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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次，就不作介绍了。0 X8 R- M2 z+ E/ `0 u2 J8 f- Z
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具 6 N8 h+ V* C& Y" c- V" o5 F0 o1 l
一、生物学常用网址：
4 [0 ?$ p2 X( ~ t1 T! F" c }2 W% Z1 R1 ~
: r5 T% Z) B7 u- }4 L% Q CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
0 o" M; n1 X5 U8 G/ C. B4 T' i1 y2 n pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html % y) v9 W: H) s# a; p$ {1 h
HighWire Press http://intl.highwire.org/ 6 b1 o0 h# [1 z9 L! a7 y# F0 J
8 ~6 W& X" Q4 V8 Q. X. @. A5 s; t
Elsevier Science电子期刊
& u: y7 X q+ r `% A Qhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/>
/ b- I* p: q2 d$ b http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm / y* b4 a2 }/ K+ a* H
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ 3 v f7 P5 f6 r" F! y! {9 R1 @
上海生化所：http://www.sibc.ac.cn/ $ A* }+ n! e S! H9 I3 g& }
中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html + X" K0 R' g' J. M' h
Cell杂志 http://www.cell.com/ . K" Q, `4 ?8 z) {% B. ~0 d8 l+ R
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm 0 l! G: r/ r% Z" J
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
9 T, y! x h; {1 X5 ^& {% X 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm ) F7 W+ e2 Z( i1 N$ ]
Science期刊网址：http://www.sciencemag.org/ (免费）
q8 O8 b% q' M: E2 S+ y& i4 p 美国科学院院刊PNAS网址：http://www.pnas.org/(免费）
! D& N+ M# s6 z$ u. B7 `
; n$ ^7 y# {& b4 Z2 ?美国生物技术信息中心(NCBI)5 _- s$ Y3 l8 B4 |
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
8 c8 [9 e: P4 Y j核酸序列数据库主要有GenBank（www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/）、EMBL（http://www.ebi.ac.uk/embl/）和DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/） & }% T4 {0 S8 e3 u" B7 E& q
) ]" ~; ^% T* X) z0 Q
$ V' T3 ?0 c5 A8 N+ D* ]蛋白质信息资源(PIR)
$ ]+ ?& C: k8 f, N" `http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
L! k; G+ j$ U3 T, n6 \: H; i! H7 R2 a! o' a9 M
3 G/ K% B" H5 U/ x" W8 V' o( Y# }0 |
蛋白质结构数据库(PDB)
' a$ }) o y' O, ^7 d* k# x# lhttp://www.rcsb.bnl.gov/3 }! S: V {3 Y5 E9 ] Z
7 a: L8 U9 T1 `% O1 v6 ], Q* nSander蛋白质二级结构数据库1 q& X& H4 G0 `2 b
http://www.sander.embl-heidelberg.de/ [: l+ M0 [. y4 S3 @7 f. q
; D) S$ |# Q+ B) P3 W9 w3 s1 D% kSNP数据库! r5 k. o6 `2 o: X* R
数据库 数据库说明 网址
4 G% h+ ^- y; R7 J* wHapMap International HapMap
% P% x& p; {8 C9 ~Project data http://www.hapmap.org/index.html.en
- s6 X5 u n0 F# ~* q; t9 c) n: odbSNP Human Single Nucleotide
# n. ~3 s: T9 H$ iPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
6 {, I3 y/ D& t; o: q }1 V( z. |6 R! YHMGD Human Gene Mutation
) |5 V8 A# n8 m; o9 a0 \/ p2 KDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
1 F, u" G7 D5 R+ a, `9 Y) Y! B/mg/hgmd0.html/ j& [3 e e- n2 w. r3 |
JSNP A database of Japanese5 z5 ^( J7 {, A, J
Single Nucleotide Poly-
9 O/ M5 y7 P7 e S- Qmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/- n' G7 U p" y7 z, v1 o
SVD Sequence Variation
- m+ ~7 h' G" I0 @Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/2 y: g& j$ C1 c0 T# @7 F
HGVbase Human Genome
8 ` @- J |; e; F( H+ f' p: w- A) {Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/& Y! U& H/ j0 v; M: k
Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html0 d% O! }; m$ K8 L" O' _
GeneSNPs Environmental Genome$ q/ e" y! X: {+ w2 ]
