 U) G1 B回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
) f; J( V* \/ o1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
( l& `& Y- `# Z0 \9 Y& k1. 静脉推注
7 W; `: D( |2 A/ M- S% z2. 静脉滴注
* |, e9 P8 u& x; u3. 非静脉给药
% X6 L* Z: [1 Z* @9 \- v用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. 6 K* D8 n7 p- k& S1 ~3 j
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 ! c' G5 l$ C0 Q% O- L
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
; c; W+ f) e1 [$ Y1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
8 [1 F4 V& `$ R用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
4 `+ m/ n5 }( |, p* @5 @# b, v全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
: R( ~4 U6 m( t" h$ R c必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.
' K( g7 E1 T( K6 R. e8 q
6 L5 \% U2 W7 r" G* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 ! y1 e$ A* H. M# X+ E. Y
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
6 a) z* H4 p9 H
7 Z5 ?2 D9 t' i+ e! L _1.5 输入浓度--时间数据
% J0 _# p+ {! R, F4 @先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
/ I8 l3 P1 d M# n1 _* \3 ]7 T内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按
1 L9 x: Z" t% P$ u主数据输入.
! |. X$ G5 X* h1 N& A在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
5 E, [) j& Y" v7 L) Y.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), 2 c; N1 D" K+ y; [" I
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 6 o6 O' B3 j5 O
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
! Z, B0 e& x: M' N1 x0 V输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
! `1 i7 V3 a: b0 c+ n& | g, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
; O3 u7 g {% w# s0 d+ o, 每修改完一项必须按回车键.
' W) P# I/ i. _) i/ \
5 ^) A) ?* a! J5 J. I# w) n* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 ' v: ~( }; @' q3 t0 h
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. F5 ?! u& M! @4 Y3 d) T
2 l9 B8 z. O5 Y+ s! Q2. 修改标题文件 : r, k: G% I8 v4 _0 [
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名), & P/ ~7 {* ~" ^% c: @: ^
键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
. v0 v; i2 A3 ~处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样. & [$ p7 i' x5 C4 ?' e$ D
3. 修改浓度--时间数据 $ ]! ^. J7 z/ Z$ q" Y n
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
; X; K; R) U8 z8 Ma No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
1 o5 T, X; g7 }% z: p& y修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 " ], |% {" @# [4 P' x9 i1 g: ^: u
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. E% t! n7 c) g4 s6 m! Y3 p
4. 增添浓度--时间数据 3 W* f( U, `4 F8 g3 {2 S, l
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
8 x" _- A2 b) p% e- T1. 增添新剂量组
6 Q- i* O6 @$ U6 B m4 p2. 在某剂量组内增添个体数据 $ I8 W' @2 g& Y# l1 b2 W
3. 返回输入菜单
4 B( E% a& M. M3 m# _: ^7 C按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
4 }* `& f( A+ q( |4.1 增添剂量组 ' Z y) L% A; b/ A6 z0 b
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 5 `- K# C; e4 g
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, & a$ q: f5 j( y1 w- m: z; [
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
! t/ t7 I% m' @( v) v1 t; g8 V2 W( B! W户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. 5 y" Q. f( q. o4 [( C
4.2 在剂量组内增添个体数据 1 v: O5 `- y( ^! ]
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
: c7 M6 R a4 x; Y G& N; h9 A新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 8 S; ~7 x" G0 ?# `
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同. % k1 T; U7 W" M; ~ y5 [
5. 删除浓度--时间数据 r2 t4 v' g. e: u/ F, P9 E/ K" Y) w
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
& t0 R: h" m6 b, P! _. Q" e: S6 I( v1. 删除一个剂量组的全部数据 ( ]6 E+ l. O# z6 o, s' ^- W! c
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
5 ~. Z/ p7 N- o5 k4 ?3. 返回输入菜单
. ]! E( A a5 b9 c8 x) m4 o( D. ^/ F按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. 2 g9 l; x2 _5 Q
5.1 删除一个剂量组的全部数据
' v* f* Y1 V3 d, ?1 s屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 ! ~9 A4 F- h. T- W
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will ! c) J, H7 s; o9 `
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数 7 j0 D7 ]+ d9 u3 g0 P7 N3 f
据, 并按新的结构重排一次数据. 2 b" ]- T9 V* \1 {+ I
5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
- v5 ~1 w# t* c; e O; i) n q根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 , p6 k% p! B7 _* M# g, u7 w/ k
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除.
h- z7 \7 H, }7 U# D8 _4 e
7 M8 L5 z% Z# F7 D5 q* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
4 H/ i9 p4 _" O# z0 [) h. Z: v, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 c+ k5 _- {+ |* D/ h& H/ T; s. \1 @
在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
9 c+ V* B& p3 z& b! ?
