matlab中运用正则表达式处理txt文档的问题

nxhylyh

先说点废话~老师在寒假给小弟一个课题，就是在MATLAB中运用正则表达式来处理txt文档,小弟matlab新手~正则表达式中文资料太少了~英文又太差劲，所以对英文资料只好自动过滤了~摸索了半个多月，删删改改，论坛也去了好多个·~~自~希望大家看看~先介绍下附件1的格式:

>AB016625
. H. c* @2 G7 jGCGGCCCAGGCCCGGAACCTTCCCTGGTCGTGCG
& {3 e( N/ T" ?0 E>AF008216
AAGCTTTCCT

: p9 C, m& U% Q( K6 ~题目1:将'>'符号后跟的的字符串(母字符串)提取出来并建立以字符串命名的文件夹(如文件夹ABO16625,文件夹AF008216)
题目2:在相应的文件下建立base.txt
4 n& \$ F0 T0 t题目3:将母字符串下面的字符串(子字符串)提取出来储存在相应的base.txt里面
. g# Q; Q6 k( q* `0 ^这3个题目，小弟摸爬滚打算是做出来了，共享如下:

1. 
   , i& w! r1 `; n+ ~, A
2. clc;clear;
   
3. file=fopen('fasta.txt','r');
   ! `8 x3 F8 l. Q  {) ~8 S# `
4. fname={};fname1={};
   
5. fbase={};
   ' ]/ N2 f4 Y1 T
6. while feof(file)==0
   
7.       str=fgetl(file);
   
8.       fname1=regexpi(str,'(?<=>)[A-Z0-9]+$','match');
   . t1 B$ _% c3 w! Y6 X7 z+ O6 p
9.       fbase=regexpi(str,'^[a-z]+$','match');
   5 s: ]9 S3 \/ z1 _( _6 Y
10.       if ~isempty(fname1)
    
11.         mkdir(fname1{1});
    ; Z& o  T) J, j- b
12.         k1=strcat('D:\mat\work\',fname1{1},'\base.txt');
    2 |3 b$ a3 q/ L* V! O+ l
13.         fname=[fname; fname1];
    * P9 H1 p6 k: Q% `3 _" z
14.         fname1={};
    
15.       end
    
16.        if ~isempty(fbase)
    : i) X$ @/ j2 O: L; B5 I
17.         fid1=fopen(k1,'a');
    
18.         fwrite(fid1,fbase{1});
    
19.         fclose(fid1);
    8 W  z6 `; x  N, X8 g7 e
20.         fbase1={};
    9 H; F# o( }% q$ d5 X- y
21.        end
    
22. end
    , v) M' s  \# Q' W: L7 [
23. fclose('all');
    3 F* j1 Z, n8 \9 `+ U5 B3 p2 x# V

复制代码

但是接下来的题目小弟实在困惑不已，望各位指教
先介绍hmrcds格式:
+ p- c, G# S- O: T+ ^% o; o, G

4 l' ]9 A+ Z4 w; D' ?AB016625 12 24 35 67
AF008216 12 15
U25134 11 15

, n9 s( K" k' K4 a, H6 g5 E( R题目4:在相应母字符串命名的文件夹下建立cds.txt文档
题目5:将hmrcds中母字符串后的纯数字字符串提取出来存在各自的cds.txt中
题目6:在相应的文件夹中，由cds.txt中储存的偶数个数字为根据，提取出base.txt中的字符串,并储存在由此在相应文件夹下建立的ex1.txt,ex2.txt……中~,例如在AB016625命名的文件夹下,在base.txt中取出12-24的字符串存在ex1.txt,取出35-67的字符串存在ex2.txt中~
; T+ E; Y6 a1 F$ k& O是不是看的头大~~~

; v/ D8 i" n% }" `4 A题目4小弟可以做出来，题目5，小弟用正则表达式实在做不出来，题目6还没做到
8 L& `1 y* ?2 K1 |8 f/ w! S另外，小弟今天知道用
! h7 L4 H5 l4 `$ \5 f3 s$ Xf = fopen('fasta.txt','rt'); % t 属性根据需要可省略
x = fread(f,'*char');
fclose(f);
x=x'
5 ?4 N% }' u( B0 c2 s可以将文档以字符串形式读入(textread读取后是一个cell格式),于是就用
2 R# L, Q0 B( ^& H  Qfname1=regexpi(x,'(?<=>)\w+','match')
来完成题目题目1中的提取母字符串，结果在matlab运行后，不出现结果，同时cpu使用达到50%，不知道怎么回事~大家指点小弟下吧~~~
$ r/ X) R/ [6 v% }1 m1 t崩溃。。附件上传了但是黏贴不了。不知道怎么回事有需要的加我Q Q : 1036300382