|
|
楼主 |
发表于 2006-8-19 17:15:18
|
显示全部楼层
一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次，就不作介绍了。
# i' w+ M) L. L% L) d: Q6 \, m. f核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具 & L: q8 T4 \4 d6 W1 s2 Q# j( W
一、生物学常用网址：
5 t$ F Z& h3 `" f. M6 p 6 j% H% U# T% _8 f* h% Z
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin 4 D- Q; u4 G0 ^5 T" b9 ^
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
3 |# C% m" r/ u, o( ~2 I HighWire Press http://intl.highwire.org/ / }% O0 [2 D+ z: B) K% z o# V
# U1 l' ^! j* b! z. ^
Elsevier Science电子期刊 ; o* h, Y3 c2 S
http://www.ddbj.nig.ac.jp/>
% |3 u, _" ^% D: H; W& }( y' X http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm 2 Y7 T0 Q; i; F+ ?: O) o7 A
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ ( X8 Q5 `0 R$ @$ a6 _( ^& J
上海生化所：http://www.sibc.ac.cn/ 5 l2 Z/ P& N$ m1 l. _: R, v
中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
5 v c( R+ ?; Q7 ~6 T8 [ Cell杂志 http://www.cell.com/ # K/ ?9 u8 s6 Q0 P/ ^3 e# S
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm 8 e1 v3 [! F; Q* }3 T
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
9 r" t8 ?' f& ?, ]6 y& l 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm - X# O- a# _ L+ x' w& k0 |
Science期刊网址：http://www.sciencemag.org/ (免费）1 {8 W' b, l. R5 L' r; Q
美国科学院院刊PNAS网址：http://www.pnas.org/(免费）
( K0 H4 B2 l7 {' N: c: M
% K# ?: q x8 u" n! ~0 M3 D美国生物技术信息中心(NCBI)
0 Z2 t* v W- a1 Zhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/ k$ j& h7 \9 x" O
核酸序列数据库主要有GenBank（www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/）、EMBL（http://www.ebi.ac.uk/embl/）和DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/）
6 |* u4 T* ^4 F6 X: P# r- c3 P3 M" w* u8 U9 H$ h2 e
2 F; ^6 t# R- K. H7 h1 u" M1 \
蛋白质信息资源(PIR)
+ X4 u1 l/ F8 h' L9 l: ~; c% Ahttp://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
2 D6 ~% Q" n* ~% |: _
' p) E& U5 E9 E Q, h) O9 y8 N& `+ v4 ^ k
蛋白质结构数据库(PDB)
8 Y" I6 y+ b, G& R0 G" l& phttp://www.rcsb.bnl.gov/- r3 F4 `$ n4 R9 c1 F& F
' Y m# L" V! n
Sander蛋白质二级结构数据库4 [7 G& s$ y1 d! Q
http://www.sander.embl-heidelberg.de/1 d: F+ K: A7 o* m+ ^2 f
" }- j# D, n. S- R; ~SNP数据库
% Z( D# A- v P+ m% ]2 ?数据库 数据库说明 网址+ C: H7 d) N5 h; |2 m0 A* @. I/ N
HapMap International HapMap" Y8 ~4 D, h9 [: ]9 g+ _6 u
Project data http://www.hapmap.org/index.html.en
$ p$ j9 c- ?, W( Q# \9 S7 [dbSNP Human Single Nucleotide
4 B$ T0 |7 S( M3 Q. m& HPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) {4 [/ c* U, W' D* N' |$ o
HMGD Human Gene Mutation
! A0 _8 h5 Y5 C1 t3 `Database http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm0 |5 A, e7 @6 C4 z
/mg/hgmd0.html. k5 q% _, x d* J7 L: V" ]
JSNP A database of Japanese8 E+ M. D1 f8 j4 H& {
Single Nucleotide Poly-
! S- v2 W4 z! n: P9 O7 u/ Nmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
6 P" B% Z X# u( d) W$ B. QSVD Sequence Variation% ]5 Q# t- x- b4 R! {
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
3 t7 W ^% N6 [2 k) q; G0 m* gHGVbase Human Genome: G3 C' F# Z$ R- u
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
