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发表于 2006-8-19 17:15:18
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一些生物医学方面的。国内跟国际不是一个档次,就不作介绍了。
3 ~* @& K6 _3 o3 h核酸資料庫與分析工具 蛋白質資料庫與分析工具 其他資料庫與分析工具
9 T) c+ d9 N: z, T1 r/ K/ t: @+ L一、生物学常用网址:& V3 P5 u* K; N6 |, f0 s5 U
% I" \1 ^5 G- r8 e. M. y; k4 G. Z
CMS MBR 生物网站 http://www.cbi.pku.edu.cn/srs5bin ; ~& u! x' u& D( g+ [- B
pubmed医学文献检索 http://www.ncbi.nlm.nib.gov/PubMed/medline.html
+ |* {; I/ x, D' [# v* t HighWire Press http://intl.highwire.org/ . s1 K6 y4 t, r4 R7 R- Z( z; G
; h1 O( H0 I5 { Elsevier Science电子期刊
9 `9 \- ~ ^& ^/ [2 ~; |. B, y/ e" _http://www.ddbj.nig.ac.jp/>
' N; |! S. a. [2 Q @' v http://www.lib.tsinghua.edu.cn/NEW/elsevier.htm & J3 T8 z3 {% L) X6 @
science online国内镜像 http://china.sciencemag.org/ `, k$ S3 Q/ c) p8 e) s
上海生化所:http://www.sibc.ac.cn/
1 s: o# n% y/ q/ B9 ]; j 中国微生物信息网络http://www.im.ac.cn/chinese/chinese.html " z0 _5 u" c; I5 U8 Z* l
Cell杂志 http://www.cell.com/
: g3 J" b! l9 W! A+ q: F 中文科技期刊 http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/index.htm ' d) X3 B/ |1 a
国家自然科学基金委员会 http://www.nsfc.gov.cn/ % d8 H+ o; h7 L8 z/ e% @" I
网上全文的生物学期刊http://dna.sibc.ac.cn/bio/journal.htm
4 f4 {+ j0 D4 d& a! R Science期刊网址:http://www.sciencemag.org/ (免费)
8 X3 [% ^, h" `! J" ^ 美国科学院院刊PNAS网址:http://www.pnas.org/(免费)
% H7 }% i7 a1 U5 B3 R! V6 \
: a6 T' @- T! N% k$ f美国生物技术信息中心(NCBI)
5 Z7 C( l) }0 `6 zhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov
# k5 |9 C" A/ o+ r' |9 h核酸序列数据库主要有GenBank(www.ncbi.nlm.nig.gov/genbank/)、EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/)和DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/)
" s0 D) x* j/ t+ C/ ]$ @& f" _3 b/ Z& q* j. {6 ]$ [+ N* U
$ D- f! d7 w1 H) C0 S# v% A
蛋白质信息资源(PIR)9 F9 h( L7 f j& L" a# W
http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html1 _, H& |% V0 o
# I5 J" s0 e$ L* a! [) W1 X6 s1 _ X% ]
- Z3 B4 h }& A/ w8 A$ j) z1 A蛋白质结构数据库(PDB)
1 s2 `6 c" N0 p6 N g7 u; `http://www.rcsb.bnl.gov/
- q& d. M1 a" h* y# B9 i+ @( V
7 [: r* C4 Y' pSander蛋白质二级结构数据库
3 X8 N. I( y3 [9 {' Zhttp://www.sander.embl-heidelberg.de/
. l- [( M6 R' E1 g) P: ^+ c" Q: L- Z9 v! B3 p! P; i
SNP数据库0 A k. B( F3 `
数据库 数据库说明 网址, l O. C7 j1 ]! n
HapMap International HapMap
* d& `# n- R' Z( ^) wProject data http://www.hapmap.org/index.html.en
$ d& p/ w3 m3 s5 N7 o/ adbSNP Human Single Nucleotide ! m: g2 ]! q* s5 ?, i- ~
Polymorphism Database http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
* p% b- i: f1 s" G. E- f3 t3 }/ FHMGD Human Gene Mutation
; I' W& ?: _) UDatabase http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm# L% p& H$ h5 S9 |. h
