|
|
楼主 |
发表于 2006-8-19 17:15:18
|
显示全部楼层
一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。5 Y# S4 n* `9 ?! J4 {6 |) G- ^1 {
核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
t; T. }$ ]! W ]( u一、生物学常用网址:4 Q4 _- f8 L& m! }; J
4 T6 ?4 n7 R( |, V2 Q
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin 7 a# I% J C _/ u& U' u9 [, \
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
( q& a2 u" p/ U# `0 j$ q% L8 R HighWire Press http://intl.highwire.org/
+ a" E" D" q+ a3 F1 _9 D5 {. k8 v# H! [# c( v8 y+ e$ Q/ n
Elsevier Science电子期刊 . v: M$ a& ^# k5 |( P/ H$ Q
http://www.ddbj.nig.ac.jp/>
2 S$ Q/ m( F4 E$ O0 @/ P6 U http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm 5 ]5 V9 L- q, j2 i( A9 d& Q; O8 x
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/
0 G5 ^& v d c0 ~8 t, |; S" P! Q 上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
# Y0 ?' Z3 t; t* W5 S" t+ b B 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html
4 Z& s. K' |8 _$ C" t# w5 q2 W# _ Cell杂志 http://www.cell.com/ 6 P$ N* w' P2 W4 p" g; B
中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm
; P( S1 S& m$ S: @, [ 国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ 9 r# l4 R8 ]( v* C/ X. U: U- S
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm : l9 x+ f7 `8 h0 q
Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费) B& j8 f# _, E t6 h7 f+ a: \
美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费) 0 r3 M( q, L& a. a
: x: B" A3 E. E9 x, C( ], d美国生物技术信息中心(NCBI)2 N" Q( D2 r" N5 Y- r/ D( |( r5 v
http://www.ncbi.nlm.nih.gov- \ T! ^ N, l
核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)
( `& v2 h) u0 F! O( \! d
( o8 @4 e: B! P) u: j' [
! k9 L. h& b( a蛋白质信息资源(PIR)' i, p( |7 n! f6 ^
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
$ f; @; E- f& x* @
* |7 B9 Y5 D3 ?! k2 W* h( X k3 H9 n# w% w8 f
蛋白质结构数据库(PDB)
- T0 p# W+ g1 E# s' [& p8 i- hhttp://www.rcsb.bnl.gov/$ B/ i, w5 L$ l
, }. ^# ^+ Q' A6 t$ |$ k
Sander蛋白质二级结构数据库
: C4 C6 y* ?. ahttp://www.sander.embl-heidelberg.de/. l2 z( [( o6 u9 c
}7 a4 b2 R$ {4 }! Y$ B# ?
SNP数据库
# D7 s3 z8 I% ?& S. X% f# g数据库 数据库说明 网址3 M: X# b, H( F) c% _# E9 z7 _
HapMap International HapMap
: `9 E0 B& }) g, |Project data http://www.hapmap.org/index.html.en
( u) D; \4 H( I7 D2 D1 f. bdbSNP Human Single Nucleotide
8 s7 R8 N* y& f' D9 r0 P" nPolymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/- U3 n2 S8 d' h Z* x( j
HMGD Human Gene Mutation
* _7 |/ d" V8 ]* `+ t4 t4 DDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm
, I- Z7 z0 H1 b* l" w/mg/hgmd0.html0 V! y+ U2 A% _& v1 X& r
JSNP A database of Japanese+ J6 v8 B/ s. ]# Z/ ~
Single Nucleotide Poly-1 h L0 r% e @2 M/ D: W
morphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/7 y1 e3 r p8 c9 a. h0 ^ @3 Y
SVD Sequence Variation& [+ W9 r# M n( u& s
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
# `3 O2 I6 T! c/ Q% }# GHGVbase Human Genome
9 X$ s) D" n8 E6 |4 SVariation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/, G1 O9 E; h% \# \" v: m$ f
Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
6 x/ m w8 e! }/ l( O( pGeneSNPs Environmental Genome7 ?) G) I# u7 x; M
Project database http://www.genome.utah.edu/genesnps/' a8 c) D( m, O6 q+ _- N! k
- u) p! m1 f, N3 D3 y% C% a* n& R4 M' s) I. t
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。
2 a, P& f/ F8 [, P下面贴一个使用说明供新手参考。
. f! g6 J% @0 }2 f7 }+ E( N. f9 l7 }. D5 X
"3p87"(新版)使用说明 ( l+ p% |7 G5 o
& O0 W& ?; e- H一. 基本要求
8 i* N+ Y/ m* }1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据.