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
- P1 O2 e: N7 `% q, e* S" k8 D c% `+ t' Z! Y7 m3 z _. N! C! d
" c+ ?, j1 [. v& G" N* p尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件，但好多人还在用。
( |; g) X6 I& Y; O7 S下面贴一个使用说明供新手参考。) Z# z6 j6 O' k \* _
1 h, y( J. B$ V2 @
"3p87"(新版)使用说明 3 h7 M, W1 `7 W8 U6 ?0 G) z" C
q& J# k" {3 U$ R! L一. 基本要求 5 y5 B9 ]6 E4 \" {" Z/ z* T& _/ B8 Q
1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
; a9 Y8 s0 a% `# ^) z2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
4 ~/ w( E( J; e二. 调用 3P87 程序前的准备工作
8 `* q/ a7 o) Y8 _; ~; W9 ^1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. 1 ~% Z/ p6 Q. w
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
* g: E* E1 ^& k3 _ z$ ?三. 调用 3P87 9 F$ d% [* R3 X) T2 U& }
将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单: ' l1 B: B4 K, R- |
主菜单
0 Y a& o, d4 V+ i9 W' R0 ~3 H! a& w1 O( v1. 输入或修改数据
9 L8 E0 p) u3 c' l2. 用主数据计算药代动力学参数 ! `$ X" g/ J) g* T( N( d( J
3. 对多组数据进行批处理计算 * I; G: ?5 d) S" J* W8 t
4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
8 z% ]$ n9 N- Y5 P8 e' V5. 输出计算结果
! a! H- z2 a+ V' F2 P6. 用简化系统计算药代动力学参数
2 k1 Q" N: G* p; m* ^7. 药代动力学房室模型的图示和说明
; o4 A( A0 @* P4 J) a8. 退出 3P87 程序
+ F4 ^5 h! n5 S6 C& ~9 V+ E# G四. 输入或修改数据 3 ` L! g7 m. C- H
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 ; t- g# _: S6 m- f) y# B% p
Please Execute a:inp ; J$ ^! P9 ~8 C* X: k
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: 0 I, J; t9 a1 O
输入菜单
$ O: _; ? S% a7 P2 g8 w$ `1. 输入数据 2 P5 `8 o! [8 e3 N: _- Z! |
2. 修改标题文件
* c9 S* R. k l* U; W3. 修改浓度--时间数据 0 s0 h4 R7 r; S- E$ \+ m# `3 [0 w
4. 增添浓度--时间数据
9 s! l# c+ G; m: h" P! ~& A5. 删除浓度--时间数据
: i! h% M R: Z4 ~' V! k/ Z' X6. 显示输入的数据
/ G$ x5 p8 M1 b) u7. 打印输入的数据 2 z2 a+ H' W* z8 }' x5 J1 i+ x
8. 返回主菜单 8 Y V4 v6 y2 [' X4 M1 z
1. 输入数据
& _, U$ [$ ^4 w: M! S1.1 建立标题文件
( H( f3 F% j8 d, \0 m3 r在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: - k5 L b6 y# R* u6 J& `% N7 y
1. 药名或文件名
: p) a; v4 S0 y& ~4 b5 C2. 实验对象 0 {# s/ I' z9 K% M- v
3. 研制单位 ) q+ ]1 n; p- L: i: r
4. 日期 8 A+ {- L4 g) Z
5. 实验者 % G# M/ G9 s- W$ I2 F8 z. S% K
6. 计算者
- E- q' F, F K6 j7 e7. 测定灵敏度
1 ^6 ]# v4 n! a( m U/ }8. 浓度单位
. w! N( M+ [; ^9. 测定精密度(cv%) 1 k$ n# J9 C7 f
10. 时间单位
" _, T2 N& C0 V6 K, ^9 C5 x11. 给药剂量单位 + y/ `' s. K G R, k! p
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
) B+ ?$ \/ T, @5 ^有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
- j5 c1 I. N! k输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车 4 O; F- B$ j' ]" c6 |( a
键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
/ R$ o6 S/ I5 B1 U f- b( t" ?改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
# B4 L* X2 D L" z7 a回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入. ! r) z# \7 W. i# U# q
1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 ! ?: C5 M4 ^: K4 f) L
1. 静脉推注
O5 N$ W: ~; z* s6 z2. 静脉滴注
$ k' m& d3 w, R6 E3. 非静脉给药
2 K7 y9 M1 o; t. A用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
2 z4 `; O1 S. Q+ u. I1 t1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 0 N4 W" v3 Q) H8 X# s5 Q2 M- `
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
1 M+ s y& a( A- h2 l- x A3 _; R1 m1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
% c0 U" a5 t p" {0 N7 b5 g用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
5 P1 N: u2 R M8 ?0 r全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