/mg/hgmd0.html: n t* M- j/ l. ^2 u. N
JSNP A database of Japanese! `. \& P0 e, v6 A. I: I1 e
Single Nucleotide Poly-
# q0 T. Q# V5 |# }- }! Cmorphisms http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
1 _* K+ j( w# G* X9 |: [1 USVD Sequence Variation% s- [; k2 E( \6 _% ~! {6 |
Database http://www.ebi.ac.uk/mutations/
2 E4 @( @7 ^! VHGVbase Human Genome
1 Z% P9 |" V! sVariation Database http://hgvbase.cgb.ki.se/& ~ G. X. }" i7 m" o H* l
Human SNP Database Human SNP Database http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/ human/index.html
6 V% x; i7 o) ^3 k( ]* `GeneSNPs Environmental Genome
4 |: f( S" W( j% U: |- X; W& QProject database http://www.genome.utah.edu/genesnps/" }" r$ K+ q* v& H/ K
5 u- V4 p( O- s3 x# m
. a4 F) @, A; {" d; N! _
尽管现在3p87/3p97不是最好的药代动力学处理软件,但好多人还在用。7 p- E2 o O; {- R+ O, w
下面贴一个使用说明供新手参考。: b( ~' h' P S# D T
" i9 D" q7 r2 ^% D8 n) ^$ l
"3p87"(新版)使用说明 . v* W. F& h3 ^
( v4 y& \3 t4 J: x) {6 B$ O一. 基本要求 / O& {/ V' `& G
1. 在合理的取样设计基础上, 对于非静脉注射给药, 一室模型不少于五个, 二室 模型不少于八个, 三室模型不少十一个不同时刻的血药浓度数据. 对于静脉推注给药和静脉滴注给药滴完药以后, 一室模型不少于四个, 二室模型不少于五个, 三室模型不少于九 个不同时刻的血药浓度数据. ( A2 P, _2 w2 g8 Q4 Z
2. IBM-PC 及于其兼容的各种型号微机, 英文 DOS 操作系统, 打印机. & z+ ?$ {" L* I O4 j* R- D: I) ~
二. 调用 3P87 程序前的准备工作 3 h/ Z7 y9 @/ k& t$ i
1. 确定主数据. 如果一个剂量组有几个个体, 主数据是指浓度数据的均数或中位 数, 或用户认为最具代表性的浓度数据. 一般来说, 对静脉注射给药的数据用均数或中位数比较合适, 对于非静脉注射给药可考虑用实测点多的数据为主数据. 目的是在计算个体数据时, 可参考主数据的计算结果, 选定房室数和权重进行计算.
. i* V$ L1 S5 L+ p& ?9 ?( e# j' Y2. 打印曲线图形的准备工作. 见文件 DQX.TXT 可用打印机打印出来, 即执行命令 PRINT AQX.TXT
2 F" D1 K! N2 w& O1 f+ }9 {. U三. 调用 3P87 ; \& \/ W) v( u. v0 z! |; U7 C
将 3P87 程序盘放入 A 驱动器, 键入 A:3P87 并回车,即显示程序首页, 再按任意键, 显示出程序主菜单:
6 |4 l! _3 w+ Q7 \& @主菜单
8 O/ K& ~5 B9 [% ]/ ]7 c! k, a: e1. 输入或修改数据 2 [3 k2 V) Y1 b( x' l1 V
2. 用主数据计算药代动力学参数
: Z v6 ]2 {8 N+ m9 w) _# L3. 对多组数据进行批处理计算
+ W& y/ P1 f3 \ b0 D4. 由用户指定算法和条件计算药代动力学参数
, A3 E. u; q# T) u6 Z5. 输出计算结果
/ O+ q3 @9 k# n; [6. 用简化系统计算药代动力学参数 6 {' K5 d2 u% n/ Q6 |: m5 D: R
7. 药代动力学房室模型的图示和说明
' W* X; ~8 U! M* B8. 退出 3P87 程序
, K3 C7 ?9 }6 f四. 输入或修改数据
E# m$ i+ O9 P. F! R4 S在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 1 屏幕左上角显示出
- w6 [5 H3 F5 F/ e8 R4 nPlease Execute a:inp
$ F, v1 y! b8 B4 H& V键入 a:inp 并回车, 屏幕显示出输入菜单: / }7 i6 M- D N+ b) g* ~
输入菜单
3 y, g1 K; ^% d# u1. 输入数据 # w" X2 w7 Q% U1 _4 a9 P: C1 N
2. 修改标题文件
, f% U" f5 @4 T2 @4 [4 w! A; \3. 修改浓度--时间数据 3 D' c* o; S5 U4 E8 T, l6 O' g( W0 `
4. 增添浓度--时间数据 $ d0 }* D" \, q) n; m6 G: Z
5. 删除浓度--时间数据 8 v: @2 S8 j0 j$ L# q% H' Q8 o
6. 显示输入的数据 & q I* l8 }% p% z1 a5 R( D
7. 打印输入的数据
) J& o# R$ _1 K1 [8. 返回主菜单 * ], l! f5 k4 Z# z7 J
