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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次，就不作介绍了。
+ B5 ~! W' Y/ h+ v* v- `核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具 $ h5 b' }6 _7 q0 l
一、生物学常用网址：' e7 c5 J- J6 L6 Z9 V7 e$ t
/ W% \" [8 J# P
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin
. v7 m4 ^2 R9 O pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html 9 H% H; {4 V5 O0 G
HighWire Press http://intl.highwire.org/
6 Z8 _6 G9 {# T% D1 T; P! W" D3 ]: n. a# _4 K& z' {9 P5 N6 _
Elsevier Science电子期刊
+ B) n- w- A D- d4 Uhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/> 6 z) z& i% Y! x9 D! d% K5 g
http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm
& d( @$ m# H7 b1 b O5 ^: L science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
' ?1 T1 w4 M/ C3 l" i% o 上海生化所：http://www.sibc.ac.cn/ - Q/ Y1 p! D0 [9 Y
中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
x( g7 v7 l6 j* K8 I Cell杂志 http://www.cell.com/ ' y& y J( e$ d( }& m z" T8 `
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
% V0 S8 B0 r' v/ [% L" Y 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/
" m7 {5 E1 P% y9 V/ [6 V 网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm 1 `6 x6 [5 ]( V( _% U
Science期刊网址：http://www.sciencemag.org/ (免费）
- b- k' n4 Y( ]3 E( L2 e& v9 o, v P 美国科学院院刊PNAS网址：http://www.pnas.org/(免费）
" K- s* @( s1 H: l0 A: X' ~2 A. U' k
3 ^8 ~2 ~. ]+ U+ k/ P8 C0 R' j美国生物技术信息中心(NCBI)8 _$ p% C: T0 K+ ^
http://www.ncbi.nlm.nih.gov4 R* U$ _) R/ o. ^8 P
核酸序列数据库主要有GenBank（www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/）、EMBL（http://www.ebi.ac.uk/embl/）和DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/） . d7 k8 _$ k% q4 W& Z. ] i0 l8 K
9 b0 M! w Z5 n3 Q, n
5 I5 ~- J9 u4 T7 t8 w+ c' _+ r
蛋白质信息资源(PIR)
4 j) N: G3 K6 ihttp://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html0 h e H- S& F# x
6 ?0 @) ]3 N: E/ s. e
m. E( m$ y' n. V蛋白质结构数据库(PDB)- |. S* I0 A% w2 ~9 h
http://www.rcsb.bnl.gov/
# ~) V, ^/ O6 l3 x4 u0 S; z& y' o- L. {: `% B6 B$ ~
Sander蛋白质二级结构数据库
& M/ d! M. z/ q9 x% K. n6 Q" H# d! thttp://www.sander.embl-heidelberg.de/
8 O* X$ s- i" x/ c2 z7 C4 W: X: @6 \& {0 L* R2 h
SNP数据库
9 Y, c1 p/ \4 C9 s数据库 数据库说明 网址
( a1 y* @ z1 \. _% @6 z8 a2 _HapMap International HapMap: f$ W+ q2 d+ ~; ^
Project data http://www.hapmap.org/index.html.en- [' M2 t. ^; L7 b) R2 A; w
dbSNP Human Single Nucleotide ! H* W" t* ]( i. F2 D' f$ j
Polymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/. i9 W* G$ A7 L, ~
HMGD Human Gene Mutation
6 d- O& a6 y4 J* lDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm2 V# Y; u: O: ~& G J
/mg/hgmd0.html; e) u6 U! s, v( x, m" r
JSNP A database of Japanese: `( T8 E9 {+ f/ }! n* b: v
Single Nucleotide Poly-
& o% C, R- k% s+ g# F# c |& Imorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
# }# g0 \$ D4 x. D. c; G3 l9 TSVD Sequence Variation+ {- ~' x0 _0 A% G" B
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
: z+ M1 N. }# h& }HGVbase Human Genome
3 V) P- ]) n. I: uVariation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/
8 u$ V* M$ V4 JHuman SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
. k0 _; X2 ]/ d6 h- G! i7 vGeneSNPs Environmental Genome# D6 `4 z( d4 y+ m$ m
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/
