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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次，就不作介绍了。
5 R7 m: i/ m, u/ }核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
# t5 W! b6 V2 j- Q9 k一、生物学常用网址：/ s( }+ {# x& W0 t. s( z
' `5 _6 w, W4 {0 o3 Q' v
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
( E8 c) i; H! m; M pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
/ p* n- M! ^1 h- E5 E HighWire Press http://intl.highwire.org/
, D2 y$ v0 P8 l5 H+ z" B; [5 c* q7 U
Elsevier Science电子期刊
2 M+ L8 s: A0 F G. x; D" j5 Ghttp://www.ddbj.nig.ac.jp/>
, o* q+ M5 u+ q3 p: y1 \& i% g4 h" a http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm * D7 M; `. o9 ?' T# i2 s+ n4 ^ _% K+ Q
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ % z6 w# k* q. F
上海生化所：http://www.sibc.ac.cn/
8 b- j; ]! g6 A* J4 \3 J 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html - B4 P' O0 }: i0 n
Cell杂志 http://www.cell.com/
( Z% j0 O8 D. \$ _9 o& C 中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
5 N4 Z4 {( y- H |' f: V 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
: u+ R# q+ k% h" w: U; Q ` 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
0 p; f- F. X' A" ]: Q2 a Science期刊网址：http://www.sciencemag.org/ (免费）# m: D5 u( `6 B1 F4 D
美国科学院院刊PNAS网址：http://www.pnas.org/(免费） + ~& |/ Y4 L3 ?3 _
2 L6 }3 x3 X0 ^( m, `& U) L
美国生物技术信息中心(NCBI)9 r; T' q* }4 G3 i+ b
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
, c: [2 p% I# x$ b$ V核酸序列数据库主要有GenBank（www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/）、EMBL（http://www.ebi.ac.uk/embl/）和DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/）
. i, ^( x1 g0 Z: X( ^, ~) c- G$ r0 Z/ Z5 Y
- P! F3 n" H0 g蛋白质信息资源(PIR)
( w8 w9 A! o7 e. a& G/ Xhttp://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
5 b, H |3 [+ z* o7 |3 v( s1 U: ^
3 @, r0 K7 @% a% F5 i& t# p2 C' q
+ G. l& K; w1 C$ `$ V$ ], J蛋白质结构数据库(PDB)
# X4 [+ u r) ^- yhttp://www.rcsb.bnl.gov/& m) ~6 i2 n& R( Q/ M
6 p- I n' z( [; |! l
Sander蛋白质二级结构数据库
4 Z' `8 v/ J% p. W* nhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/, S- A' i1 R+ d' E
) @+ l' K2 z/ d* I3 q" M
SNP数据库
9 H) e. V6 P3 p/ m2 R% N0 V数据库 数据库说明 网址8 i- R6 j6 Q) i
HapMap International HapMap
- @& |3 [! U$ l& Y( VProject data http://www.hapmap.org/index.html.en' _9 `' d% Y5 }/ h+ L9 S, k
dbSNP Human Single Nucleotide
9 x+ K8 p' ~* I. aPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
8 w }2 F5 L: \' j0 c3 dHMGD Human Gene Mutation
# S+ g* ?* H' bDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
( O; q, Y- p0 j/ D; s/mg/hgmd0.html
( f& J7 o/ P: ]" _7 c5 g) T! {! j8 SJSNP A database of Japanese8 B9 b- S& W) G* B8 l* W% O
Single Nucleotide Poly-
/ B; t$ b. J. k# d2 Dmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
3 o: t! }: ~. G. g1 {& BSVD Sequence Variation
8 I, {2 J) B# w" xDatabase http://www.ebi.ac.uk/mutations/( I# `; W9 o! F9 w2 g6 ~1 J
HGVbase Human Genome% e8 L' E% N# L! M# @3 o
Variation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/+ ^- E& ^1 i! a
Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html1 s7 P( d) c# h
GeneSNPs Environmental Genome+ Z [+ e1 h" o% e! P l" Z9 t
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
+ x7 ~. c) m' q! _
0 { l8 g( i" f4 P* }& P( L. h2 V+ T& K
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件，但好多人还在用。
5 j# F& q+ \3 ]! s0 h下面贴一个使用说明供新手参考。
& P6 d: x- ^1 W2 |' Z
, G3 K1 ~9 T6 C5 Q9 H& B"3p87"(新版)使用说明 5 ^: B# `/ A4 N- ^* m2 p+ d0 q
1 K. y, {4 q l6 Q5 h一. 基本要求
2 N5 S; E- t5 K2 k4 T( _9 |1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
: {3 s( X5 X4 N* F) B! \% x2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机.