5 G8 D" o6 A3 N2 H8 y/ vHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
7 ^) F; Y9 s* ^9 z7 @+ a5 NGeneSNPs Environmental Genome7 I$ L+ G& o( \ F% g
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
/ p( E$ F# f7 b+ J [6 @% U& \
% |) T! ?/ _# N" u; b; W6 U: f' Y$ X4 h6 T# Y! N4 u9 c, K
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件，但好多人还在用。6 m6 g9 }0 R6 X/ q" q! V
下面贴一个使用说明供新手参考。
+ w7 q. E# O6 o
' L3 i5 ^/ u& K; z/ ~8 N1 A"3p87"(新版)使用说明
. L n3 E3 ~- l- {( I2 k+ y5 h) p' v( z/ K
一. 基本要求
% z- X3 a" l" X& k1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
( z. t8 l' b: c7 n$ g4 T) k; @' M2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
' d% h; H' h) a7 o6 u1 N二. 调用 3P87 程序前的准备工作 " T2 ?$ V5 X; O& Z2 {
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. * o6 e1 T; U. W8 R
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
) N, G! R, p% |) G2 b三. 调用 3P87 ' }4 M9 ^; M d3 [0 f
将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
+ ?! w( x# f8 b' R主菜单
9 f x K2 G+ ?1. 输入或修改数据
' i6 B; M& G' R+ U$ E2. 用主数据计算药代动力学参数
; q0 w. r6 d3 ^6 u1 U* v3. 对多组数据进行批处理计算
5 i2 R' X( g$ _8 J4 M( R4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数 ) p% H$ j0 D5 k- l: }" h" p* a
5. 输出计算结果
3 g% b; M1 L4 H6. 用简化系统计算药代动力学参数
* t: X8 G8 Y7 O; s9 Q7. 药代动力学房室模型的图示和说明 % i8 g' F+ V8 m
8. 退出 3P87 程序
1 d) F8 c# E- |/ O2 m- z四. 输入或修改数据 / b- m: _+ x/ P' d- U! `
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 : u2 q8 {3 k% \ K( z* L K
Please Execute a:inp
`# P. I) T m键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
) g1 Z+ G8 U! M* ^2 |, O输入菜单
+ t9 q* H6 p9 Q; o5 w- \6 z% u8 {! W1. 输入数据
* u3 v5 A# t- y! _2. 修改标题文件
+ u, _- V2 y/ m: g! y6 G0 C5 T3. 修改浓度--时间数据
4 b m& Z$ o0 {3 b4. 增添浓度--时间数据 . k& J4 }' X4 `) _
5. 删除浓度--时间数据 ! J8 \, `! {" d8 m5 c, r
6. 显示输入的数据 1 W9 a c5 v- @( ^5 k& S( }
7. 打印输入的数据
+ A# G0 e) L5 K# W& x1 m# c8. 返回主菜单 - _" |0 l6 c4 G. ] i1 ]) B
1. 输入数据 ! k* |: H) d( Y
1.1 建立标题文件
: k( t- {7 B+ s& C, P1 d' p在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: 1 M4 n5 T: O! `! b8 U5 q9 e. I
1. 药名或文件名 # Q) |+ [- P1 m( s; @; Y
2. 实验对象 7 ]. I- z. [$ ~0 _7 x' W' o0 q
3. 研制单位 2 L5 P" E" @( v
4. 日期 - c$ ^, v5 S, `5 I6 H- }
5. 实验者 3 Y- Q- k) X6 m5 \! v
6. 计算者
9 A# K* J8 e9 t8 e6 _+ P- l; Y2 a* S7. 测定灵敏度
$ i: q4 Y6 _- I% ?1 ?( h8. 浓度单位 8 `) F4 a# m2 z# a- x% u
9. 测定精密度(cv%) ! G: q, q8 i7 e/ ^/ `! \
10. 时间单位
8 y( ^; T w5 f ~7 R0 S: z11. 给药剂量单位 # g- s, R( c+ d
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算
# n, Y. Y8 t( g0 v z有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 ( U+ u; ^$ a' E+ r" H p
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
9 r" L/ k* r, y2 r1 C# X% @键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
) @: {% l4 x7 R' ]$ j7 j改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
' ^7 w1 _) d1 y8 k3 d; _9 M回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入. $ l3 Z1 f0 ~. g2 ^0 I
1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 ) [ S5 u5 C# t4 h
1. 静脉推注
/ \% @, k: ]/ A6 O; o% R/ |2. 静脉滴注