' f1 ^# J* u7 y& ~5 q7 d必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. : f" n! l+ j( z
7 X0 A6 [# g1 }0 W% l e2 |* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
, Z% _! z5 Y2 h后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
' {/ _ T8 C% W" ^; H5 {7 b" Q, H9 j7 i6 ~) j: h j
1.5 输入浓度--时间数据 9 A. z7 w& ~! \$ C4 ]1 j V
先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
8 w7 S/ f6 k5 ]" p内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 0 v/ o; a$ R ], e! r3 C) t
主数据输入. / D& k, E8 d, i; p
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No - R8 l3 {' d! ?& _) s
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
! B, ~' D: X8 `剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之.
2 [2 q5 V+ ^! }( V用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
R$ W5 K' ?8 F$ R# A9 H0 N输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
) j% F* c7 A, ]1 D# u/ Y, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
$ r$ q8 d/ o/ S' R* w, 每修改完一项必须按回车键.
* o8 d0 @& S+ t8 j8 C# k ]6 f* f/ |8 w3 r! T8 _* {
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
+ m) F) p- d* [字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
* T/ X' O4 {8 D1 W* P3 K5 D. {1 q: ^ x q
2. 修改标题文件 ) w+ z1 |) L$ Y
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
3 ]' _' V( G& N键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 ( g2 a' _$ {! I5 r
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
+ k( e6 a) _* _9 I5 D' J3. 修改浓度--时间数据 ; a6 k8 U" q! \% R/ ]9 m# x
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat ; S; M, a' y p A, j
a No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
7 P8 O' |& M6 J) ^7 G) V修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
( I# @8 A, t) u: ]项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. . P+ N; D: J) I2 ^, y( h9 Q
4. 增添浓度--时间数据
9 f; {8 Z$ Y2 k在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: 2 ?) T8 l! [( P6 W, U" o
1. 增添新剂量组
* ~* n Z4 k) R2 v1 _2. 在某剂量组内增添个体数据 . r( o3 f7 |5 M& r7 I% S
3. 返回输入菜单 " B1 |0 ?# h; r5 R5 x
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
) l" n( \0 \/ c4 ~ x* p' C4.1 增添剂量组
% g' h- O/ Y: B4 N8 A% M( G屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然
6 K% _9 M- @# t0 I' N( y0 y" {: @后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
' \" R0 r+ N# n- Q" b) V5 R5 g屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 8 j- u+ f/ ?# } t1 X/ m9 u
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. ) ~) ]0 z f" v# Z. _% o* P
4.2 在剂量组内增添个体数据 0 w. d% z( j" m1 Q4 V( s. G
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
/ n7 G g& K& D c$ _新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 + R; x% y1 Y- `8 [- y4 d' h0 y" n
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
; w: w* L' n6 u5. 删除浓度--时间数据
. ~* g3 D5 b' b+ U# v7 l# r" e: d在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
: g$ U- M6 ]7 [1. 删除一个剂量组的全部数据
% V$ l" I' o9 N" E2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
& `& ~- \" [) q% F! p& r+ S( P3. 返回输入菜单
) P. `% t! U8 m# ~. c按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. : A7 }; g( ?4 [& c1 y+ F, ?4 Z
5.1 删除一个剂量组的全部数据 " O" Q P/ \- u5 f- @
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量
3 a0 D& o; d3 n6 P- Q0 Y$ J% } D组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will ]2 [+ m" i* e4 v$ a# p/ Q1 W