, g' `. l; @/ p" s% e+ `! {6 V9 Y" ], F
& [5 L, u+ q9 b7 m- M, F9 {尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件，但好多人还在用。
- i5 `, ~/ K: [' R2 a7 g下面贴一个使用说明供新手参考。/ b6 d. @9 f y N k
" S1 n" x% J4 A4 q; |: o) n
"3p87"(新版)使用说明
5 }8 c! w. @8 Z& n2 `& v# j
4 I. F/ a. I" D( B. Q一. 基本要求 ; r& ?# j/ i- |7 T& O- |# l7 z
1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
% l: D' M1 R. Y2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机. 0 i) n. l( a7 H0 B, ?9 o$ k7 |
二. 调用 3P87 程序前的准备工作 : {9 N* H2 s' H
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. ' A, c& l; U* s5 x- N5 E
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
2 D8 Q/ w' g0 z* a三. 调用 3P87
. l& c$ W0 |* n$ i( ]9 Q将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单: 0 }, k$ h+ D; P9 z" s- y' I- y, s% G
主菜单 / S* p$ k1 C/ I1 |
1. 输入或修改数据
' e+ ]8 P- h2 U/ }6 F" b2. 用主数据计算药代动力学参数 ; G0 U; g9 {2 B+ H% W
3. 对多组数据进行批处理计算 : z: v' M! Q0 B/ i; k
4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
6 ]+ Y: W' b! g' k- w+ ^4 @5. 输出计算结果 ~. x4 h( g+ e) \: B7 B6 r
6. 用简化系统计算药代动力学参数 3 g" x( a7 m6 g- U! [3 N
7. 药代动力学房室模型的图示和说明 4 @8 W" e4 Y8 V W, J1 h+ w
8. 退出 3P87 程序 - h1 W% h4 m% r% R/ C$ D5 I9 j9 z
四. 输入或修改数据 . J0 U z5 ]$ j0 j* Q' R5 w
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 6 d W2 [: B) h0 L9 w
Please Execute a:inp 5 r1 l: D% W) ~) w4 M! T/ L6 w* [
键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: - d' p2 @+ j9 ]
输入菜单
* y) W+ W5 @2 Q( ]0 o) n2 m/ g# g1. 输入数据
9 A+ J; T4 N$ i3 n7 {- ?: O2. 修改标题文件
" {; e8 X! ^! x9 e4 F8 r( R" h, n0 e3. 修改浓度--时间数据 . }6 I8 ~& r) \7 K/ O
4. 增添浓度--时间数据 ! f% P5 B) J4 A& M. n& [( _
5. 删除浓度--时间数据
1 A$ V' y/ G4 [" j% ]; ^6. 显示输入的数据
+ S$ ~6 y2 T2 Q4 x% z/ l0 n7. 打印输入的数据
4 ~9 J# O' W/ w8. 返回主菜单
( ~( y5 X1 ?9 _) I1. 输入数据
5 p- r1 H( A' }* e3 ~( _1.1 建立标题文件
! J5 b" j- Y$ ]5 l0 _" q2 m9 u( d在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容:
. Q& I& F$ q$ c% M6 C6 P! ^8 G2 D9 H# L1. 药名或文件名 2 ^( l; E. L5 `8 R e+ Y! s8 p
2. 实验对象 $ S% y4 \2 V3 G; G3 \2 N, l
3. 研制单位 4 D* N. W& }8 B. `& u
4. 日期 ( p$ }" a, l# j6 D% C* F
5. 实验者 $ d) W+ u5 N2 O
6. 计算者
5 H' N* X/ f+ n6 N7 t* i0 v7. 测定灵敏度 $ h7 f0 `, g4 l5 T* i
8. 浓度单位
& x+ S2 R' G/ F; `9. 测定精密度(cv%)
5 D: K, n" ~, R$ g$ W5 u9 N5 D$ W10. 时间单位
! H9 ~5 Y* ^0 l7 J: v11. 给药剂量单位 , K( X! I" m y' `1 {9 A; V) p- C* E: B
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 ' E* E, D. F: w0 D) h+ T4 ~
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
9 b7 e7 u9 N5 F6 ~输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车 1 L# e% \. e0 q# f- v
键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修 $ T0 G6 k# ]. N3 b& R
改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 . c3 N3 T# r( Z# o3 j( o
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
8 Q3 a. k: r6 ~5 o1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
, } {* i; S/ }+ `; B' q4 N, v! a1. 静脉推注 4 M; _% m; `$ o$ B& i! C, i
2. 静脉滴注 6 {; V1 J0 V' j( ^ S7 V, F" v
3. 非静脉给药 . f0 |" y& N7 C) |* m; ?. y j
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. 7 r, x2 b7 h, a* y
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 8 R; i! k9 Y$ D; K' M8 G2 t2 t
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. # m( @! G1 s* M$ ` G! e
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