% X1 m6 r6 ]) d2 `6. 显示或打印输入文件 ! \) W0 j, Q- t. ` j$ a
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户 ) T: _" \+ Z/ i8 L0 M7 f1 ~
从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 6 Z {1 [' t* C% ]
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 - E [0 E6 q5 q) a* {0 O
调用有关记录.
: u# I9 B5 [7 h, [$ q- a% }9 @; J
五. 计算药代动力学参数 ) x% J0 T, O2 a3 T, ]. _& m+ E
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 + K/ h3 F& P b: l' y; p* t8 @7 X
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
: Y* v0 ?) m/ y- o要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 9 Y( }; Y2 ^ A* {1 {
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 7 e% K) c7 d% ~% T' Y6 k/ X. [
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
* H5 T: n0 \& M算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
J# }2 T+ }$ U& C5 i正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 1 _# h9 g* \5 S" U. T2 X* z- v
户可随时调用, 调用方法见后面六. / s: q6 n0 B. ]/ R* ^7 e
1. 用主数据进行计算
. l$ [0 `8 x3 K% H" \在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 + }5 | |8 A, P' c h I
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 3 e. n8 o6 d6 s8 C: D9 s2 Q
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
4 u3 }. a; ~, B: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
. z4 X& O) p3 V2 s$ R* h三种情况的结果: 一房室三种权重. 5 @' ~- H N5 R1 H
2. 批处理的计算 , O- m& R8 w1 q6 f; D
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
6 x; O9 N, e' }: k/ ^理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: & Y: }# `& o6 q2 F, H0 h3 k4 n1 N& r$ n
(1) 文件名
$ Z' w- c# E( s/ n4 K0 R+ @0 W4 z7 {(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 * |- S: O" j3 S6 n3 W8 }) g7 X
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1. * Q* O' S4 {) T
(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 " p2 u$ r$ I( o" V) t) i
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
9 _7 @* y- J m- l5 R3. 指定算法和条件的计算 # k' j! ~) ?0 v) G% E! |: Z$ t2 H8 k
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
4 P' N5 s# S) z2 O5 D7 X指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: - E( t3 r6 h* u" v+ x
(1) 文件名 % |: v: E5 L& q
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单 ; Z8 ^: g1 m; E1 m5 m0 T
(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 4 S" @. O7 I; E6 ]9 I6 a
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
3 n* c) K3 M) B! [( L有的结果. 8 `6 n" R$ z8 u4 X0 P# A" G, ]- N
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. ; d2 Z! y8 Q9 J" @/ }( f9 a x, o
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
7 w1 A: [8 i! `! n5 W. N3 W给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
- M2 S6 I$ d/ y" V, Z(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
8 d/ V$ P8 j0 C4 C& z' D+ n& f(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 / M9 r/ j; Y( v! p, Q% B
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
" p6 q4 J. W8 b3 Z. v键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
$ [9 i$ p; X: r$ {! t1 W+ ?(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
9 _8 c. \: E+ u1 h/ L- L当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
{' w. y; L$ z/ i" I已算好, 按任一键开始自动计算.
; G$ s) @9 A3 N' y- w六. 计算结果的输出 # v. U8 P. }0 X) O- i
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name ' J. I; D6 F: y7 S. a
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU):
" @: P: n) d. D0 Z: s7 p1. 常规打印输出
+ m) v8 ~, |! M( q7 R( { H Q2. 显示个体数据计算结果 - E8 U( C) q# W7 B( D9 p7 m9 y* K
3. 绘制相关图及散点图
4 J8 Y$ y; N+ @3 ^# G- y! C, u4. 打印输出文件清单 4 O; W$ J# r- U5 c- \! ?2 N* Q% g
5. 返回主菜单 / S6 l$ g8 p+ H4 _0 V+ ]1 F+ |+ j
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 + F1 w; _( f* B2 p5 S8 S! t0 N: F
单(PROUTINE PRINT OUT):
6 b9 N& B5 T6 I X9 q' @" l1. 打印标题文件 6 J' I7 Z8 a1 W- m( o% L
2. 打印供选择模型用的计算结果
) s; C" P+ V- M" X3. 打印批处理的结果
. l: L4 I6 U9 F C4. 打印用户指定计算的结果
5 k9 J* v F- ?0 q/ L6 H5. 打印个体数据的计算结果
, o9 P9 H8 P2 T5 @6. 打印统计矩的结果
/ P9 l; h% U j5 |; b$ \8 ^6 q7. 返回输出菜单 % \' M! @6 A; A' _' Q. i
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. , c/ o: u" E+ B( u+ B& P4 i9 G
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 3 t5 `, |- E/ m8 i
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
- k, j! a( k. V# x3 m, E& { ~, J+ D(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
8 F( J8 s ` f k: R( r加权残差平方和(WSS) * F6 z: D- b! H" ~. U) B
相关系数(R)
5 k! T2 P4 C6 A0 r3 P" O- P% }$ v( K确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] 8 t, ` W! O" V$ w! F/ i' x3 |- Q; [
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
/ A G$ p4 u r% j度--时间数据点数, P 是参数个数]
# z i2 }% B. a最大绝对误差(MAE)
t7 x4 Z0 L/ _' I/ _0 @9 a最大相对误差(MRE) ' ^# `& {$ {( H4 s- J
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
: t2 M+ e+ s) u* b/ ^2 o游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化 * O& v$ K0 y) _# n& d
的次数] 0 M8 A9 ^ p. d