8 \9 b0 G. v- z5 g9 Y二. 调用 3P87 程序前的准备工作 0 a) {5 a9 g7 M! {, n& V9 Y
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. 0 W' f+ t" [, Q( I) J8 @5 k
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT # T* M" R4 H& c. S$ I
三. 调用 3P87
& d2 w* w% @# q将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单: 5 G6 j* b6 M8 M) Z
主菜单
" { u0 k) y! Z" s: W ~+ C1. 输入或修改数据
3 v2 h4 e/ M% G- F4 O2. 用主数据计算药代动力学参数 & ?7 h+ X- m, a% E7 `; s! C0 w
3. 对多组数据进行批处理计算 & ~5 ~+ v& j( b: E5 |, J
4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
( Q- n* @4 }* C! B1 W5. 输出计算结果 + u6 E/ \' |- n- A
6. 用简化系统计算药代动力学参数
6 q) r3 _% d: m+ s" ~% _4 v7. 药代动力学房室模型的图示和说明
% `8 h2 \7 Z! _3 q ~* p8. 退出 3P87 程序 # F6 h, y, Y6 ?: }% U
四. 输入或修改数据 ; ^+ {7 K- x8 ?- i$ n) `
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 # c4 j. u& S! o: A& L
Please Execute a:inp
& A( j1 b8 l, ^8 m2 o键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
7 X! K& E2 D) d$ H7 O1 g7 D8 ^输入菜单 0 u, ]8 ]; j5 V8 {7 o' _
1. 输入数据
) S, N& j9 v9 Y u- X2. 修改标题文件
4 }7 j$ N: s0 `5 G8 _; U' K/ c3. 修改浓度--时间数据
! _" g' t( ^6 c4. 增添浓度--时间数据
" y4 x$ u6 @& o- n& K8 q5. 删除浓度--时间数据
' `# S: M9 |+ r6. 显示输入的数据 ' q7 s! s8 a9 \
7. 打印输入的数据 7 J ]6 Q/ d$ u% c
8. 返回主菜单 + ?% \4 t% o" |+ \" C8 i
1. 输入数据
% D) m3 f: U& d1 I1.1 建立标题文件
/ d# E/ f5 b6 o6 B* W% H9 i在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: 1 P0 X' \4 o9 k
1. 药名或文件名 % Y0 z5 T1 ]; b) |: A% s' R
2. 实验对象
4 ]- a9 Q% ], D) \5 G3. 研制单位 6 K* y: p8 P& u: s1 L. y8 i
4. 日期
9 G5 t* f2 @+ n$ U) q, `. D9 Z5. 实验者
0 t, i C: X: x' E; s0 \4 _3 j+ f6. 计算者 ; J4 s# }; y3 F8 A% c( d5 [' T
7. 测定灵敏度
9 N7 |9 j# g. n7 h: j Q8. 浓度单位
; B; g, [; Z2 u) S$ E7 Y9 L5 N- u9. 测定精密度(cv%) / Z5 y) g( K2 G
10. 时间单位
) M) Z. u# }4 L, ?+ g# M# [" p1 q# U11. 给药剂量单位
8 O6 {8 @7 v- G1 I用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 ) N- R q7 C! ?3 p6 r. z+ w3 D
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目 1 i+ W6 O) ~+ V% v1 ]8 x
输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
2 b F% M$ v# b' ]- O* Z1 X键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
3 Z, q4 }% [0 B/ H4 t1 k3 H改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按
% Y- E6 ^7 P J& T回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
+ E0 \+ N( w- P$ |1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 ' B. O I- U- |3 X- w5 U! v& f/ R
1. 静脉推注 & A! h5 l/ b4 t
2. 静脉滴注 0 ] s0 X8 @9 C& |
3. 非静脉给药
* d7 x; ]( X( E% u5 D& d k用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
* H) H. a8 m! h1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 / i" e1 w8 q* L/ W, M: M
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. . q* y5 m2 H1 f0 u: @1 {
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