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数 4 ]/ ^6 _0 ~; X$ M( F
据, 并按新的结构重排一次数据. 9 J% [# {! H6 p3 u
5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 3 Q# _& u2 m# j
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 4 t, i2 H7 g7 U; W7 j9 f, k
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. 6 P |4 n" T) N. e3 a
9 B A* n- {: _3 h: n; h
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数 + d) N+ l2 q8 B& T o+ L
, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
+ J; b, @" V T8 a# O) V0 d1 ?( R在此前, 应首先复制一份原文件作备用. ( v, h' Y) w* k( w% M
. j# I# E7 z! F
6. 显示或打印输入文件 8 `- l1 k9 e6 n, _) N5 q
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户 ) Y3 l" X. H* e; n9 f- U: H' C
从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 ' k* e! F9 @2 D
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 ! ^3 J$ T) J! j9 S: w+ d
调用有关记录.
. G9 Q5 c' F0 I5 q S e$ E' T" W4 f8 B2 Y% W" w" Z; k
五. 计算药代动力学参数 7 L5 J( G l& b1 {. t
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
1 r4 W8 J' Z" P) V1 w) ?* q) d计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
& @' e& K# ]# L要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
. z/ v; w6 Q: Q* f0 c7 c左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
" ~9 _. I- u, b$ }, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
[( m4 N& F6 y( L算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
' l" f& F4 q4 K8 t$ c$ u3 x; o正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
9 d" s* c5 k- ^* h" q3 [# _户可随时调用, 调用方法见后面六.
' O6 [( [- \$ ~: _% S# y* X& m* m1. 用主数据进行计算 4 f3 \* ]2 v9 X) g. [2 R" X
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 1 a) @* \6 k! Y
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
% ?4 T4 l! T( }7 r线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
7 s( @& h: {! @7 |) Z; N/ U: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出 ) x, m" [8 c9 @7 I( n9 @; w9 W
三种情况的结果: 一房室三种权重.
1 J& Y1 y: B' m/ |2. 批处理的计算
. H, ^& M3 [4 q! _5 c+ @, J) v/ l在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
$ g7 c& P8 O% w理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: / ^' U% H9 m9 W- N3 C6 B3 Y. V6 B
(1) 文件名
5 N1 _0 f' b6 E! y(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的
; r9 X7 }2 K7 r+ Y数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1. $ ~; Q# |2 w( y' S7 ~7 Y) d' H
(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 ' c+ W' A9 b+ d; k
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
/ `- \6 I5 t! p) M5 F7 q. u+ X5 W8 l3. 指定算法和条件的计算 ' W& x, e) H7 a P B' r. V
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
% O1 w$ h2 E# m/ j6 a% R指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
( L! |7 M- z' U8 c9 O(1) 文件名 3 S9 }. y( W* J" X1 t5 x2 t& h
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单 ) x0 h( [$ A* |" D7 R
(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
0 D( A5 p. o- V7 h( U5 {2 C5 ]3 |户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
: |: V( y9 _+ y" Z, F0 R5 d7 O$ V有的结果.
+ G' Q( D# S* @(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
5 Y! }% }* t8 C# u(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. ) l2 V+ l; t/ t- V
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. % e8 B- f, M& G3 t! b) U0 U
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: & D8 a m2 }8 c+ F# C- K9 R9 ?