1. 输入数据 1 k1 y# u2 z0 {6 \8 \4 {) d, q
1.1 建立标题文件 ' ~. Z' K$ v* F" v2 b5 f1 S: }
在屏幕显示输入菜单后, 键入数字 1 即显示出标题文件中需要输入的内容: , N1 ~5 Q+ z7 f, D. j+ k
1. 药名或文件名
- X9 T8 L3 v/ K& d" U1 a2. 实验对象 " E o7 |' A0 i! d; z6 I
3. 研制单位 , U3 Q/ ^5 [! x8 Z
4. 日期
# W( Q/ w5 }/ k; S. D+ n5. 实验者 : F3 T, G6 N* P$ n+ V8 ]
6. 计算者 5 E m; W5 E. X' z% V$ T8 G- j
7. 测定灵敏度 }" h9 b7 [$ l T& j
8. 浓度单位
' T4 Z+ A0 b7 O9. 测定精密度(cv%)
6 r+ j& c- H, F/ [5 n. X, m10. 时间单位 ) p4 Z3 W; B- I7 l- X% o) u
11. 给药剂量单位 2 E+ E$ r$ C2 T$ \$ |# U
用户按光标提示项目逐项输入之, 其中 1. 8. 10. 11. 项与实验记录和计算 . A4 f b* c. M" ]
有密切关系, 必须输入. 每输完一项(数字或文字)都要按回车键(ENTER 键). 当全部项目
& G e* P# i% H" d$ ~* \9 F输入完后, 屏幕重现标题文件全部内容, 同时询问用户是否需要修改, 如不修改, 按回车
, ]3 u) P& P, {, R0 T" w% |键后向用户提问是否确认 Are you sure(Y/N)? 如确认按 Y键, 程序进入下一步; 如需修 6 j1 q6 N- I8 N
改, 按 N键, 再用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项必须按 # k8 a9 b+ u: o2 h4 y
回车键. 当全部项目正确无误后, 再按上述方法进入程序下一步给药途径的输入. ; H; X9 K' O7 G p+ Q
1.2 输入给药途径 屏幕显示出三种给药途径
1 u+ E; z' J* r( r" {1. 静脉推注
4 b# ] D7 C5 y3 [ Z' V& M$ L2. 静脉滴注
$ I: S; `9 z9 m3 Z" C3. 非静脉给药 , P1 G$ b1 w8 y% Y9 Q: T
用户按相应数字键选定给药途经后, 程序进入下一步剂量组数的输入. 2 S8 y8 S( A: N9 i( \( I$ U2 x2 j
1.3 输入剂量组数 用户按相应数字键后, 程序进入下一步输入各剂量组的个体 0 J6 m H$ w, D% @
数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间. : v5 g7 v- ^/ R' E g
1.4 输入各剂量组的个体数目, 剂量和静脉滴注时的滴注时间.
6 ~- m$ H+ y6 t& O$ m" j$ w用户按光标提示项目逐项输入相应数据. 每输完一个数据都要按回车键. 当
, r0 f2 [! f& P) m5 l& I全部数据输完后, 亦可用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改, 每修改完一项 * t, Y0 w# l) X. T6 w# {, r* }
必须按回车键. 当正确无误后, 按回车键进入程序下一步输入浓度--时间数据. O' _1 |2 B q0 K
& j8 h7 G1 p* f
* 当上述数据输入完成后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文字母加 ( e% i! e) u, l; i- ^2 C( x
后缀 .TIT 形成标题文件, 存入当前盘, 以后可随时使用. " `. n/ b4 H9 \2 W
: m( x. r! b+ i: `1.5 输入浓度--时间数据 % e. q+ F7 R$ Y5 e5 C# G' p
先输入各剂量组的主数据, 供选择模型, 算法, 权重用, 然后输入各剂量组 ) P9 i# D' {7 j# ^# @0 [( _
内各个体的浓度--时间数据. 如用户想对每个个体都逐一计算各种模型, 可将个体数据按
& u' g3 n/ n: a5 c主数据输入. 4 ^4 X9 z% |6 K6 E# ~
在输入浓度--时间数据时, 屏幕上显示出当前要输入的数据的序号(Data No
! f+ r3 A' p Y, h* F9 T.), 主数据号(Main *)或个体序号(Subject * *), 给药途经(Route of Administration), 4 Y9 B1 w7 R8 d0 e* {* F5 a1 B
剂量(Dose); 并询问该组数据的点数(Number of Pairs), 按相应数字键和回车键回答之. 4 d, v, N- f7 V; ]7 w
用户根据屏幕提示的剂量组号, 个体号, 光标指示的时间或浓度位置, 依次
" K% A/ |6 m- O: D输入相应数据. 每个数据输入后都要按回车键. 全部数据输完后, 屏幕重现全部输入内容
( V3 L+ G5 R+ E/ @3 k, 按回车键, 经确认后记入当前盘, 或用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改处进行修改
/ l9 V- Y* p0 q" P0 l$ z' D, 每修改完一项必须按回车键.
+ e; M' p3 b6 M. q% C" P5 k" ?) c. c7 e8 P/ _2 q2 s
* 输入完所有浓度--时间数据后, 程序自动以用户输入的药名或文件名中前八个英文 ( b* n. u+ U- f1 s+ Y2 |) Q
字母加后缀 .INP 形成浓度--时间数据文件, 存入当前盘, 以后可随时使用.