7 {3 N ?5 ~4 ~用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
8 O3 |3 _& [1 Y' G+ i. S全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项 {! ~* w$ f9 q8 q- a; P5 k% w- ^! [
必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. + g1 U: p9 k4 M0 G R/ X
6 T% n, I' }" Q6 Z8 U' T* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 ) R* ]2 x$ Y9 p& `2 Y$ E7 f
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
/ w g/ \: a5 w0 z; R' T
- ?7 A% I, _' U" W- U, H3 y& d1.5 输入浓度--时间数据
: o5 Z+ B- w( Q4 W$ O' p3 @先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 % v, U$ e6 l# |8 k
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按
$ D3 r3 d) X, M! {4 }# ]& K6 o% T: h主数据输入. 4 }8 M: V6 s+ {( {- X- f
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No - S7 d& a2 {$ X) L7 ?
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
, K2 ]# S8 A/ D5 a剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 5 i, g {& e8 D: n2 [# e Q
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 - b% ]" I3 `) n9 |! U
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
5 Q" o6 u q9 O3 {2 V- e, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
, t7 g5 _3 n! X) V& h, 每修改完一项必须按回车键.
/ S' p, Y5 V7 r3 ]& g9 e& n' X5 H# K2 R
1 ]0 R: U8 ]0 }1 _1 n* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
+ n1 X3 O, N0 N字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
, }4 [5 t) l7 ], j7 Y
, L8 S' x) v& s" G2. 修改标题文件 ) Y# j& b' Q' y6 p9 @
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
( [9 i ]' B4 @; l键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
$ {9 y. s Y5 H5 |0 f/ @! y处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
, P! \4 M' C# ^( d# b) q6 u3. 修改浓度--时间数据
# B2 H) L: o/ F x在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
8 a3 l1 j/ T/ ]1 ^% y$ l S$ l* J. ca No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要 / @5 C+ M: K" b M
修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
7 \, e4 U! Q5 x- h项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
5 E: i7 ~1 K4 C x5 b. \( R4. 增添浓度--时间数据
' z5 F2 p. V2 t5 R: [" E在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
1 N/ G2 O; W9 @8 g1. 增添新剂量组
K6 X( V; L' }+ W2. 在某剂量组内增添个体数据 0 T6 D9 E$ B- P2 T t
3. 返回输入菜单
2 g: k. ]) O1 ^6 F" Z j! p- q3 E按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
% n+ b; G6 c0 a7 C, @2 O; F4.1 增添剂量组 , m8 n8 M. S* N' Z. [
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 0 U- ]4 u; S' k7 P+ h8 S
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, S7 W) I* ^. G" v
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用 ; T2 t! ?. O$ x& Z! O
户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样.
