matlab中运用正则表达式处理txt文档的问题

nxhylyh

先说点废话~老师在寒假给小弟一个课题，就是在MATLAB中运用正则表达式来处理txt文档,小弟matlab新手~正则表达式中文资料太少了~英文又太差劲，所以对英文资料只好自动过滤了~摸索了半个多月，删删改改，论坛也去了好多个·~~自~希望大家看看~先介绍下附件1的格式:
! Q8 z% h- m8 T3 s, J

>AB016625
GCGGCCCAGGCCCGGAACCTTCCCTGGTCGTGCG
8 A" \+ l1 l& A! K. [; H# @' s5 k>AF008216
  n/ H# X' X) j- ~AAGCTTTCCT

题目1:将'>'符号后跟的的字符串(母字符串)提取出来并建立以字符串命名的文件夹(如文件夹ABO16625,文件夹AF008216)
题目2:在相应的文件下建立base.txt
题目3:将母字符串下面的字符串(子字符串)提取出来储存在相应的base.txt里面
, ~- f) R1 e  W% m5 t0 s5 S+ b这3个题目，小弟摸爬滚打算是做出来了，共享如下:

1. 
   
2. clc;clear;
   
3. file=fopen('fasta.txt','r');
   $ b5 R# i6 {; k/ S0 Q# \( D$ a& J
4. fname={};fname1={};
   
5. fbase={};
   
6. while feof(file)==0
   , A: z: N" l& m( I$ _8 Z
7.       str=fgetl(file);
   
8.       fname1=regexpi(str,'(?<=>)[A-Z0-9]+$','match');
   / b# _7 ~4 q$ a6 `( L7 `+ Y
9.       fbase=regexpi(str,'^[a-z]+$','match');
   $ W" o" J5 R' I
10.       if ~isempty(fname1)
    
11.         mkdir(fname1{1});
    6 b4 {' y! _' P
12.         k1=strcat('D:\mat\work\',fname1{1},'\base.txt');
    ' @) M  t) p/ S0 ~3 k$ G7 S
13.         fname=[fname; fname1];
    6 s7 v7 T: h; S) K' m/ I  t
14.         fname1={};
    # X# ^* r3 N% M- r7 r  f; {% V% M
15.       end
    9 T" E6 ~" X$ a: _3 `" B' c
16.        if ~isempty(fbase)
    
17.         fid1=fopen(k1,'a');
    
18.         fwrite(fid1,fbase{1});
    
19.         fclose(fid1);
    " \7 S- S# X  h
20.         fbase1={};
    
21.        end
      V7 S% ?! V+ Q( H( i1 P: A
22. end
    
23. fclose('all');
    ( A5 ]% U' \2 }3 R7 j5 l

复制代码

但是接下来的题目小弟实在困惑不已，望各位指教
先介绍hmrcds格式:

) K* B* K" C' @+ UAB016625 12 24 35 67
! }" r3 n8 F+ r, [AF008216 12 15
0 O1 t( h5 h- y5 q8 oU25134 11 15

题目4:在相应母字符串命名的文件夹下建立cds.txt文档
题目5:将hmrcds中母字符串后的纯数字字符串提取出来存在各自的cds.txt中
题目6:在相应的文件夹中，由cds.txt中储存的偶数个数字为根据，提取出base.txt中的字符串,并储存在由此在相应文件夹下建立的ex1.txt,ex2.txt……中~,例如在AB016625命名的文件夹下,在base.txt中取出12-24的字符串存在ex1.txt,取出35-67的字符串存在ex2.txt中~
是不是看的头大~~~

题目4小弟可以做出来，题目5，小弟用正则表达式实在做不出来，题目6还没做到
4 H& k4 J# E2 @6 ]6 j2 g4 F3 Z3 T另外，小弟今天知道用
4 t# A, G2 T# x# t7 }f = fopen('fasta.txt','rt'); % t 属性根据需要可省略
' g# d+ |, S  hx = fread(f,'*char');
fclose(f);
; n0 V* S! ?8 k3 u! l' A3 |x=x'
  u: l5 \" X3 C; Z/ [可以将文档以字符串形式读入(textread读取后是一个cell格式),于是就用
% Y2 S" N5 Q  i6 @8 jfname1=regexpi(x,'(?<=>)\w+','match')
7 e/ Q' l% f& V! F: ^来完成题目题目1中的提取母字符串，结果在matlab运行后，不出现结果，同时cpu使用达到50%，不知道怎么回事~大家指点小弟下吧~~~
# {, o; M4 t7 i1 F$ E, \崩溃。。附件上传了但是黏贴不了。不知道怎么回事有需要的加我Q Q : 1036300382