* W8 J- y5 c5 E+ C$ h4 y) ]6 [& y* u# K/ r' m8 X# A; k% l
2. 修改标题文件
! u% V* j2 y; F7 l8 R在屏幕显示输入菜单, 按数字键 2 后, 屏幕显示询问要修改的文件名(药名),
# P* G) x/ C- d: j: {3 f( w键入文件名后, 屏幕重显原标题文件的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要修改
# M k/ m' w. T1 X处进行修改, 其方法和输入标题文件时一样. 8 H {6 c9 ~, G+ u6 G* j, o
3. 修改浓度--时间数据
# H9 d! c7 k4 r6 v' H在屏幕显示输入菜单, 按数字键 3 后, 屏幕显示询问要修改的数据序号(Dat
3 H( |4 B# }# R) ya No.), 键入序号后, 屏幕重显该记录号的全部内容, 用四个箭头编辑键, 把光标移到要 ' f# g' h' m+ J' t# W7 M
修改处进行修改. 修改的内容可以是浓度--时间点的个数, 时间值, 浓度值. 每修改完一 7 Q9 Q* ?- m( e2 Y3 c/ o7 z
项必须按回车键. 其方法和输入浓度--时间数据时一样.
( y6 p7 v7 e2 j7 x0 Y4. 增添浓度--时间数据
* W6 z% T, _8 l) p在屏幕显示输入菜单, 按数字键 4 后, 出现增添数据菜单:
5 c( z* L9 a9 d! ~4 Z1. 增添新剂量组 + Q! S, G) q' X2 B; U" T6 I- O
2. 在某剂量组内增添个体数据
+ n d! U! Q- C; Y; V Q3. 返回输入菜单
; d: q. }- D3 v" _, n: ^3 {/ C按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. / _/ U. \' X) u( @7 O. H, G& {7 z9 Z# k
4.1 增添剂量组 / [5 V4 {6 r8 Z) T
屏幕显示输入文件结构, 询问是否要增添 Append(Y/N)? 要增添则键 Y ,然
# J/ U: H! z$ M5 F后询问要增添的组数(Number of Group to be Appended), 用户输入组数并得到确认后, & O3 _$ V: |1 V6 V
屏幕重现剂量组别, 个体数, 剂量, 静脉滴注时间的结构, 光标停在准备增添的地方, 用
$ X O# F% _8 {+ M户根据提示, 顺序输入剂量组的个体数, 剂量, 滴注时间. 其方法与开始输入时一样. / d2 U/ ]1 i0 ^1 A( m* c
4.2 在剂量组内增添个体数据
2 }& K3 S7 |) P根据询问回答要增添的剂量组号(Data will be Appended to Group No.)和
$ w6 k# x6 q d8 t: ^9 }新增添的个体数(Number of Subjects to be Appended), 随后按提示顺序输入时间--浓 8 `! {8 L$ I' o8 o; |& k
度点数, 时间和浓度数据, 方法与前述相同.
) E. a) K9 X; T5 P& n( U* ]: N+ t7 k5. 删除浓度--时间数据
6 e8 e- Q# s' c1 Z在屏幕显示输入菜单, 按数字键 5 后, 出现删除数据菜单: , o3 N( V8 l6 b6 d/ G* [
1. 删除一个剂量组的全部数据
( A! C7 v4 _4 f% _* u1 ^2. 删除一个剂量组中的一个个体数据
7 p/ J ^5 Q9 j( R5 o3. 返回输入菜单 7 U/ J! @: G6 y# P- |' p9 ^8 Y
按数字键或 1 或 2 或 3, 完成相应的工作. 2 u! ^; B7 H3 ]. f
5.1 删除一个剂量组的全部数据 7 k/ T/ Q+ V7 T0 @
屏幕首先要确认是否要删除 Delete(Y/N), 在确认后, 询问将要删除的剂量 . `7 C, {8 N8 s1 c
组号(The Group No. to be Delete), 用户键入剂量组号, 还要再次认可(Group ** will
1 a; ?1 Y- a& Y5 c6 Cbe Deleted Are You Sure(y/n)?)后, 程序删除该剂量组全部数据, 包括主数据, 个体数 ) m N0 a, ?; L* Y/ w
据, 并按新的结构重排一次数据. . G: R' Z3 V" P
5.2 删除一个剂量组中的一个个体数据
, S% A8 i4 V6 g9 t根据屏幕显示的数据序号(Data NO.),剂量组号(Group)等, 回答准备删除的 ' |7 B' Z% ~/ Q8 B, N
数据序号(Please Input the Data NO. to be Deleted?)后, 该序号的数据即被删除. + j+ r$ P- q3 M1 L
) ~; \; X# c6 m0 K$ }% [6 w
* 增添或删除记录将要改变整个文件的结构, 使标题文件中的剂量组数, 组内个体数
( j0 \$ w5 ^5 X% B, 剂量和滴注时间, 以及输入和输出文件记录顺序都必然发生相应的变动. 为此建议用户
! O! z, A$ Z1 ]; d( S% d; {! i1 [( i在此前, 应首先复制一份原文件作备用. ) M* x) { G+ o5 C
$ R6 _( Y# K+ h' ^% a: B+ {6. 显示或打印输入文件 h# m+ c3 x! m2 r+ E/ U6 K7 Q