0 b0 l6 X, ]) C$ p6 e用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
8 O* @" T0 u6 F; c/ ^+ \0 j3 ]) {全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项 5 r' J, E# X4 Q: F# Q
必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. 6 m' E X; a! z- a; l9 L6 U6 l
. g$ @: o2 t0 }4 M: x* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
, Y+ c1 V6 d) ~0 p, @9 v/ ~后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
% w: j" ~6 p' |* d6 v
1 o. ^! c8 C2 k6 B/ S/ @4 T$ \1.5 输入浓度--时间数据
! ? Y* _6 ~) s先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 7 N, e& I5 t& x* }+ g6 y O
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 , L) l) n0 k- f" |9 t
主数据输入. ! o- O) ]3 h' R+ @8 W& w6 R5 o
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
0 B, d8 t9 p' P7 n. \; a.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration),
/ j+ }6 |% y" X/ d剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. - |& m5 T% f" B% e
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 2 K8 ?" ~6 `3 Y( O
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
+ x |( P) P( b& j) c, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
2 t2 C9 z: B1 Z0 n9 g, M6 G, 每修改完一项必须按回车键. ! G" i, M3 @. k! E
' W% W! Q# N! \6 p* N, q. t
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
: ^0 Y- \7 c8 r8 J) n/ k' ~字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
/ K S# k3 t, h7 F" N
: T" H3 r4 i0 k: F6 i7 ]2. 修改标题文件
: t/ m# U( y" `0 V& A4 D7 m在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
! h$ G- O( v) m! x键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
2 T) ^( j1 o1 ` \$ G' |处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
" C, d7 ~3 |5 o6 q( i1 `+ t" y3. 修改浓度--时间数据
8 U; y2 m+ f. N在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
7 q" w; U/ U3 m; `2 x* h5 fa No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
, U4 W6 h: Y, j+ @) q修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 # m0 H V/ X$ k% ~7 I
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样. , a4 d m+ v* w* p
4. 增添浓度--时间数据 7 ?) S9 w" A% `2 i$ p
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
0 h) R! M1 i( P3 B1. 增添新剂量组
( V6 H; B' g6 B3 p2. 在某剂量组内增添个体数据
' P" v3 i5 l$ i) k4 h B3. 返回输入菜单
% I, ^3 S+ b. r! I按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. ) H* S* G2 V, ^: E( D7 B/ f% |5 u
4.1 增添剂量组
$ f. M3 u9 V' O+ I$ G3 X屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 4 R) D7 G4 b" i' Y& T b |
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, " ^+ n7 a! e% v8 {2 }3 K6 L* u; i2 u$ r
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
- y* h) n1 t, V& x3 ^户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. . T3 \% s8 G# T! ^
4.2 在剂量组内增添个体数据
9 u& I+ g2 a9 L' @根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
# L/ C: h6 e( i; ~" s) `8 f i新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 - m( M }* X! v' }6 {
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同. ) q# z' t8 O& Q& y, M2 A
5. 删除浓度--时间数据
9 T7 L! H6 J, [% ?7 d! A/ n在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: * ]: O I0 L4 j6 ]7 q! l
1. 删除一个剂量组的全部数据 Q7 [: O& V I, \
2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
8 \2 N2 K1 i! X: Z2 x( {4 _/ n3. 返回输入菜单
0 ~; i, ~. [( C/ Y- P5 ?按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作.