% \- d' [) c2 Y" V2 w2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机. % y' H& g y- p6 ^" W5 ~9 W% F
二. 调用 3P87 程序前的准备工作 ( t6 S1 o$ F0 A6 |
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算. 8 J$ j& F% J- ~. L" }+ i9 d
2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
8 p4 r- U6 T, k2 T% f三. 调用 3P87
' `% ^6 P$ A: `! _' H- G0 z将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
! Q- ` o. Y7 B9 c主菜单
" ]9 x- l2 c$ ^6 H3 `1. 输入或修改数据
# ^, o% j# H8 l; B9 `2. 用主数据计算药代动力学参数 4 q" _1 Y" `* r) v" \
3. 对多组数据进行批处理计算
, r8 |. G0 \6 s+ r4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
, Q; f1 ]/ v* W. p9 Q$ f I, a' |5. 输出计算结果 ! B5 f$ ]# T9 D3 Q- d7 X" \
6. 用简化系统计算药代动力学参数 3 I, e9 r' @6 N* Q; L5 s
7. 药代动力学房室模型的图示和说明
$ S' f# A5 K$ {* n# e8. 退出 3P87 程序 4 `/ S. i3 i7 _3 n3 W) q" f
四. 输入或修改数据 7 B( ], h, h( a8 Y& \
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出 % V, K% M8 f# @2 G+ o! A1 M6 \
Please Execute a:inp
9 A3 C- Q* d Q, V- |键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单:
8 J- h6 ?$ v; V4 ] b- W输入菜单
2 z# ~* b7 {1 `% z$ E. b1. 输入数据 / e5 }8 B8 \! f
2. 修改标题文件 + ^! E" i5 a' ]! ~: r) E$ L
3. 修改浓度--时间数据
/ A# U0 X4 \7 B4. 增添浓度--时间数据
U( `% t6 D* u8 s$ ^6 N5. 删除浓度--时间数据 9 r2 y6 T" d5 i' g5 G7 u
6. 显示输入的数据
2 ?+ Z9 `% h1 Z) }9 c7. 打印输入的数据 ; I$ V* x4 m/ v+ F4 a& e$ E4 J- h
8. 返回主菜单
* J1 ^ g4 ~2 X) M. n1. 输入数据 ' f" _9 H- E0 P# |
1.1 建立标题文件 $ x ^8 m q. r4 h [1 H
在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: $ j4 F" d/ O: a
1. 药名或文件名 % T: k8 I3 u& a
2. 实验对象 ( J' d7 M. x( e Y
3. 研制单位 4 {. V# o2 A) a h% N9 O0 j. h
4. 日期 9 [ ^: u4 H4 z' p7 N F! l
5. 实验者
$ C( i+ p$ s, I0 C. c6. 计算者
) n; E! v9 L0 Y3 W3 H6 Y4 Y7. 测定灵敏度 7 X) y8 w0 T4 G& M8 M% r Q: T
8. 浓度单位
% E3 C, Q$ G. y6 L9. 测定精密度(cv%) o. Q1 Z+ W3 A& t3 @, t
10. 时间单位 6 _9 u* B: y; U' I
11. 给药剂量单位 / u5 R1 p9 L. D2 X) _1 g
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 ( Y' Q$ d% h5 S1 n$ d+ z% d
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
4 i& U6 d# p1 a9 y输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
! O& n0 A# g' n/ c) i键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修
V: n1 G$ ?) D% |- O改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 7 |3 F& u y6 t, n% @
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入.
) Z3 S) i5 z3 p/ m; f1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径 ' A+ `7 B2 d: h! S, W, |
1. 静脉推注 # w7 U! L- o+ o
2. 静脉滴注
/ T& _6 {* @1 c, ?) Z$ ^, d3. 非静脉给药 - G1 M9 A" B5 p. ~- e) a
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入.
( \& L' d2 a# @# {$ E: _: \1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 , ?% z( [# ~* N4 i* l
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
3 I% _, Y* X5 G1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. 6 J* `" u% k6 S. ?
用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当 8 Y' R8 ` ]$ {2 l# z) I! i
全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项 9 [: o! u, m) k, S! \' [5 a
必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据.