) y3 U. ~9 o8 K& c& Y4.2 在剂量组内增添个体数据 . c( w2 |8 [5 |+ x: |5 B
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
% v( |) J3 l7 x/ e$ r7 d新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓
% Y/ g4 f. l$ W; V8 R) G, M; v0 u, |- v度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
2 [( r! E) V* L! N0 A1 g& N4 u* d5. 删除浓度--时间数据 3 a% x1 G0 b8 z) \' h
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: + J' {! d+ f" j1 t: u
1. 删除一个剂量组的全部数据
% b3 v& }: e% p6 L. R2. 删除一个剂量组中的一个个体数据 $ `+ f& C. {! \; h+ v( V( R% h
3. 返回输入菜单
4 ^' z# N9 G+ F; S B7 i: r" }5 Y按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. 8 x. H) }! M: }5 d
5.1 删除一个剂量组的全部数据
! o5 V8 E! ^2 q2 a# Q( a, ?屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 ; `. M# E' T: t7 o( b, ]
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will 7 u) |! x2 l) d- I' i9 f. e
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
/ Z6 p( Z# ^3 p- b/ T3 N: M据, 并按新的结构重排一次数据. 2 \5 l! ^5 r6 ]* L
5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
D5 ~: o! v+ X+ ~$ `" u根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 g7 ^4 |( C9 k/ x$ k
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除.
, y7 h4 h$ r. N z( R( S* [$ G0 a$ @6 Z, [' X' _* y$ q7 {0 r. c5 X
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
, x" }7 d% F) h; @! d& x+ \3 |# W, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 1 ~ o5 d4 R: f% p
在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
- @4 p4 } t! I6 m& U; ^* L K- j; O% o7 p
6. 显示或打印输入文件
# f- v! e8 V' @9 r在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
' r+ Z1 ]4 V5 E$ w从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 * F \2 A1 L4 x/ X7 R1 r0 U B
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 : ~! a* ]" r4 t/ p, V; O
调用有关记录. ' R7 `6 @7 e1 A, z
7 o' R4 f5 C+ t: e
五. 计算药代动力学参数
1 B. ]: q' H. D' Y在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
/ j) { w2 z5 x) b计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后 6 R+ S3 _9 e( h
要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 ' O2 y* l7 k# N, F
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
: d2 [2 p2 W6 k l" o, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
% d! Y# s# }6 j5 R! B( O8 v' z算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
`2 z4 C4 p1 F1 I, v' b正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 ! V& p" T: M/ @) h$ m+ R
户可随时调用, 调用方法见后面六. - d. ?' c# y+ m; w' l& V4 `
1. 用主数据进行计算
8 Y! F/ a" R- {+ f1 P在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
0 ?. j2 d- O/ B算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 " Y H$ o+ }4 Y6 w# H; |
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
5 _: e+ ~: i' j) h: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
7 I; T' _% P% C# I三种情况的结果: 一房室三种权重. / d) [. Q7 d' z, J& b
2. 批处理的计算
7 x8 X; i4 j' G* f2 ?在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处 - B+ q; i- }' p1 n4 x6 n- N
理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
3 q- i5 G" d0 {' v5 c7 V! w(1) 文件名 , Q! p; z1 `. M2 z$ K C. w7 f7 S1 Q- c
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 + b$ _* |% s! i$ n6 ?
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
* Z2 `9 c5 N$ U6 e2 ~/ e ~* w(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 , N5 U# ?" ~4 l H, b; e" j
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. $ X+ t7 g8 w9 H3 ^8 r$ V1 N8 ?8 i
3. 指定算法和条件的计算
2 x( l' H2 W6 ?4 m/ Y, o在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
, a) L6 G6 [7 m6 w: m3 T7 V指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
; {' ^& x4 u5 Q) o: g: u2 v% ~(1) 文件名 5 n( B: r1 w- U
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
1 j; Q( B% O! N2 B6 p9 R# C5 ]6 S& {(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 % R& }0 i* L% P
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
u& N9 k5 e( H4 \) ?" \7 Q4 x有的结果. % V8 V& s% {" ^" f8 s5 }1 P
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
% b0 L, | @, ^' h- F(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. q3 r; a/ N; o
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
. w; U9 q# l7 ?, h4 z2 K3 Q/ |(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
4 ^7 b( D- V! [, Q5 F(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 : i& p% a2 M. |% @3 T M# E3 E$ D
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数, $ e( {$ s9 w2 S+ |3 s, [
键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值.