. i; W; g- t5 b- ^3 N5.1 删除一个剂量组的全部数据 / d( m8 [6 v5 ` V4 X' X. \
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 ( q" F& Y. D% v2 f) g% K
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will ; W2 }7 O; d$ }0 N g( S' D
be Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数
" T: I. A8 f/ r; W5 h8 D据, 并按新的结构重排一次数据. / P$ m# Z6 T- L% a+ w
5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据 & j6 q E9 F1 w0 f0 G; b( T9 |5 s
根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 $ ?5 A* k! a0 O& N
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除.
5 b* t0 e |' n% U
( ?% D3 m" i7 [5 A7 @* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
$ }6 k1 Q/ X' \ Q0 e, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户 ; U. V6 _9 {: C& Z/ r5 Q% W3 ^
在此前, 应首先复制一份原文件作备用. - O: a. O `2 v
9 W/ v1 ~0 l! {* D. p6. 显示或打印输入文件 4 C8 `' d+ y2 \
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
$ Z& j9 X" c, }从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 8 l- r+ U+ C: c& d& F
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如
5 H6 {. a b) I# h调用有关记录. " j0 b# i! }' N8 |- z& U
c a- D l% v) \/ Z* z
五. 计算药代动力学参数 5 J" W0 w0 R0 {1 r; T
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 6 V8 a; y/ R1 o4 Z! L
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
1 E5 Q+ k& S3 h; |0 B* ]" \: ]要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成 ; V$ Y0 h! D- ~ i+ }
左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度
, n; \+ e; a5 Q# G2 l3 e, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计 5 W4 Q3 [; p9 C1 V6 ^7 ]
算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"(
K1 p6 j- \0 J* p. p6 |正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
* [% k& k: ?+ n! W) q" t户可随时调用, 调用方法见后面六. ( P! a* |- j' F
1. 用主数据进行计算 2 m$ u6 v0 O6 N. U3 q% R2 g# n* l
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 8 ^) `) f! V5 z( [8 n
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
% {" C3 M, R. S1 Y线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果 1 W. Z( j, _5 N
: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出
* t! D, m6 @$ I3 c三种情况的结果: 一房室三种权重. 9 \- W* {" ]) A; P; h# U( M0 {+ O3 r
2. 批处理的计算
: n; O( d$ |& t2 v* |* s( r在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处
8 k9 } I( g3 p3 {, R( j, B理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
. H* @4 g6 x. V(1) 文件名 7 q+ p' x; @; \" Q7 `% T
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 ! X! n# ~" Q* t0 J
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1. 3 k7 \8 a/ w( `0 L2 ?* r
(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数 % f: K; \/ ]9 M% c
字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. : i# ^0 n& l$ @3 l9 E
3. 指定算法和条件的计算 * }* n7 `0 {9 g, d6 o+ e; E
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"( 1 @4 l4 |/ ]2 |; W. b+ p' ]
指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: 8 v$ B3 s# u1 `% w0 \
(1) 文件名 * k' k! E$ D: \$ _( z
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
/ ^2 L" B" ^) J+ K2 P _(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 ! U% S; D0 Q* r7 j9 P: P& w9 j. g# x
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原 6 D0 k4 t# b" `& m, J& o) x
有的结果. 4 ^6 ~2 q# Q1 c) y( `& t
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. 6 x6 H6 q; x2 M+ q: |" ~- r! O8 D, N
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. 5 u& T+ S+ ^1 l. T8 S5 Y2 y
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01. 4 C: a, {/ i9 f" \ F8 { X
(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定:
, j7 P' b0 J5 l( d(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入
% q% G" @5 s& g7 i5 d. N(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
0 N {: ]- {. Z1 d键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. ' _: T) D! X T) W' N