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 - i" c- _% D' Z+ c9 p
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 - H6 W9 j7 j2 @: @8 q9 P* a
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 6 s! b( E' g* M* A) {% L5 [* i
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] + m( T% S% E& O3 `9 i
说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
% M( i( k( B8 d. L9 pF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著 0 ~3 ?) K0 D! ]2 {
意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
$ t; U1 [- K' f说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
! F+ b9 V; C/ j" O2 \" v& @; J首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, 8 \$ d9 W1 e2 I* y$ s. J
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最 8 x! [9 }' \; j) l9 R: a6 H+ |
大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
4 M4 Y7 p2 P0 g4 F$ |4 j6 x; y- ~权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
K2 b( A; f4 M) V6 h半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 # g3 V' |+ F( B+ j" b6 T7 f$ z% N
往往并非最小. 4 F/ ~( }9 F+ r+ R; C
1.2 批处理计算打印出的主要内容 4 ^' g6 g8 L& n; C
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
+ \$ z5 N4 m, J3 b @(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
: g3 U7 c( m* j+ m0 S) @(2) 一级参数表 4 u' J- H# {2 t- V+ W# |
(3) 二级参数表 0 C! H4 l* } U# z/ E
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. # q5 b: W: ?& X5 R& R9 X" [
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] : P/ O* q" E8 O( D6 \4 [4 ?; Y
1.3 用户指定计算打印出的主要内容 9 D. O# z: P6 `. V
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
! @* [, Q0 C, E拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, * k+ [- Z* h! s' G' l6 z
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. 9 Y: T4 k0 k% ~( o; ~6 F
1.4 个体数据计算的详细输出
' G: U( L, ^/ G; O' D" C在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 " _ G2 c; B9 Q# ~1 ]2 d
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: # Q( o% C) ]$ p
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 2 v$ o( G. ^4 ]; H0 |5 P
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 / c3 |% F. N2 ?& u' E, T5 d
计矩参数.
' V4 y* L" p2 q3 N/ ^. y, [1.5 统计矩计算结果的输出
! c7 I; \- B! b/ g+ \在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
1 `2 l* C2 o, v% [% n4 P8 ^. w, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
+ k; x. J ~0 \* Z% n, I" o; M2. 个体数据计算结果显示
: [- N6 h7 |/ ]7 }7 v$ \* n( A在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
$ A X* |: C0 S+ q9 \ n始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: 2 d. @# L( G6 F$ C2 s" u$ e7 R) L
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
$ q! Y$ l' b# D. C; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
, u( o/ t4 \0 T6 e记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. # Z, k; H4 q5 M, L5 n+ c* I, z
3. 绘制相关图及误差散点图 / {( M1 w. [- S. \# t' E
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 / L, F: a9 _7 u5 m4 `9 A# j
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
$ s" _! {9 S# D- h& U" d些图形可供药代动力学分析和研究时参考. G+ c0 m8 @" v* n6 X; [
4. 打印输出文件内容清单 ) h0 n6 L6 y6 R( k: Q# P. m
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 ' c5 j, G, o& }3 t2 Q8 e" S3 }; m
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. ( c% W6 \3 M& b. G
七. 用简化系统计算药代动力学参数 . ?. F$ P! m5 a9 d& C+ Q
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
- P# @$ N7 y( A' D7 [数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
& e, V. [/ }4 y! }2 x3 ^有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- + g: ]3 T. v( \5 |$ G4 ~
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 ' H' S9 g. L$ ^. _/ K- D, M/ w
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: / E; ?2 H7 v/ N" M& ]& \ A
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 , N5 Y/ D( ?9 q
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
: v/ G" u4 M( [. K6 ]/ x( Q2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 $ [" C6 c+ H9 P. q7 w" n
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
9 u, e+ g4 V) U0 d L3 q4 Z3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. % P9 M/ |+ Q8 @' s( N8 v9 ~
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
2 Y. u4 z! x& `* y, j( C5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 - y4 }4 x1 Y Y2 _2 b6 k
和相对误差.
: Q4 p7 v" @5 `% G3 t5 g6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
" @# f; G, \* n2 {6 P; x& w8 z7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解 5 j$ y8 x& x' a) K
权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应
% t. J5 A6 v; {, v的结果.
6 A }7 D3 P. F
' ]2 N4 y& v" H4 i7 |MathType 5.2 + \' A% V* s$ g3 ~1 Q1 ?/ i0 I
- g+ {6 i ]* T4 b) w1 G
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。
+ O W4 Y2 a l# X Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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