7 X# I7 J% q& y& N7 F# L$ {3. 非静脉给药
{- t6 q8 @+ C3 S" t2 j8 D用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. ' m4 I- Q7 f3 Y$ B
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 : W7 v* Q" U6 D
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. $ w: ~) F3 |- `0 `
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
8 ] U1 _2 Q4 ?+ k用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
! b! a4 I E/ E6 k0 M全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项
% z0 O% u5 N* D+ i, b2 ]必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. 1 H" d. C; h# h& q5 d
0 a* e5 U0 y1 ^ H" D* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
& N# M$ n6 S4 |; |" R8 q后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
6 Y: D2 |0 T5 n! g+ }# Z" _2 E
* S# _/ V5 ^- C" G4 l- v1.5 输入浓度--时间数据
. d9 i% [ V3 {# P先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 ( N: n- H5 c8 ?+ |0 ~; s4 |
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 0 u( c: s) }+ o0 q
主数据输入.
3 H4 r, d, p# A4 x在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No $ K& M* W. \8 `: \9 ^ |( c
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
" W. F4 m, n9 b* W剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 0 Y0 `- y9 A! a% M7 S
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 . m4 Q% C8 w8 E" h
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 / f7 @2 D1 q; S+ Q$ X" A* U9 g
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
1 P7 X [4 ^! \( Y3 | T, 每修改完一项必须按回车键.
# f* F- [# \& u, E7 F$ @1 R+ X/ P
2 W6 t% N8 M; V9 B& o( g* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 , ]6 j5 i3 e$ d+ J' j1 p; a. u+ c
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
, |# ] ~" e& p$ `4 Q: o# f4 [8 s! F; Y1 ] C; m% |
2. 修改标题文件 0 x6 N% J! C x$ R5 f% N
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
+ y9 t8 b4 y! X$ o3 X4 z键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
$ e q# O: ^5 r/ c处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
d' P. [2 X1 ~6 r3. 修改浓度--时间数据
0 k2 z! A1 H- V; f% r# `在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
1 B+ I- ~; S. w* [8 ?' [- R) Z: ea No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要 : T3 }# b! q, A! k9 ?
修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 ; W" [0 |& v3 S1 d# a. x: i
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. " u6 Y5 @8 \! a# m! P* y1 z p- `5 A
4. 增添浓度--时间数据
8 W4 B: ?+ b8 z. d% b2 Y在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: 7 G2 S/ M1 s1 ^& C+ o( u2 ?5 j
1. 增添新剂量组
+ ^8 c' V% ^, R% g( I k2. 在某剂量组内增添个体数据 ' v$ G g5 b% |& [" ^+ Y
3. 返回输入菜单
`, [. D' `, f; p8 q* o* z$ F5 H0 Z按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
% W: P) o- q" @. u( h9 x# w1 ^4.1 增添剂量组
( s1 a$ A D- E' o0 [# ^/ g3 W屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 5 E1 Z% n$ K/ ]) R
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, & s b* Y n- `& \# H: u: s+ {
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
+ _6 ^, w5 `, r5 G2 d/ p* q& s户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样.