( }* l: E/ B7 Y1 g% e8 ](7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
- z; x0 @/ L) }* S4 g当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
. z: X6 x( ^1 B O& a& I已算好, 按任一键开始自动计算. ! a* ~6 s4 F% t/ T/ H6 e( p% U
六. 计算结果的输出
9 ?, \9 i9 H+ V3 L在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name ! R* U/ i1 D% ~* a, Q/ |" Z1 ~& g
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): , H' W. Z E p ~
1. 常规打印输出 ! a0 [8 k! d0 l: w- Q, U
2. 显示个体数据计算结果 + x& b. N! t5 o3 H B* H
3. 绘制相关图及散点图 5 }8 D6 l9 ^ k
4. 打印输出文件清单
+ }# @3 R% [ ?$ u4 @% K5. 返回主菜单
5 I6 P3 s6 _- B% g2 t6 y1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 9 g+ O$ p! C5 D! x" t
单(PROUTINE PRINT OUT):
6 B6 m, {$ g, [; A$ O& a P- i+ y; I1. 打印标题文件 9 E+ a2 x D5 D6 D& k) d2 K
2. 打印供选择模型用的计算结果
$ @0 o+ Z7 Q% v Q4 \. b7 C( Y3. 打印批处理的结果 ; {/ ~& d1 `( n7 y4 _. o' E* e
4. 打印用户指定计算的结果
0 a3 t$ k0 k# V1 t/ g5. 打印个体数据的计算结果
6 v+ A+ L* R0 U/ i8 ^; w5 `, L6. 打印统计矩的结果
; S) C: _4 A- O6 l6 P0 Y7. 返回输出菜单 - B# v6 E$ n$ ?+ @3 _( \0 N0 s
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作.
7 ~: p6 _, R V: w; |5 P1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
0 s4 E! _) B1 i' W( c, {& \在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. , m4 k ^ ~9 X G4 G1 u9 x
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
1 M8 \4 U0 }! B8 \6 A加权残差平方和(WSS)
6 O4 [7 [+ h: @5 q9 y& N0 g5 \$ e相关系数(R)
' _6 u9 ]: {' E& o2 ^# x5 v确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
( [3 r g0 F2 f. [0 @拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
: J9 C, C2 n; M/ B" U- Z度--时间数据点数, P 是参数个数] 2 L0 \& x' W8 V, E
最大绝对误差(MAE) ( u9 A2 r* Z3 F4 `; h$ X
最大相对误差(MRE)
# w& s- U5 Y( c; c5 yAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
+ o' l6 N/ R2 { r$ X游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
& v3 j+ Y3 {' @ A; h的次数] 9 y; p4 l4 e b& y8 e& a, P
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 ! r7 C, G8 M+ e! q
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
s; H* H! J) g# k(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 , k" d; S! v4 g1 }; C+ P
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
: _# a# M! L9 i5 A* }' a说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
! C8 p( C% w. t' m9 l; z3 IF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著 , m3 s0 J/ k( ~ L6 H
意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. 2 S; A3 \+ G- @( w6 K
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
/ E/ x. O1 w% v$ s" j首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
" S& Z/ `8 o. X' [- U; t再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最 ' o; S: Z3 _' P1 S
大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度,
0 F8 X' a/ i2 c- K* \2 l0 s权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
! p. R0 s2 I0 K$ G/ A半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
. N, h/ V! V8 Q Q; J# I往往并非最小.