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
5 \, j9 [, C$ M" T当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
* `; U. Y; O8 f) {, h5 k) r: b/ ]已算好, 按任一键开始自动计算. / N" o8 J6 h) o# y
六. 计算结果的输出
5 C1 L& h* s( }; E在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name 8 U2 ^6 _, e9 r
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU):
& B" c* H) y; I0 `1. 常规打印输出
0 i4 u* E) u" |3 T* D+ ?2. 显示个体数据计算结果 + b) z: H- ?( J5 k: k
3. 绘制相关图及散点图
9 [' M, y$ B! \& v. u& H* _4. 打印输出文件清单 $ t7 e* A- ?0 t3 `
5. 返回主菜单 4 j7 Q, V) ^. z" H$ u! Q
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 9 c4 ?! Q6 I0 E
单(PROUTINE PRINT OUT): ) k; O W2 b2 z( b9 I8 Y
1. 打印标题文件 9 C1 c; ?( [ J1 a3 P
2. 打印供选择模型用的计算结果 $ z! A4 g: n! B* E
3. 打印批处理的结果 " p; c: t; e: X0 M( c3 B
4. 打印用户指定计算的结果
/ I% M* R- L& k' ?/ [' U5. 打印个体数据的计算结果
8 e. N% B y O: u6. 打印统计矩的结果
( `% _' J1 Q, G' l+ E/ S7. 返回输出菜单
+ w" `/ v! C0 U" ^( X2 U6 Y( l在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. 0 A, s" ~0 ?$ M) d5 F
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
5 o0 v g- I' c8 Z2 _; L8 c2 [在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容.
1 K9 p5 ~/ y; `# a(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
. d0 S* B3 h; v6 F- o1 @; G加权残差平方和(WSS) 0 q0 t0 v" G6 n7 K, m
相关系数(R)
5 q/ ^5 R; h7 h# x0 @! f8 D确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
* e A, Q) O& j3 Z* A) L9 w拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓
$ ~- @# ^( a5 Q" D/ L度--时间数据点数, P 是参数个数] 5 x7 B( p7 g/ y: a: @9 T- e; _
最大绝对误差(MAE)
# ^- E$ b. N3 q5 U: F+ J4 z8 A; \最大相对误差(MRE) ) a' x. w8 S( {1 q" {
AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] . _7 E' y5 K) ~) E3 C
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化 * v+ n1 q. M( A/ g( B' F
的次数] - U) \6 F$ P. c L3 o$ q* c; F+ c3 q
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 ! O( {# Q4 j$ D0 r( j) P. y
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 A" F$ k/ U; }4 m, x" X
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 $ c$ Z8 f2 e' ? g4 }# S$ l* {; w2 g
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
: }9 H, k" |7 t% }2 C/ h9 V说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当 7 z# L! g* V3 T3 t3 w7 T
F 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
# r* ]/ B; q, a' H9 L意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. # e; L# \' p5 m% ?4 {/ y
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
& M; I& `7 Y' ?$ i1 @9 Y首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
5 q* Y( u6 j2 l/ X: z. d再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最 4 e$ a# ?- i$ j4 O1 A; A/ [
大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, 1 R. O% G; J, q+ M( U g
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 1 V, s/ t% v! a$ ~
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
0 m5 `( T& }) V9 X9 }2 T, F往往并非最小. " R C6 E4 [# y7 X8 \
1.2 批处理计算打印出的主要内容
( s( i2 L {6 O# z" q! f在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
. A- u7 H1 n4 D3 ?( v(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) * V; Z/ J5 h; H3 r
(2) 一级参数表
* ^/ M* h- {8 [( z* f, Y(3) 二级参数表 ) x' j; z/ j4 ]* @; |# U/ e, z+ y# g3 a
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. * g. K3 r% F* Z3 L
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
4 V/ X! F3 ]" B4 D4 ?9 \1.3 用户指定计算打印出的主要内容
2 T4 p! f _ D0 [5 B, |在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
* T9 s5 ]: } g8 E% X% {拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, / F' l! s6 O4 C, K) x6 F( m
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上. : B; @, x1 h+ ^+ s7 g6 S2 F4 |0 ^% |
1.4 个体数据计算的详细输出 : D& a9 M" G* W7 Y2 c3 u& d& X
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再