在屏幕显示输入菜单, 按数字键 6 或 7 即可显示或打印输入文件内容, 用户
D+ ?. s5 p2 P6 ], c- D从该内容可以了解数据排列顺序, 便于修改核对, 这对于指定数据号进行计算也非常有用 & v" E# ^5 Z4 l. J
. 其顺序是按剂量组顺序排列的, 先按主数据序号排列, 再按个体顺序排列. 用户可自如 + R4 E- @( b! f5 n4 Z' p4 s: @5 Y
调用有关记录. 1 ?' A9 V* p! G# N: T: l) ]/ Y2 E) n# j
2 p; Q& s3 M* E8 _' ~- C
五. 计算药代动力学参数
4 T1 E& b) |- A+ d在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 或 2 或 3 或 4 即可进行药代动力学参数
# E. e) x" q8 d计算. 此时屏幕左下侧有一对话区, 用户应回答其中的提问. 为防止误答, 在键入回答后
8 M" P* }+ |+ B0 d- R- ?& c [2 I要求再确认 Are you sure(Y/N)? 键 Y 表示确认无误, 就进行下一步. 计算时屏幕分成
+ v% b* R& K, P7 A ]8 c左右两栏, 左栏显示出数据号, 模型号, 房室数, 给药途经, 计算方法, 权重, 收敛精度 . X7 F# o1 w' ?5 e! E1 q9 F/ q
, 迭代次数(No. of iterations), 残差平方和(Sun of Squares) 等. 右栏显示出正在计
# y3 D. j- g* M( g) L' A4 t算的血药浓度--时间数据. 屏幕左下侧的对话区显示出 "CALCULATION Please Waiting"( 6 c* w) G0 M- G: X3 G3 v
正在计算, 请等待). 计算完毕后, 不显示或打印结果, 而是将全部结果存入当前盘, 用
9 ]9 r: T) ]& k9 e* h3 U3 q. q户可随时调用, 调用方法见后面六. 8 I6 O, t) K# z; t. \" v R1 J# x
1. 用主数据进行计算
. _# O' @4 x* O$ b$ d" h: ^. l2 q在屏幕显示主菜单后, 键入数字 2 屏幕显示出: "AUTO COMPUTATION"(自动计 $ |: [- a, k( e: ?
算). 对自动计算, 对话区只提问文件名. 计算时, 程序首先判别正在计算的数据是符合 2 S: h- O) `1 j/ u& h6 K
线性还是符合非线性动力学模型. 如符合线性动力学模型, 则分别计算出九种情况的结果
2 c- W1 r0 R( Y! k' D' F: 一, 二, 三房室各用 1, 1/C, 1/C/C 三种权重; 如符合非线性动力学模型, 则计算出 1 S# Y" f" T! E" {& L3 _) O
三种情况的结果: 一房室三种权重. : w0 f: I. \+ Y7 e
2. 批处理的计算 7 H3 a/ {; w# u! r
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 3 屏幕显示出: "BATCH COMPUTATION"(批处 # |" {" u1 p* u0 h# a; p
理计算). 对批处理计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: 6 h6 N6 H/ |1 ~- _9 M% I/ Q9 N
(1) 文件名 # B! Y- }( b9 p& R) c/ M
(2) 选择模型 用户可根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的 : C L8 [$ g$ F0 D% N
数字即可. 有关选择模型的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 1.
' h; s- W& m% P; ^; L1 B l(3) 选择权重 用户可根据屏幕右栏中显示的三种权重, 键入所选权重前面的数
+ o- \% T) K" i9 O字即可. 有关选择权重的方法可参考下面六. 1. 1.1 的说明 2. ' ?1 R1 ]3 F' _: g r
3. 指定算法和条件的计算 + E( B7 x3 d9 I$ Z1 Y
在屏幕显示主菜单后, 键入数字 4 屏幕显示出: "SPECIFIED COMPUTATION"( 4 k. s- Z* P0 b/ u" \4 r
指定计算). 对指定计算, 要依次回答出现在对话区中的提问: : y J6 T- T, u U$ ]
(1) 文件名 6 A: s( [: c# x4 @4 g8 e
(2) 要计算的数据号 用户要了解数据号, 可以用输入菜单的第七项打印出清单
6 d, `7 U. K2 k( j% }/ h/ y(3) 存入计算结果的记录号 屏幕提示该号应大于已存有结果的记录号, 因此用 b8 b; M! x6 V2 ?( ~) u \) m1 i8 O
户键入的数字一般应大于已存有结果的记录号的数字, 除非用户想用新算出的结果替换原
* p% e" d6 P7 g6 I3 r有的结果. / E2 J7 T) F* X0 ]. F% j
(4) 选择算法 根据屏幕右栏中显示的四种方法, 键入所选方法前面的数字. 5 q! {+ A! H! p, _
(5) 选择模型 根据屏幕右栏中显示的十五种模型, 键入所选模型前面的数字. ! z. K% {. z' { T% _0 \1 s: x
给定收敛精度 例如取 0.001 或 0.01.