( ]8 Z- F* I7 N- W4.2 在剂量组内增添个体数据
8 s! E% C6 H. P% _根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
4 d8 x* Z( b- x' H% {! E新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
. g$ ` R& Q* Z3 `* G! `4 w度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
' O2 l/ _$ V: ]. X* m! D5. 删除浓度--时间数据
, I! u/ ~3 u K8 ~) f$ M在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: 8 ` f$ [, \3 K" i! q
1. 删除一个剂量组的全部数据 - V: P$ S. `! j1 U$ S3 \
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
& \. M2 [: b4 b6 g" ]7 E& T% L; H3. 返回输入菜单
7 X/ n' s+ E' {% {0 V/ D h4 Q+ P按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
' Z% ~4 e3 O7 {" I4 g% G) R5.1 删除一个剂量组的全部数据
5 ^ R# o- g6 e% v2 N9 C屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 : C) J( g) y9 @1 M. |8 \1 h6 l, n6 K
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will
* |1 S" c/ {7 {4 O" ibe Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
( [! Y' L1 }2 P9 D+ S, |2 L9 V据, 并按新的结构重排一次数据.
7 `8 F% M2 j% h" C5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
( B; p, h* w' f4 k# Y. W! W: c* b根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 $ }0 l% J% d" R+ F/ Q7 j9 }
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除.
/ @# [4 x' E3 k0 @, f
$ i/ F0 ~2 \. k0 Q& Y, J) z" a8 J* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
9 ?4 Z" `% k! o# G- f9 o, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 / R0 ^% @6 P& d/ C" i9 f0 ?' x6 C
在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
' ?2 E3 M9 @: l, N0 h/ h4 _7 `1 q" S1 `2 W1 W/ a
6. 显示或打印输入文件 ; W0 K& c& x* @0 g7 a+ [7 u/ l
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
/ ]8 Q# I7 V/ A' [4 Y从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 6 z+ \- y& z% _, |5 h* u5 v
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 ( t- M3 O6 B' v. R3 U3 J" M% v
调用有关记录.
6 m3 V, f0 L2 T. Z
J6 d% w: J7 w( V五. 计算药代动力学参数
4 h/ [' T/ O( N1 y在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
2 z* Q) a( H9 g5 ?计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后 9 ^% x5 @& h& {# ?+ m5 E7 T
要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 ( E% E4 j+ f/ B" }2 P! P( _% M
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
1 k' ?7 Q# ^3 [9 J3 [& z+ \, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
$ ?% a/ } _( V7 d+ |/ \$ E+ s算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
+ W3 n0 `3 B% u* u6 V# K8 v正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
: @" K) {" K: J0 A: C K7 X户可随时调用, 调用方法见后面六. 6 n, k4 U0 u- F& X5 r/ j) Q
1. 用主数据进行计算
9 R; s: S: ~/ b% t7 S* ?3 Y5 o在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
3 w" Y; s9 _% ~算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 ; K; k2 }, G: m9 ]# S- ?0 ]
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果 7 C1 l" t- U$ W) Y, v
: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
& c- F6 m* Q4 c3 U3 }" v三种情况的结果: 一房室三种权重.
1 j1 B0 s5 M2 A: V5 f* m2. 批处理的计算
3 u) n4 i; I x, j! u在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
3 y, _9 g6 ?' m% L5 W% I/ w2 J理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: * e; i5 h. b! h9 s
(1) 文件名
! C0 }+ H6 k: y* D(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 + k2 N- {2 J$ U- N( E
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
I; X- S4 ?$ s% r& f- y) C(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 * ]# e* i( L& A* H
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. - l: y7 _6 f9 `
3. 指定算法和条件的计算 % z, C, E# K* K# ?* Z& r/ \
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"( 2 _" [8 h$ }% v- I; M+ n I
指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
6 d2 G- V4 o5 B" `(1) 文件名
2 p n# A! q/ J7 @& G(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
$ O" _9 Y W: H1 ~3 w+ V(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用
7 Q! A7 F1 x& @1 t% c户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
3 }5 `% T6 B5 a3 C, a有的结果. $ X* a, s1 Q& c, k5 w- L: B4 O
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. ' B1 F# O, E) q2 S
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
# t' J! z& q7 b$ R4 f* _给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. 7 c0 ~" b* x+ L( ^; Q
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
$ h$ W. ~, u; s5 p# g8 G(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
) h8 C) m4 i8 y# v3 l(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数, % e8 U+ m& S8 u6 a. c8 K( q
键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. * i/ W0 Y$ V8 @5 M. p) [
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. 9 p5 z4 {9 R8 }, l: \4 i6 M
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值 * b! I' V- V) x) D4 T; T
已算好, 按任一键开始自动计算.