0 I1 E8 `$ E `
6 a4 ]* m6 q% P7 j" }3 L* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加
$ \% L0 a& k8 D! i7 S后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. $ Z' q% Y3 D; I: S' J# G Z7 p ]
) M6 K2 a4 x7 d- J: W1.5 输入浓度--时间数据 $ t4 \- [( L2 N4 K' d1 M" P8 o
先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组
" c, p9 Q J4 C/ W. s内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按 / t- y3 X7 r( M& H* d9 C
主数据输入. 2 D2 [0 e; O0 n9 j3 k9 x
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No # D; n9 H; x9 b$ Y
.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), c; R# }. N4 ]0 w, q: z' K
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 5 |% ]) B" ~( k! V8 \) D$ r3 m
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次 p0 ^9 `' Y/ U8 n* |2 S
输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容 ) J* h2 @+ W' X; |* G& R
, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
5 l' p9 e$ ^. D! ]) C2 z) G, 每修改完一项必须按回车键. X& u, }" b6 S7 [! @+ ~1 Y5 `
7 j& ~# S" \5 T, J3 `1 o8 F( C
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文
" `# |2 K. C4 b' q3 ?, T& W& X字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
+ N/ s: a5 z- l9 W3 M' R9 Y0 Y3 N% c9 X, a, f; l/ s7 M& V
2. 修改标题文件 # e* r* j% ~4 o2 P
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
& W5 q! \; t- m7 t, x# P键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改 ' J6 _6 u, @4 \0 T' I3 z
处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样.
$ N* x6 H& |9 b3. 修改浓度--时间数据
( ?, P" }; l: A1 Z在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat I( C; y& V s3 A# X0 b. r* F
a No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要
! z* B' p# d5 j4 L修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一
) X9 O2 T) y% K m项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
: ]0 p0 U. N3 b$ \' ^4. 增添浓度--时间数据
' S7 W/ y& H: |4 V$ {在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单: ! j: c$ O% W0 ?5 F# n5 W# X+ {- k: @/ ]6 k
1. 增添新剂量组
+ K# H9 i/ n7 e2 @2. 在某剂量组内增添个体数据 . U: Y1 n/ D' m m# J3 ]+ F9 `2 T
3. 返回输入菜单
. P6 I9 m% C+ T/ p按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. / f( u' G. |7 a1 {) d6 A) [! F5 y+ x( N
4.1 增添剂量组 5 {6 G9 V) [* ^- f
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然 3 n0 p( }: _% R7 Q- `
后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后,
, R9 e5 q5 Q5 i: q$ [; ^8 A2 S屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
7 D. u& Y; I- O" R2 K$ {4 X y* o户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. 6 \- q- ~8 M$ I' x' q" w
4.2 在剂量组内增添个体数据 * L A" Z- C, j$ l+ t; Y/ k+ W/ s
根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
- ^% h8 B I5 `新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 # q& y$ b# N* X4 ^% O8 {
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
' S, w# C1 r8 g$ u3 b& o8 m5. 删除浓度--时间数据 ; j5 f" D3 K( j
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单:
% j6 v2 f" k8 f( ?% P( s8 k1. 删除一个剂量组的全部数据
; R9 i# P" N+ X2. 删除一个剂量组中的一个个体数据 ) ]5 u0 _* K6 K% v. Q1 x/ L! ]$ A
3. 返回输入菜单 , q2 D, w; S) ` ~1 P/ y$ W7 Y
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. 3 x" t* f& i4 G; Z8 Q
5.1 删除一个剂量组的全部数据 ! |0 g* ^2 n4 p3 `- W0 m
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 " h1 A A, e1 ]( [& h1 ]
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will
( Q+ Y; H6 C. r& I. H! ebe Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数 - T8 ` J3 A- `. I9 _9 N
据, 并按新的结构重排一次数据.
6 f9 m/ Z) [% Y% H5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
1 w5 x5 g8 b/ G# {1 C根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的
$ b! L) O1 X; @7 N; q数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除.
. a! ~# ~7 c/ D5 a$ j1 H9 d r" n7 Y- ~! i1 y' I: T2 l
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
8 U9 p) M2 P6 J3 h, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
2 V# [% o5 B& s$ R9 l: w+ }0 P; }在此前, 应首先复制一份原文件作备用.
: N; ]" U. Q6 [" e
7 E4 v& Z: |8 u5 U. c! c* X8 b, ]* g6. 显示或打印输入文件
1 J, G) c0 ]# q; q" q+ \% A) \在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
; n6 L6 o5 l/ w- A从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 0 c+ ]: n( Z$ U& o8 v& {$ m
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 - q* w$ h# W' Q9 P9 _) Y
调用有关记录. 4 A/ w( a# U- M
) @: \. j# T# H0 N+ z4 ^% {五. 计算药代动力学参数 1 i" G) Q5 g4 T, z! }6 B
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数 # x# R, z. n% T) N
计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
7 W" s6 ~- m R要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
8 b) k7 a! k' D# n* K% e左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 T; d; P# ?: V
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计 * o. G4 r. C1 y! \: o
算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"( 2 L K& n* }. f' N, Q
正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用 + D: |: c9 r& [0 l
户可随时调用, 调用方法见后面六. - m8 d1 U z+ C$ f" P9 O! E
1. 用主数据进行计算
8 Z" w, R$ f8 N3 v; o' y在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计
) x1 w& G7 J# ]% k- q6 N! P算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合
! F+ X: p) Q7 p$ c0 e! P) x线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果 8 c" N+ ]0 p9 B* d
: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出 * q$ f# A- b' i2 ^( h4 Y, M" k
三种情况的结果: 一房室三种权重.