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
( F. j2 {2 F0 e% e, B(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
6 C1 W1 g7 s3 o' g3 q! I+ _2 `键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
) s7 B- N Y f# U9 F6 `(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. 9 m) E' _3 H& J# ]
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
, c( q& U" |* g8 a已算好, 按任一键开始自动计算.
% u. [* }9 Z4 T$ k j4 A六. 计算结果的输出 4 @$ ?$ i5 ^9 b. n6 g7 G" M6 `
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name & W+ t' h& O3 B- o# G
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): * w8 }4 m/ p; A( u) o) I6 m
1. 常规打印输出 8 x. n0 ~: I8 [' [
2. 显示个体数据计算结果 8 c; w# E8 @* k; x
3. 绘制相关图及散点图
; S. Y. {% C2 x0 B2 ^2 _( E4. 打印输出文件清单 $ z! \& |5 @: ?5 x7 o+ W
5. 返回主菜单 , x6 @7 @9 b/ F- R" A, F
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜
4 n. z; W& L" Q0 x8 Z单(PROUTINE PRINT OUT): , u2 u3 T* l" O4 Y+ P6 z( m
1. 打印标题文件
/ q$ Z& `7 s, ?- w( N6 L" P2. 打印供选择模型用的计算结果
% I: u: ]. t Q2 F( K3. 打印批处理的结果 , [7 ]+ W- O/ l, c1 ]
4. 打印用户指定计算的结果
+ L0 N# q/ V$ h5. 打印个体数据的计算结果
" m6 p T8 c* d5 R6 E# N: W$ i6. 打印统计矩的结果 & }8 C- n0 c5 m5 V! y4 t0 I
7. 返回输出菜单 * C6 P' \8 c E) `. R$ b2 f6 ?
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作.
* N; {, g, M0 T$ r! W; ^4 ^' i! _1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
) c& D3 u1 |. \6 M8 S在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
5 w" T f- b( |5 _/ K9 ?(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: % h+ N/ D9 ?9 b5 ?7 \8 C
加权残差平方和(WSS) 2 G" e y/ B& D p; d
相关系数(R)
3 b. r1 h3 d+ }确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] & w" n/ Y8 k7 v0 y7 S( G
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 * g4 [. ~2 t+ S
度--时间数据点数, P 是参数个数]
4 X: h( ~% j; V0 N4 Q2 r/ Z9 N最大绝对误差(MAE)
+ i+ r2 _% J8 c& H: M) v最大相对误差(MRE) ; i6 n6 f: f, d! |, ^( R
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
0 D Z* J0 h* w1 Q游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
0 K3 s7 ~' P" m2 d' T( ]& u- a8 |的次数]
/ g7 H3 }9 ]0 m(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 0 E) I! i6 A ^( M5 i
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 D" u& |" u& n# k, W! y/ T, I
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 , O$ }* z d! M: ?/ b( c3 k$ T
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
$ n1 `. h8 Q+ T8 Z6 D说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
, Q$ E7 h; T' E6 w$ P1 @$ j3 P+ RF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
! B( Z/ N# P- C6 x U& W意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. / r$ o& K [! o$ |* Q
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: 6 f8 }1 `3 f4 p- q
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, $ ~, r+ D5 w4 o) A3 U. s
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
A$ c; }3 p6 X1 ^) O. ]大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, # @9 o6 S% C- A( H! l
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
' h, L0 C( \7 N# K半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 " {" h; o+ C( Y o
往往并非最小.
1 g6 X: D/ G" v, q1.2 批处理计算打印出的主要内容
9 _- f& T2 b6 Z; u在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. + U- U b. P2 _; F% o/ z. Z
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) 1 c2 ]* N9 ~4 ?