6 q9 M/ q; r& `键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: : d2 ?+ l1 o! q1 X8 B2 P3 L2 L
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 2 l0 F! Y: Y3 T* ?& O
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统
4 D/ i7 M) b9 R6 @0 T计矩参数. % K9 s2 ^; o. y6 H
1.5 统计矩计算结果的输出
5 B* ~6 e0 _' i8 `在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 ; E1 X% q' X- }* A$ T
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
6 y2 g* n* ~/ m2. 个体数据计算结果显示 6 n" Q" a( m; y R9 n! `
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起 5 c9 Y7 T5 g. O8 t
始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
) R0 x9 T' W0 ]& X8 u标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
) L. {0 t5 M1 ~1 H; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
3 ?- Q+ ?1 O: ~记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. 3 d* u) U! I0 Y- g) g1 m' H+ F
3. 绘制相关图及误差散点图 8 x& H3 v3 e i4 X4 [6 r+ U
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 ) s' z7 b" |7 i5 r8 O% _
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 # h) d3 B, _0 Q2 D9 p& n
些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
% I) c4 A6 ~7 p; P/ y9 ?4. 打印输出文件内容清单
8 ~$ o6 K' S" ?4 t. c在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记 - O) G8 X6 ~. g8 C- U/ t/ ]- d
录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号. ; E& I1 k1 H& h5 d) s
七. 用简化系统计算药代动力学参数 5 r& A; p% C( g! B- y
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
4 s3 P" n+ s. R2 E# B: v; E数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 : r0 i/ l0 d3 O. L5 s2 q) Y
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
+ r/ O7 }# h/ c# F o: R( [时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
9 Q+ i+ U6 B& }# V) y/ [1 g敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容:
/ U- ?% C E4 J; K2 f4 j! \1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
3 d- ^" i' Z6 _! j+ L; ?途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
! `/ n/ ^4 Y) |9 Z+ W4 j) s; S, C+ f2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 7 T, A, g/ m, [% A" ~+ ?6 N" l, n
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. ' v2 M3 m2 ~% E$ b
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
4 N) K! h& y: j a8 C3 B4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
& e+ A, ~/ Z* \8 U7 ~5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 ' W: q; W& ^4 v
和相对误差. 4 x% e- U+ b4 L/ `
6. C--T 图和 LN(C)--T 图. 4 x! Y1 u# J4 H7 U
7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
( j% x H1 }# w1 o8 x( ^2 ]. x权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 + F+ n, z, D# @8 m6 g9 Y- O3 e7 c3 T: Y
的结果.8 p. `5 n+ j/ v0 D/ E: s
5 g6 C+ ]% Y- A8 H& h6 I0 zMathType 5.2 " G1 ]! C4 Y4 j% }3 Q6 m" b
) L/ v/ w; o$ _' k8 |9 T
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器，与常见的文字处理软件和演示程序配合使用，能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合，支持 OLE (对象的链接与嵌入)，可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" )，帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持，这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式，它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式，可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可)，也可以很方便地修改模板。总之，功能多多，熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面，是您编辑数学资料的得力工具。
: s1 U' ^0 V! n" p' b Mathtype 5.2 提供以下功能：①、直观易用、所见所得的用户界面，与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式，适合各种复杂的公式，支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX，以及国际标准 MathML，并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等)，也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体，数百种公式符号和模版，涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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狗仔卡
发表于 2006-8-19 11:42:03
提升卡
置顶卡
沉默卡
喧嚣卡
变色卡
显身卡
发表于 2016-3-17 14:59:45