) E- G7 c5 `5 c- A) [六. 计算结果的输出 4 t7 `# y3 h N
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name ! F& G! I; p& `" w- b7 f1 I1 c
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): ; B2 M+ u& g. E4 c' z8 q# j
1. 常规打印输出
3 |, v# r/ @( s' p2. 显示个体数据计算结果
* D" H! \, i9 o7 T! ~3. 绘制相关图及散点图
9 v$ S o. F+ H5 E/ A4. 打印输出文件清单
. q) g2 f2 i5 {2 |5. 返回主菜单
: l! Q8 e; J- F) T1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜
! ]% K" f+ K, G7 i) d( E% X2 D单(PROUTINE PRINT OUT): 2 H) z! D n8 ?1 U% p3 z% y" y# m( r
1. 打印标题文件
5 H2 u) I* Y* `5 I5 O; \" ^2. 打印供选择模型用的计算结果
, Q7 a# f. N3 h& B6 |3. 打印批处理的结果 3 q2 U, p) y1 k
4. 打印用户指定计算的结果 : G7 m/ p/ ~; g4 `; J4 E
5. 打印个体数据的计算结果
8 ^) w- a" \% z7 p$ ^. \- X- g7 u- @6. 打印统计矩的结果
4 Z: Q c& I2 h# F* u; m7. 返回输出菜单
$ Z) a% R, y" d$ j) x在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. N9 f0 q& u( K4 J& ?
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明 ; G9 {3 n4 x3 r: C- J$ i) f( E
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. 2 K; s8 ^; @! t
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: # J+ R' Y" J: o5 V; u- w& K
加权残差平方和(WSS) 1 g+ X' c" Y# e& C
相关系数(R)
2 u8 i8 g& T# x/ y, A! B) Y确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
3 |; F/ f N' v0 L9 m- k6 h拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 # c6 ?: a" X: T
度--时间数据点数, P 是参数个数]
- }) Z3 Z" f3 A! H( }7 k4 L最大绝对误差(MAE) 0 Z# b! t3 c7 ?" J1 |. M
最大相对误差(MRE) : R. w F* w+ X% E. W
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
. z3 \" C! @ j. v, L9 k游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化 ) t! Z8 F& ]+ C F% @' M
的次数]
# B. j$ @7 F/ O" y1 ^(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结
9 q9 o- \* d0 v2 ?& Y N0 d4 i果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
4 j; A# B$ A! w3 n& Y, c6 S- U& M(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 0 q8 E: _- Q2 D, t& f
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
- U0 R' k- }8 f8 g说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 : l6 N' ]% p( c3 Q7 m: d! Z
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
- ]! O. Q+ T, p1 \% T6 [# f. }意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜.
) C4 S( F3 z+ J0 L# g) q8 x# k6 u% e, y$ }说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: % _+ `8 \" l; i
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
5 t0 R" y6 T% u6 Z再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
+ v! A: J5 I d) ?& s$ K" X* i大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
, i- e& ?% F m6 |+ W: e. _) F权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 y% G- v5 Z, B
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
2 B! |) k8 @% A' ]/ y5 p7 U往往并非最小. 3 b+ H$ p& l7 [! ^: M
1.2 批处理计算打印出的主要内容 & R5 y3 `# L4 B. a/ O
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. : k! a/ _6 `1 M5 j" a/ g/ K1 Z$ s) _" Q
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
3 {% K0 _( I( n& o(2) 一级参数表 . f) l4 @3 h# ~
(3) 二级参数表 / }9 x) t' `& h& [5 e7 Y3 y! p
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. 7 M8 Y- d5 |) P
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] " w& e3 P6 J s% R
1.3 用户指定计算打印出的主要内容
! S5 r" A4 F( x$ t K) }1 |在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容: : }* x% _ n. ^+ u9 ~! J
拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
4 o& X* F0 Z" c; g4 u& r, u Y或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. 8 }/ j" {0 C$ L$ r4 R N/ z
1.4 个体数据计算的详细输出
, b$ T! a6 j$ w/ @ G' E0 m& ^% F在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
8 T) M+ }# o% Q) S+ j键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: % f* s% V, u- A4 }) i9 V. g2 [
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 9 Q/ }) U& B6 ^/ c8 q, G! L, G