7 N' n) H0 t( V! X; Q(7) 确定初值选择方法 按屏幕右栏显示的三种方式由用户指定: : G, R$ K9 g" A7 G# s
(7-1) 自定初值 根据提示由键盘键入 ! O9 F5 h& S5 z, K; z
(7-2) 半自动确定 用户根据屏幕显示的曲线转折点的位置, 由后向前计数,
1 [( c. \$ \5 j& ^9 s键入转折点的序号, 由程序用残数法计算初值. / x$ f; _5 s( P
(7-3) 自动确定 由程序自动计算初值.
( a/ L8 U/ H4 S' ^' c) w$ e. c' V当对话区显示出 "Initial Values Gained, Press any key to continue" 表示初值
! Q1 ?& f, {, \" i+ [/ w8 e已算好, 按任一键开始自动计算.
+ s, l( N% W, Z1 b, X' e六. 计算结果的输出
; C! j5 _$ R$ f9 l在屏幕出现程序主菜单后, 键入数字 5 调出输出程序, 屏幕显示出 File Name
$ j1 x1 h8 f: c7 r键入文件名并予以确认后, 显示出输出菜单(OUTPUT MENU):
6 k' S! D& _, d8 _; p4 K1. 常规打印输出 6 S& a9 @) P- w
2. 显示个体数据计算结果
9 i5 m% b* u: I3. 绘制相关图及散点图
5 L1 y, A& |' ]6 _9 i4. 打印输出文件清单
& j# ^1 R/ O/ Y( v# @5. 返回主菜单
. ^, Z# ~/ l6 O5 O8 z# W1. 常规打印输出 在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 1 显示出常规打印输出菜 : G/ ^" f( ?% q; i$ |+ e( d
单(PROUTINE PRINT OUT): - J% ^/ R1 A8 [, t
1. 打印标题文件 5 B% @0 d! F1 P: T; U
2. 打印供选择模型用的计算结果 , O2 Z2 @; V* ]* H' r0 G
3. 打印批处理的结果
6 F$ t( C# ]& l# J4. 打印用户指定计算的结果
7 W' O/ i" A. r- M$ @5. 打印个体数据的计算结果
, D& e ?3 n! A% @# P6. 打印统计矩的结果 / R$ R+ ^4 u" x2 I
7. 返回输出菜单
% T4 C9 Z" @( }% G9 S在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入相应数字即可完成对应的工作. . T1 d7 ]" c4 P/ n6 \6 V% \ s
1.1 供选择模型用的计算打印出的主要内容及几点说明
8 |) ?/ o# D6 O在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 2 即可打印出如下主要内容. l0 r) \6 F) o3 y
(1) 拟合优度比较表 表中列出记录号, 组号, 权重, 房室数及以下内容:
8 V/ v7 o! ]% ~6 C( N加权残差平方和(WSS)
( z- s7 b; z4 S0 n& l- H. H相关系数(R) # a: H v i; ~% ?8 i" i
确定系数(R*R)[=1-WSS/LYY]
; B9 R' D. \) @$ ]5 Y拟合优度值[=SQR(WSS/(N-P)) SQR(A) 表示开 A 的平方, N 是浓 ; B8 u1 h' p1 ^# G- r8 W
度--时间数据点数, P 是参数个数] , J! I2 q0 y n
最大绝对误差(MAE)
+ {2 t1 p- i+ V最大相对误差(MRE)
" n! V1 i9 l: v3 F lAIC[=N*LN(WSS)+2P LN(A) 表示取 A 的自然对数, P 是参数个数] ) y- O. M- s5 X q1 W( N& ]
游移检验(Run Test) [是各点实测浓度与计算浓度差值正负号变化
; k7 Y' x- L- r" U0 u% A/ u% V' M# L的次数] 1 J" k9 l' A' F' a7 I+ T( K/ Y' z: w
(2) 拟合曲线图 将九种情况(一, 二, 三房室各加 1, 1/C, 1/C/C 权)的计算结 * `+ {# T0 g2 h( r+ [ G
果用 C--T 曲线及 LN(C)--T 曲线表示 ; R) j: _% G* l) T5 ^ n
(3) F 检验 各种权重下两种房室模型之间的 F 值和 P 值 5 x5 T" h8 v' A; z
(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] / i4 D7 b( h$ n4 }