" ^# M% i$ q5 R1.2 批处理计算打印出的主要内容 3 F1 U5 k5 h5 P$ R
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
: @8 T3 C) S7 S% B' g" y(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) 1 V. \+ A# E! ~3 s! z! z4 e. K
(2) 一级参数表
- w! x' c- T! J% P(3) 二级参数表 0 x( q1 x% G% b+ O
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
" [) a$ f2 @+ [7 T \7 ]+ i* b1 f( I(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
* b+ U1 k/ T3 O, U9 ^1.3 用户指定计算打印出的主要内容 ) b% x) K4 K# \
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
; o+ N. w1 R( ?. p拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
% ?- i( k; r: d+ a, r \8 P或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. . u9 t& Q4 {* W
1.4 个体数据计算的详细输出
4 J+ d) \" H) q, c0 B在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 8 Q) ?! J3 n% a+ ~1 A1 b
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果:
/ L9 s: U2 r3 Y7 B标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 6 ], _) r- v* m+ p6 S7 _% K
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 5 c& }) A* V- ^2 k% F/ m3 T
计矩参数. 3 n8 p3 T+ j h0 U2 G9 q
1.5 统计矩计算结果的输出
" ?. i# [9 Z0 v c M1 s$ G0 e/ r$ E在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 ; b9 Z5 ~1 ?, n. Q9 Q+ _% V$ s
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
6 O4 A; k! i8 v1 V) K2. 个体数据计算结果显示
& A! i5 x Y, G! g在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起 ! ^; T( S* n! B7 o) F- M7 }$ Z; A* Q; X
始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: 0 w0 w0 ?7 H9 B0 q0 l b
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数 + Z& o4 Y+ G- z2 e
; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的 0 [: @* ?8 a! k% h, j% C2 Y
记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图.
' N; ^+ a% K* {- M0 L s8 A3. 绘制相关图及误差散点图 ' j+ w0 k& K3 [# c, x
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
8 M" S; J' n/ C# @3 _$ p, @1 I观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
/ u$ T! P" [. ^3 E( R) d2 x+ k些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
+ K7 c9 G, j# K5 ?0 c* ]4. 打印输出文件内容清单
: K8 D: O0 r& c) a! ^在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 ; e5 H$ Y5 _, v J; ?4 b2 ?
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
1 d# \/ I$ O" y5 @, S七. 用简化系统计算药代动力学参数 7 G' Y; `4 k) M: H+ p- B
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
4 H' b0 F8 ~ _ i+ Y% t g数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
9 L3 }2 n: d* T0 y5 E, a6 J有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- 9 g1 D1 k6 o& p4 m$ E9 Z) U, }/ M) p
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收 * i5 l+ s* A) H9 m+ z& A5 v
敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
9 ^7 z/ i" Y+ w* C; {" R# Q$ t1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药 3 d1 ]9 O3 {4 m0 @" F
途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等. " G3 m) j6 v1 o! n
2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 & F. C3 G. W: R" I
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. 3 K1 q: k% n k. Q
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
( A- ?* s' w4 t0 C7 l1 Z" @3 R4 n4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
1 F! Q9 T+ {! Z8 Y8 F0 S5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
5 d9 h1 d4 u* O$ {和相对误差. & { N; D- D) S- f( J/ G: M
6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
; U, o/ }4 i0 m2 ]/ j; w& g7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解 5 I" v% K! z9 @( N8 u$ _ N
权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应
1 r3 {7 l# m+ J2 F) R的结果.
5 g4 W8 X( \6 ~4 S9 q+ ~3 g8 O* v7 a8 E
MathType 5.2 ) d |7 }0 d7 \( `- L$ }! b- z
s; L3 W. P2 N7 ?) T% i9 VMathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器，与常见的文字处理软件和演示程序配合使用，能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合，支持 OLE (对象的链接与嵌入)，可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" )，帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持，这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式，它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式，可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可)，也可以很方便地修改模板。总之，功能多多，熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面，是您编辑数学资料的得力工具。
- f4 e$ R5 k5 U$ B9 F0 T Mathtype 5.2 提供以下功能：①、直观易用、所见所得的用户界面，与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式，适合各种复杂的公式，支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX，以及国际标准 MathML，并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等)，也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体，数百种公式符号和模版，涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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赣公网安备36040302000210号 )|网站地图
狗仔卡
发表于 2006-8-19 11:42:03
提升卡
置顶卡
沉默卡
喧嚣卡
变色卡
显身卡
发表于 2016-3-17 14:59:45