% J3 C4 M% N0 n- {& h2. 批处理的计算
$ P( A# q4 B8 _* f/ l在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处 + s+ [5 t+ g' ]: ^( u' T
理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: ( X+ I1 a& q& q$ q; N) D! b j
(1) 文件名
1 U5 n: S: A& A) D6 M' W; {(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 ) J8 y, l9 t+ ?6 A M1 S
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
- `- g) G! P. M; v" }7 |1 J(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
: W J2 s$ ]. ?字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2.
( E8 C/ c1 C: r3. 指定算法和条件的计算 7 `$ v; _0 C( Q. N6 d% R
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"(
^4 k) e5 u+ e: @5 e9 f% X% n指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问:
L' x# j1 x" [: y7 K: K% S0 O$ L(1) 文件名 ( f& S5 d2 F6 L
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单 / g5 N* x8 h; U1 z* D
(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 ' V# J" B @8 U- }5 [# I5 J7 h
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
' t* C! \7 Q" \+ X6 h有的结果. ' ^& g( ]- R$ q
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字.
6 r; R1 z" n5 N& X6 Z(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字.
: X/ r9 O, u7 F7 Z% d2 a/ V1 C给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
* G0 |+ `. `& `- \& N(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: / ^ |. i5 J' h/ @# y
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 8 L, `( a; Q: f# v6 l
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
" P& g/ @4 g. j! v键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. : y0 n/ f$ K- n D& {3 {- P- n% f
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值. 9 h* V( q, F' [( ?! O! z
当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
& O! l- r, J. N- W4 u已算好, 按任一键开始自动计算.
5 p, q, M( c3 ]4 T六. 计算结果的输出 ! A1 E& f# X+ ?' W
在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name ; w# v. ]+ [" W/ E, @$ u) |, V9 Y
键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU): % x, H; C& I a+ ?% q
1. 常规打印输出
( R+ X g0 Y: ]9 B1 [/ J/ C3 a+ G# ^$ u$ i2. 显示个体数据计算结果
$ T/ P! q1 l- i$ g+ e7 c3. 绘制相关图及散点图
+ i! ]1 P( H$ g. t3 U+ q3 l/ Y4. 打印输出文件清单
7 \( Y$ S6 I( a9 E" u4 ]1 f! {6 y5. 返回主菜单 9 B2 N; |0 H q. k' [
1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 # v; d& R8 s) D; h5 v
单(PROUTINE PRINT OUT): 8 A2 _1 \/ N' G4 G
1. 打印标题文件
1 B4 T' n/ Q1 N1 i: F! \6 z! s- N2. 打印供选择模型用的计算结果
" V7 W; a1 T/ g% q: u* M/ B3. 打印批处理的结果 1 _. [ m* n9 X. W
4. 打印用户指定计算的结果 2 d( M; ]" R/ e0 Y1 k3 j; T* _# q
5. 打印个体数据的计算结果
) D& M, l o, T2 l, {- Y6. 打印统计矩的结果 9 V7 u/ v2 Z! T( Y3 H# s) {7 E
7. 返回输出菜单
3 q, D2 e; n* i& B3 u' J在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作.
+ v/ c/ x( ] T) I+ l+ ]. Q1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
' c. Z$ z; R6 o4 k在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. / [- i5 h& e2 S
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容: $ t& a5 w/ T+ R8 }- ^, q8 S! H( p5 V' x
加权残差平方和(WSS) . C" @. o: s h" M
相关系数(R) / I% a2 \, n& N$ s1 `2 F! V# u
确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY] & L+ S! R6 y0 ?
拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 3 d; e7 w0 @/ L! C% P1 J/ j
度--时间数据点数, P 是参数个数]
( [* A& M, B! c$ l1 D6 T% \最大绝对误差(MAE) ) g# C) K% f7 B3 {
最大相对误差(MRE)
8 ?' Z8 U p8 a ]) _AIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数]
7 \7 R: Q) t0 u4 W0 r% G游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化 % t4 j. L' E! C. r. B
的次数]
7 [2 u* ?2 d8 n7 H* ~3 Q W(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 S3 n4 I3 I: P2 I5 B* C
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示
7 g. d! { r9 f% g(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 6 ? V. f# ^$ V! t: h- h
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT]
& }& k' q! S" ]- `' ?说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
1 h! m- O# n, B' v+ r1 ~8 i/ wF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
$ X" c# B% T: A' {4 E8 `意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. , [3 U' l1 o; C3 e) w8 d( P& Q
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考: - A$ A" x3 H! }9 [; j
首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近,
7 W) }! G6 t/ I) n! @再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
9 w' a/ @/ S4 o大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, ( u9 v0 f5 s; |! p( z+ l6 X
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相
$ f) Y% ]7 W2 L& j半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差 / \* T' {% P T; M7 y5 v) A
往往并非最小.
% f3 Y2 r) x! d% \. c: r1 A1.2 批处理计算打印出的主要内容 9 b& A; F, Z" D! X
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容. : \" b+ V2 @; b' m0 S3 S' L& p
(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1)
5 q, I, L- Z9 S4 p" s0 K(2) 一级参数表 " J" u4 [. b- d- C2 R" _- ]4 [1 L
(3) 二级参数表 # G5 `$ m- Z* n! M& m
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误. ' B$ t7 C9 K" n( Y; j
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] 4 Y; R7 V. E) w- o
1.3 用户指定计算打印出的主要内容 : u* @' e! {# R; n3 W
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容:
/ ~$ v$ }* j' p2 r+ e2 n; K拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来,
- g: z1 z* v/ V2 Z或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上.
* k8 ~: Y/ o: C' J: ^6 W1.4 个体数据计算的详细输出
3 y% E" X ]! B% C5 `在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 9 [/ f$ Q' W3 ~" Z3 Z5 t
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果: * R: T c0 B3 U) s. ^- V1 o, y
标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 + F2 m/ m$ N, n, M3 L7 t
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 $ |4 k, e1 C. _) c: N
计矩参数. 7 z3 [" V- u9 _1 D
1.5 统计矩计算结果的输出
% j q) T% r ^9 L( o+ K c$ O在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出
6 O) e, l+ B# V8 c, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来. ' A+ D3 }& v* [( T2 j
2. 个体数据计算结果显示 ' _- R T) Q; m
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起 2 u. s+ Y/ |5 ?7 s: J; a( I; ~$ o1 u
始和终止记录号, 则依次打印出以下内容: " Q# d0 ?" x l9 V# E3 a! I) u
标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
2 x- H8 g8 ]$ L; r. a, |7 W' w3 J; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
- H% W' O1 Q, q% X: j# _8 T; y; G记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. 6 Z) U1 e* r, p2 J
3. 绘制相关图及误差散点图
9 ]/ \8 B8 K( z" d: K) S' ?在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直 0 v4 _3 ^2 y' Q g. J" ~; ~: S
观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这 9 A) \5 c- k* h
些图形可供药代动力学分析和研究时参考.
- j5 }: T% U, J* p% o, [9 z4. 打印输出文件内容清单
8 p; E1 H( \) t! L! D( c2 \在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
1 j% b9 z$ d5 V: c1 o8 T录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
" m3 d1 H3 j7 T' \# Y2 ^1 A七. 用简化系统计算药代动力学参数
% F1 M/ B1 ^/ g( ?% n1 L. g0 M7 O! C简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
3 y7 [2 J* C; q- i4 v数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入 " F, i8 Q$ [4 j9 d8 m: H
有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度--
; i4 F! [. X' L5 z& w时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
# k% h" d. }% X6 Y7 @/ B5 T5 ]敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: ) K/ h! h* D. h0 r8 m+ a/ j0 |
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
% Q) A" K& j* t3 O" }/ N' i途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等. % P% C, } s) k% p5 \9 w! X+ g
2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 ! h( {, N+ F3 X3 |
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. * e( j4 B( X" Y6 o" T# O7 u
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
# E" j% q! Z. p- T4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数. $ b" f1 W, k4 I" W, t( W9 s
5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差
4 Q' m+ l5 K8 M4 p: e1 Y; ^% C和相对误差. 1 \8 d0 j8 |7 s H
6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
! K& q4 U5 a* C, t7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解
- V! V" x3 B, k1 w' B权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 ! \* D6 j2 x3 a' h* s
的结果.
" {: p( N0 [8 z& a8 ]( [) ^. f2 F- ]: O8 A4 k8 n$ w
MathType 5.2
. x3 ?% S& E, J3 |( ]/ z
( \! a0 k s0 O& E0 N1 [) p1 E1 h- E3 pMathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。/ O" |9 t8 L k; {7 l& j- ]) ~
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
|