说明1. 关于房室数的选择 可根据 F 检验和 AIC 值选择房室数. 对于相同的权, 当
# @* t+ H" X% c" q4 R- IF 检验有显著意义(P<0.05 或 P<0.01)时, 应取 AIC 值较小的房室数, 当 F 检验无显著
6 d0 B8 r a! g2 s意义(P>0.05)时, 则取房室数少者为宜. + F0 b! j/ _! j( J! i3 c- _) p
说明2. 关于权重的选择 如何选择权重, 至今意见不 一, 以下几点意见可供参考:
& s* o, Z# j( o3 H: ?. E首先比较拟合优度值(Goodness of fit), 数值越小越好, 如数值相等或相近, 3 S/ Q' A8 @# Z9 M S
再同时结合最低检测浓度, 参考最大绝对误差和相对误差. 一般说来, 权重为 1 时, 最
_5 E& i! c; l大绝对误差较小, 对高浓度数据部份拟合较好, 有利于计算表观分布容积及生物利用度, 0 k5 I1 y S6 [2 E% X- B
权重为 1/C/C 时, 最大相对误差较小, 对低浓度数据部份拟合较好, 有利于计算消除相 * ? J: T6 I: U8 I+ N D
半衰期, 权重为 1/C 时, 通常能兼顾高低浓度两部份数据, 但最大绝对误差及相对误差
, T( f- Z: B# w% W往往并非最小.
; ]6 b3 }3 k: F5 q$ [& ^" w* A1.2 批处理计算打印出的主要内容
! @. b# D: T( g) o6 S7 M在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 3 即可打印出如下主要内容.
) v& i$ V" U" A5 w(1) 批处理拟合优度表 内容同 六. 1. 1.1 (1) 7 k1 E( z; K( a1 h( a) {1 I
(2) 一级参数表 4 g+ x. |( F7 k
(3) 二级参数表 7 q; t% O! u6 W
一级和二级参数表中均给出各剂量内各个体的参数值, 平均值, 标准差和标准误.
9 e, }5 U% U" C4 T(4) 统计矩计算结果 [AUC, AUMC, MRT, VRT] " F) W8 K% p$ N) W+ s
1.3 用户指定计算打印出的主要内容 + T( H/ c- ~! `% T: r% y+ J
在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 4 可打印出如下主要内容: , y# B! m! n9 |9 r9 R8 d: L
拟合优度简表, 各记录号的详细内容. 这些内容可用本菜单第 5 项功能打印出来, 6 ^8 I. C) P; |" W8 m
或用输出菜单第 2 项功能显示在屏幕上.
( a; R# L! s7 {1.4 个体数据计算的详细输出
% D# t; q9 q5 s3 }; ]在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 5 进入个体数据计算结果的输出. 再 6 ?, o) W# v% w3 U
键入起始和终止记录号, 即可依次按下列顺序打印出各记录的详细结果:
' Y4 \- ~1 D1 f0 o3 q" T% ]标题及计算条件; 拟合优度数据及药代动力学参数; 浓度实测值与计算值比较表 - ^4 i9 G% |; ~. [- B1 n) x# n* T
; C--T曲线图; LN(C)--T曲线图. 如果记录号的内容是用统计矩法计算的, 则只打印出统 % ?, x7 U! P1 _/ _
计矩参数. 3 _( m7 e8 X1 k3 r
1.5 统计矩计算结果的输出
$ E- H8 q4 R% W) w在屏幕显示出常规打印输出菜单后, 键入数字 6 进入统计矩计算结果的输出 # y/ v; S! a, f k: a% a# I
, 将主数据及批处理统计矩参数依次打印出来.
/ j1 ]. q, T* _, S; s2. 个体数据计算结果显示 * ?+ c4 I- x# J
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 2 进入个体数据计算结果显示. 再键入起
+ p% f/ Q8 [. Z: X8 b0 t7 g始和终止记录号, 则依次打印出以下内容:
3 R. `+ ?: y0 H# d1 i2 F/ r标题及实验设计; 记录号; 计算条件及拟合优度数据; 一级药代动力学参数
- Y5 G( V8 W# Z; 浓度实测值与计算值比较表; 药代动力学参数表; 统计矩参数表( 只含有统计矩计算的
- |7 ]0 d- S4 y8 G% F0 g) m7 f$ J记录号, 才显示此结果); C--T 曲线图; LN(C)--T 曲线图. # Q5 i# L1 V5 N/ \