(2) 一级参数表 3 @6 }$ i9 s( b1 W& w3 T
(3) 二级参数表 * [/ M0 i# j! q8 t
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. 4 M6 M* F7 w- w# {, ~9 Z4 U: w
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] . e; [, ?9 u# ?: _/ [2 u: H
1.3 用户指定计算打印出的主要内容
% h* g9 P/ X0 a2 F+ C! h; d在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
" P2 N/ W6 S" b; n; w2 Q4 y拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, ; B6 ^4 l* S5 F& E2 S' K. r
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. # @7 I& K, e) F
1.4 个体数据计算的详细输出
. l( r; D" V# q+ a. l5 e在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
" f7 Y2 K- X6 X' d键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: ; o" F. p0 a% x. W
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 ; e( J, l+ q# [
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 ; a; c1 o% p: Y& e2 s1 |8 A) V% A
计矩参数.
6 x7 V& z6 s" n% D& F9 J/ U" @* x1.5 统计矩计算结果的输出 2 W( h1 y" @. }$ B3 _
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
- i, }& z9 x+ |; X+ q; o, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来. 6 ^+ D* W5 \1 L$ T$ A
2. 个体数据计算结果显示 ( I: L6 j. s9 g$ p: Z6 ]1 q1 X
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
; J q" H! G% b" C* u( f+ C6 I( R始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
% h, t* @9 `7 s5 r( o( Q9 r) }标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
# Q$ l1 `- [* m- U9 P0 \ F; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 6 J1 t2 }3 ?7 Q
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
; n1 h4 B) ?7 N, H. [' [3. 绘制相关图及误差散点图 , S( u4 {- v1 s1 x2 Z( v& L
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
5 J1 ^; _9 c% k* H- M观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
" H& M( i8 Y7 w/ }5 z: W些图形可供药代动力学分析和研究时参考. ; S: }5 w( L+ V( D: E
4. 打印输出文件内容清单
9 T& S# M6 I5 e( }. P在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 1 B$ c8 D) Q# H1 F( I5 r# e4 i
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
" y& y9 v! ^% G! h p+ O七. 用简化系统计算药代动力学参数
5 O. R3 ~6 E, U2 c9 j) p, Y简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入 ( a1 u5 q- y5 [ \
数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 6 d' k/ T7 w$ o! x6 _3 ^
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- % k/ s G) S |7 o$ w# u
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 : a. Y Y5 X) U) G M
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: 7 _! Z# A# W" Z
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 + O) F6 L( R- B# X k
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等. ) N. m8 J2 i0 A
2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 2 e- f( Z- p' l2 E
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
9 {4 y! b3 T s3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. ; l% j. O. v3 ~+ r% W: j
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. . V/ h! E* G& V6 N3 }
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 7 X( ^7 A4 g# i/ M
和相对误差. 9 g! H: r2 s6 H
6. C--T 图和 LN(C)--T 图. 5 b% f( o9 P/ w2 V) b8 K' r
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
3 q" N# W6 P9 ?( ~4 w$ Z9 A权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应
6 ?% C3 \, Z3 C6 Q& X( V的结果.9 S; L5 R3 L: F* l
( q9 g4 l t5 ~; X& ^
MathType 5.2
( W; u# [3 {/ X0 F3 E1 M e
' m% K* A8 a b* D+ a' M& MMathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器，与常见的文字处理软件和演示程序配合使用，能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合，支持 OLE (对象的链接与嵌入)，可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" )，帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持，这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式，它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式，可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可)，也可以很方便地修改模板。总之，功能多多，熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面，是您编辑数学资料的得力工具。# v% T0 ~. U$ \0 \; p" k& o
Mathtype 5.2 提供以下功能：①、直观易用、所见所得的用户界面，与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式，适合各种复杂的公式，支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX，以及国际标准 MathML，并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等)，也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体，数百种公式符号和模版，涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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狗仔卡
发表于 2006-8-19 11:42:03
提升卡
置顶卡
沉默卡
喧嚣卡
变色卡
显身卡
发表于 2016-3-17 14:59:45