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
6 H- ~% D$ j8 I i. U& Y. v. r计矩参数.
2 T! H( N" ]( o9 ^. O1.5 统计矩计算结果的输出 / {/ [& x [1 G9 Y
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
0 R. z. ^4 W2 u! C/ Z/ n4 z% h* H, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来. 4 D0 T# T4 F! c; X! Y
2. 个体数据计算结果显示
! k; @! l; v& n& A. p( h8 }( @在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起 $ n8 Z) E2 W9 D# J6 N" Z @# k
始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
# V; S4 w1 A4 c* q7 E标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数 ' F1 h! H4 i6 A: l, Y" e4 \, w
; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 ' Q5 Y( [+ a# V- t+ T U7 T
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
& q8 B' O+ E1 u) B; `& E/ T" p" i3. 绘制相关图及误差散点图 5 f6 E1 o4 O K* d# B
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 $ ^, C- F b, Q- ?0 Y- F7 [2 g$ g
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
; |0 `9 y" S# h1 d+ v% }7 X些图形可供药代动力学分析和研究时参考. : d) S* F, h& J$ z% s. l* o# _
4. 打印输出文件内容清单
" e8 N, K9 | v( V: h# O n在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
! u' X7 i$ ]7 b. r6 z录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
3 \6 M: k- Z2 l七. 用简化系统计算药代动力学参数 ( ?7 B# O& c# t; U9 ^
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入 7 g( ?" H% t8 b+ m O8 R# k' d
数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
* X* B: M# y1 X5 N7 ~有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
, @9 L- a' c" _+ k! X时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 $ w6 T7 ? j/ e' ?2 F
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
6 p+ V8 w0 ?+ m7 M Y9 y$ O/ N: X1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 / a( q- ? g' B5 V
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等. * P3 w% z7 D3 Y! w5 S
2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 " b- ^' Z* i9 D, U4 Q$ {" J
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等.
4 H4 K5 W! {9 Y* k( e6 t# {3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考. . U3 i3 d4 c. C: L/ K: |
4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. 1 p% ~' f! @. H2 i
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
5 n- M( M& s' ?; [+ @和相对误差. 0 w# j/ r5 X$ x N4 I8 S
6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
( G) h$ |3 Q+ \& G* z7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
; V4 r. k1 O6 b) o' Y+ c+ O/ r; d权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 0 ]2 x5 }( {$ L
的结果. n& i/ ?* G" t* n! B
- f: @6 d; v8 ~; \$ j- j
MathType 5.2
2 m5 C* t# a Y U- M
- G7 h) s) Q5 N2 I& BMathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器，与常见的文字处理软件和演示程序配合使用，能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合，支持 OLE (对象的链接与嵌入)，可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" )，帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持，这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式，它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式，可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可)，也可以很方便地修改模板。总之，功能多多，熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面，是您编辑数学资料的得力工具。- z, a1 S# T+ P4 E5 y
Mathtype 5.2 提供以下功能：①、直观易用、所见所得的用户界面，与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式，适合各种复杂的公式，支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX，以及国际标准 MathML，并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等)，也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体，数百种公式符号和模版，涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
|
赣公网安备36040302000210号 )|网站地图
狗仔卡
发表于 2006-8-19 11:42:03
提升卡
置顶卡
沉默卡
喧嚣卡
变色卡
显身卡
发表于 2016-3-17 14:59:45