3. 绘制相关图及误差散点图 # g5 n) f& J. N' m- |2 V3 i
在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 3 则显示相关图及误差散点图. 图形可直
K0 h" G$ j# ~' @$ S3 U- D% Z观的反应: 实测值与计算值的相关关系; 不同时间的误差分布; 不同浓度的误差分布. 这
' K( b1 l3 |/ x5 R些图形可供药代动力学分析和研究时参考. ( [7 Z; P! r O6 C1 e4 f
4. 打印输出文件内容清单
1 F1 }0 i h$ e+ @5 L+ V在屏幕显示输出菜单后, 键入数字 4 即可打印输出文件清单, 内容有: 各记
# X g1 @" j* [录号的计算方法; 权重; 房室数; 各剂量组主数据序号和各个体数据序号.
2 t2 L. ?( x& Y _七. 用简化系统计算药代动力学参数 , e" C6 N9 }* p& g# c8 x9 p
简化系统是对个体数据进行简便计算的专用程序. 在屏幕显示出主菜单后, 键入
4 |1 `, j" [% f8 d6 c, c数字 6 即进入药代动力学参数计算的简化系统. 用户只须按屏幕显示出的表格依次键入
& i8 w. h+ \& S, X. m) o有关内容即可建立标题文件(见四. 1. 1.1); 指定给药途径(见四. 1. 1.2); 输入浓度-- 9 i6 ?% D4 A# w5 |+ m' n
时间数据(见四. 1. 1.5). 之后, 自动按 五. 1. 所述方法进行计算, 无需指定算法, 收
, q, p% V- L7 G8 q5 o( J& m! R) _敛精度, 房室数, 权重. 计算完毕后, 自动打印出以下主要内容: @2 n5 d# H3 Q( U* c" p
1. 药代动力学模型及条件. 包括指明是线性还是非线性房室模型; 房室数; 用药
9 A; a, k3 g4 j; L! ?途径; 计算方法; 权重; 收敛精度等.
5 W4 c# ~& _2 T8 d* U$ n5 _2. 拟合优度数据. 内容有: 加权残差平方和; 残差均方; 相关系数(R); 确定系 1 {6 X& A* G" K0 m
数(R*R); 最大绝对误差; 最大相对误差; 游移检验等. + D) _1 g" g' j1 W V
3. F 检验. 列出房室间的 F 检验表, 供选择模型时参考.
4 C& g2 }$ c! u7 T* b4. 药代动力学参数. 包括一级和二级参数.
l+ y3 B$ j m5. 浓度实测值与计算值比较表: 列出时间, 浓度实测值, 浓度计算值, 绝对误差 7 Y5 D8 `7 Z# \4 l4 K+ J
和相对误差. * d1 A5 V6 E0 E3 t
6. C--T 图和 LN(C)--T 图.
: k3 Z j U2 @% ?0 T6 w1 g2 Q+ n7. 选择权重: 简化系统第一次输出的是权重为 1 的计算结果, 如用户希望了解 1 Y9 ~1 K% b6 x! \/ e; G# I9 z3 i6 |4 ]
权重为 1/C 或 1/C/C 的结果, 可回答屏幕上显示的提问, 键入相应数字即可打印出对应 l9 e) l4 y! q4 `2 E
的结果.
! f5 N# A6 i& b* ~- G+ X+ I! K1 C2 S. D: I
MathType 5.2 / O B0 N( V( ?
! R" Y- n% `8 p
MathType 5.2是一个强大的数学公式编辑器,与常见的文字处理软件和演示程序配合使用,能够在各种文档中加入复杂的数学公式和符号。MathType 5.2 与常见文字处理工具紧密结合,支持 OLE (对象的链接与嵌入),可以在任何支持 OLE 的文字处理系统中调用 (从主菜单中选择 "插入->对象" 在新对象中选择 "MathType 5.0 Equation" ),帮助用户快速建立专业化的数学技术文档。MathType 5.2 汉化版修正了部分对中文的支持,这个版本对 Word 或 WPS 文字处理系统支持相当好。实现所见即所得的工作模式,它可以将编辑好的公式保存成多种图片格式或透明图片模式,可以很方便的添加或移除符号、表达式等模板(只需要简单地用鼠标拖进拖出即可),也可以很方便地修改模板。总之,功能多多,熟练使用了就知道它的强大了。MathType 5.2 可用在编辑数学试卷、书籍、报刊、论文、幻灯演示等方面,是您编辑数学资料的得力工具。7 C; X' d6 L8 E5 B
Mathtype 5.2 提供以下功能:①、直观易用、所见所得的用户界面,与 Windows, Macintosh 环境中各种文字处理软件和出版软件兼容。②、自动智能改变公式的字体和格式,适合各种复杂的公式,支持多种字体。③、支持 TeX 和 LaTeX,以及国际标准 MathML,并能够把公式转化为支持 Web 的各种图形 (Gif 等),也支持 WMF 和 EPS 输出。④、附加几十种专用符号字体,数百种公式符号和模版,涵盖数学、物理、化学、地理等科学领域。 |
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